seq1 = pF1KB6722.tfa, 402 bp
seq2 = pF1KB6722/gi568815589r_34609499.tfa (gi568815589r:34609499_34810066), 200568 bp

>pF1KB6722 402
>gi568815589r:34609499_34810066 (Chr9)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-188  (100170-100290)   100% ->
189-371  (100385-100567)   100% ->
372-402  (100640-100670)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGTCACTGGCTCTGAGCCTCCTTATCCTGGTTCTGGCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAGTCACTGGCTCTGAGCCTCCTTATCCTGGTTCTGGCCTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCCCAGGACCCAAG         GCAGTGATGGAGGGGCTCAGGACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCCCAGGACCCAAGGTA...CAGGCAGTGATGGAGGGGCTCAGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTGCCTCAAGTACAGCCAAAGGAAGATTCCCGCCAAGGTTGTCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100194 GTTGCCTCAAGTACAGCCAAAGGAAGATTCCCGCCAAGGTTGTCCGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCGGAAGCAGGAACCAAGCTTAGGCTGCTCCATCCCAGCTATCCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100244 TACCGGAAGCAGGAACCAAGCTTAGGCTGCTCCATCCCAGCTATCCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189       GTTCTTGCCCCGCAAGCGCTCTCAGGCAGAGCTATGTGCAGACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100294 ...CAGGTTCTTGCCCCGCAAGCGCTCTCAGGCAGAGCTATGTGCAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAGGAGCTCTGGGTGCAGCAGCTGATGCAGCATCTGGACAAGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 CAAAGGAGCTCTGGGTGCAGCAGCTGATGCAGCATCTGGACAAGACACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCCACAGAAACCAGCCCAGGGCTGCAGGAAGGACAGGGGGGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100479 TCCCCACAGAAACCAGCCCAGGGCTGCAGGAAGGACAGGGGGGCCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACTGGCAAGAAAGGAAAGGGCTCCAAAGGCTGCAAGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100529 GACTGGCAAGAAAGGAAAGGGCTCCAAAGGCTGCAAGAGGTG...CAGGA

    400     .    :    .    :    .
    374 CTGAGCGGTCACAGACCCCTAAAGGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 100642 CTGAGCGGTCACAGACCCCTAAAGGGCCA