seq1 = pF1KB6731.tfa, 285 bp
seq2 = pF1KB6731/gi568815592r_31697760.tfa (gi568815592r:31697760_31906143), 208384 bp

>pF1KB6731 285
>gi568815592r:31697760_31906143 (Chr6)

(complement)

1-66  (99998-100064)   98% ->
67-102  (107637-107667)   86% ->
103-162  (108095-108154)   100% ->
163-285  (108262-108384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GCTCTTCTATTCTTTTTTCAAGTCCCTTGTGGGCAAGGATGTGGTCG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGCTCTTCTATTCTTTTTTCAAGTCCCTTGTGGGCAAGGATGTGGTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TGGAACTAAAGAATGAC         CTGAGCATCTGTGGAACCCTCCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>-----|||||||||||||||||||
 100048 TGGAACTAAAGAATGACCTG...CAG     CATCTGTGGAACCCTCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 TCTGTGGATCAG         TATCTCAACATCAAACTAACTGACATCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107656 TCTGTGGATCAGGTG...TAGTATCTCAACATCAAACTAACTGACATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 TGTCACAGACCCTGAGAAATACCCTCACATG         TTATCAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108124 TGTCACAGACCCTGAGAAATACCCTCACATGGTG...TAGTTATCAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    173 AGAACTGCTTCATTCGGGGCTCAGTGGTCCGATACGTGCAGCTGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108272 AGAACTGCTTCATTCGGGGCTCAGTGGTCCGATACGTGCAGCTGCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 GATGAGGTCGACACACAGTTGCTACAGGATGCGGCAAGGAAGGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108322 GATGAGGTCGACACACAGTTGCTACAGGATGCGGCAAGGAAGGAAGCCCT

    300     .    :
    273 GCAGCAGAAACAG
        |||||||||||||
 108372 GCAGCAGAAACAG