seq1 = pF1KB6698.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB6698/gi568815592r_3053867.tfa (gi568815592r:3053867_3224753), 170887 bp

>pF1KB6698 1335
>gi568815592r:3053867_3224753 (Chr6)

(complement)

1-57  (67291-67347)   98% ->
58-166  (68602-68710)   100% ->
167-277  (69019-69129)   100% ->
278-1335  (69831-70887)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGCAACCAGATCGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67291 ATGCGCGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGCAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAAG         TTTTGGGAGGTCATCAGCGATGAGCATGGGATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67341 CGCCAAGGTG...CAGTTTTGGGAGGTCATCAGCGATGAGCATGGGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCCACAGGCAGTTACCATGGAGACAGTGACTTGCAGCTGGAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68636 ACCCCACAGGCAGTTACCATGGAGACAGTGACTTGCAGCTGGAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGTACTACAATGAGGCTGCTG         GTAACAAATATGTACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  68686 AACGTGTACTACAATGAGGCTGCTGGTG...CAGGTAACAAATATGTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGGGCCATCCTGGTGGATCTGGAGCCTGGCACCATGGACTCTGTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69035 TCGGGCCATCCTGGTGGATCTGGAGCCTGGCACCATGGACTCTGTCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGACCCTTCGGCCAGATCTTCAGACCAGACAACTTCGTGTTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  69085 CTGGACCCTTCGGCCAGATCTTCAGACCAGACAACTTCGTGTTCGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GCCAGAGTGGAGCCGGGAATAACTGGGCCAAGGGCCACTACACAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69135 .CAGGCCAGAGTGGAGCCGGGAATAACTGGGCCAAGGGCCACTACACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGAGCCGAGCTGGTCGACTCGGTCCTGGATGTGGTGAGGAAGGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69877 GGGAGCCGAGCTGGTCGACTCGGTCCTGGATGTGGTGAGGAAGGAGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCTGTGACTGTCTCCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCTCTGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69927 AGAGCTGTGACTGTCTCCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCTCTGGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACGGGGTCCGGGATGGGCACCCTGCTCATCAGCAAGATCCGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  69977 GGCACGGGGTCCGGGATGGGCACCCTGCTCATCAGCAAGATCCGGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACCCAGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCACCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70027 GTACCCAGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCACCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCAGACACGGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCGGTCCACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  70077 TGTCAGACACGGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCTGTCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGTGGAAAACACAGATGAAACCTACTCCATTGATAACGAGGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70127 CTGGTGGAAAACACAGATGAAACCTACTCCATTGATAACGAGGCCCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACATCTGCTTCCGCACCCTGAAGCTGACCACCCCCACCTACGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70177 TGACATCTGCTTCCGCACCCTGAAGCTGACCACCCCCACCTACGGGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAACCACCTGGTGTCGGCCACCATGAGCGGGGTCACCACCTGCCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70227 TCAACCACCTGGTGTCGGCCACCATGAGCGGGGTCACCACCTGCCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCGGGCCAGCTGAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70277 TTCCCGGGCCAGCTGAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCCTTCCCTCGCCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTCGCGCCCCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70327 GCCCTTCCCTCGCCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTCGCGCCCCTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTCACGGTGCCCGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70377 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTCACGGTGCCCGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTCGACTCCAAGAACATGATGGCCGCCTGCGACCCGCGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70427 CAGATGTTCGACTCCAAGAACATGATGGCCGCCTGCGACCCGCGCCACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTGACGGTGGCTGCCATCTTCCGGGGCCGCATGTCCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70477 CCGCTACCTGACGGTGGCTGCCATCTTCCGGGGCCGCATGTCCATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGTGGACGAGCAGATGCTCAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70527 AGGTGGACGAGCAGATGCTCAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGGAGTGGATCCCCAACAACGTGAAGACGGCCGTGTGCGACATCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70577 GTGGAGTGGATCCCCAACAACGTGAAGACGGCCGTGTGCGACATCCCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGCGGCCTGAAGATGTCGGCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70627 CCGCGGCCTGAAGATGTCGGCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70677 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70727 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70777 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACCAGGACGCCACGGCCGACGAACAAGGGGAGTTCGAGGAGGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70827 ACCAGGACGCCACGGCCGACGAACAAGGGGAGTTCGAGGAGGAGGAGGGC

   1350     .    :
   1324 GAGGACGAGGCG
        |||||||||||-
  70877 GAGGACGAGGC