seq1 = pF1KB6699.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KB6699/gi568815579f_54639506.tfa (gi568815579f:54639506_54947940), 308435 bp

>pF1KB6699 912
>gi568815579f:54639506_54947940 (Chr19)

1-34  (99041-99074)   97% ->
35-70  (100002-100037)   100% ->
71-370  (102475-102774)   99% ->
371-664  (104290-104583)   98% ->
665-715  (107830-107880)   98% ->
716-820  (112144-112248)   93% ->
821-873  (112711-112763)   96% ->
874-912  (112862-112900)   89%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGCGTGTGTTG         GGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||
  99041 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGTGTGTGTTGGTG...CAGGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGG         GAGTCCACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100009 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGGGTG...TAGGAGTCCACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102487 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTGAGCACTTCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102537 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGAGGGGAAGTATAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG
        |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102587 CAGAGAAGGGAAGTTTAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102637 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102687 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102737 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAGGTG...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTTTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 104293 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCCTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
 104493 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCATACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104543 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 107830 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCGAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GTAACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107880 GGTG...CAGGTAACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCAAAATCC CTTTCA CCATCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTG
        |||||  ||||-|||-||-||-||||||||||||||||||||||||||||
 112184 GGTCATCATCCTCTT CATCC TCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804 GTGCTCCAACAAAAAAA         ATGCTGCTGTAATGGACCAAGAGC
        ||||| |||||||||||>>>...>>>|||||| |||||||||||||||||
 112232 GTGCTGCAACAAAAAAAGTA...CAGATGCTGTTGTAATGGACCAAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 CTGCAGGGAACAGAACAGTGAACAGCGAG         GATTCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>|| |||||||||
 112735 CTGCAGGGAACAGAACAGTGAACAGGGAGGTA...CAGGACTCTGATGAA

    950     .    :    .    :    .
    886 CAAGACCATCAGGAGGTGTCATACGCA
        ||||||| |||||||||| |||| |||
 112874 CAAGACCCTCAGGAGGTGACATATGCA