seq1 = pF1KB6695.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KB6695/gi568815575f_149613160.tfa (gi568815575f:149613160_149816773), 203614 bp

>pF1KB6695 1287
>gi568815575f:149613160_149816773 (ChrX)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-192  (101322-101417)   100% ->
193-266  (102445-102518)   100% ->
267-1287  (102594-103614)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACTCAGTTCCGCAGAGGGGGTCTGGGGTGCAGCCCTGCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACTCAGTTCCGCAGAGGGGGTCTGGGGTGCAGCCCTGCCAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAGGAAGAAGAAGAGGGAGGACTCAGGAGACTTTGGACTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CAAGAGGAAGAAGAAGAGGGAGGACTCAGGAGACTTTGGACTCCAGGTC.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTGAGCACTATGTTCTCAGAGGACGACTTCCAGTCAACAGAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGTGAGCACTATGTTCTCAGAGGACGACTTCCAGTCAACAGAAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCCATATGGTCCACAACTACAGTGGTCCCAGGATCTGCCAAGAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101367 GCCCCATATGGTCCACAACTACAGTGGTCCCAGGATCTGCCAAGAGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GTTTTTAGAGAACAGGCCAACCTGGAGGACAGGAGTCCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101417 GGTG...CAGGTTTTTAGAGAACAGGCCAACCTGGAGGACAGGAGTCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAGAACCCAGAGGATCACTGGAGGAGAACAAGT         GCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102485 GGAGAACCCAGAGGATCACTGGAGGAGAACAAGTGTA...CAGGCTGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCCCCATCACCCAGATATTTCCCACAGTTCGGCCTGCTGACCTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 GGCCCCATCACCCAGATATTTCCCACAGTTCGGCCTGCTGACCTAACCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTCATCATGCCTCTTGAGCAAAGAAGTCAGCACTGCAAGCCTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 AGTCATCATGCCTCTTGAGCAAAGAAGTCAGCACTGCAAGCCTGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTTCAGGCCCAAGAAGAAGACCTGGGCCTGGTGGGTGCACAGGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 GCCTTCAGGCCCAAGAAGAAGACCTGGGCCTGGTGGGTGCACAGGCTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAGCTGAGGAGCAGGAGGCTGCCTTCTTCTCCTCTACTCTGAATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 CAAGCTGAGGAGCAGGAGGCTGCCTTCTTCTCCTCTACTCTGAATGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACTCTAGAGGAGTTGCCTGCTGCTGAGTCACCAAGTCCTCCCCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 CACTCTAGAGGAGTTGCCTGCTGCTGAGTCACCAAGTCCTCCCCAGAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCAGGAAGAGTCCTTCTCTCCCACTGCCATGGATGCCATCTTTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102851 CTCAGGAAGAGTCCTTCTCTCCCACTGCCATGGATGCCATCTTTGGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTATCTGATGAGGGCTCTGGCAGCCAAGAAAAGGAGGGGCCAAGTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102901 CTATCTGATGAGGGCTCTGGCAGCCAAGAAAAGGAGGGGCCAAGTACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCTGACCTGATAGACCCTGAGTCCTTTTCCCAAGATATACTACATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102951 GCCTGACCTGATAGACCCTGAGTCCTTTTCCCAAGATATACTACATGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATAATTGATTTGGTTCATTTATTGCTCCGCAAGTATCGAGTCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103001 AGATAATTGATTTGGTTCATTTATTGCTCCGCAAGTATCGAGTCAAGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGATCACAAAGGCAGAAATGCTGGGGAGTGTCATCAAAAATTATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 CTGATCACAAAGGCAGAAATGCTGGGGAGTGTCATCAAAAATTATGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTACTTTCCTGAGATATTTAGGGAAGCCTCTGTATGCATGCAACTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 CTACTTTCCTGAGATATTTAGGGAAGCCTCTGTATGCATGCAACTGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGGCATTGATGTGAAGGAAGTGGACCCCACTAGCCACTCCTATGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103151 TTGGCATTGATGTGAAGGAAGTGGACCCCACTAGCCACTCCTATGTCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTCACCTCCCTCAACCTCTCTTATGATGGCATACAGTGTAATGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103201 GTCACCTCCCTCAACCTCTCTTATGATGGCATACAGTGTAATGAGCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATGCCCAAGTCTGGCCTCCTGATAATAGTCCTGGGTGTAATCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103251 CATGCCCAAGTCTGGCCTCCTGATAATAGTCCTGGGTGTAATCTTCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGGGAACTGCATCCCTGAAGAGGTTATGTGGGAAGTCCTGAGCATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103301 AGGGGAACTGCATCCCTGAAGAGGTTATGTGGGAAGTCCTGAGCATTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGGGTGTATGCTGGAAGGGAGCACTTCCTCTTTGGGGAGCCCAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103351 GGGGTGTATGCTGGAAGGGAGCACTTCCTCTTTGGGGAGCCCAAGAGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCTTACCCAAAATTGGGTGCAGGAAAAGTACCTGGTGTACCGGCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103401 CCTTACCCAAAATTGGGTGCAGGAAAAGTACCTGGTGTACCGGCAGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCGGCACTGATCCTGCATGCTATGAGTTCCTGTGGGGTCCAAGGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103451 CCGGCACTGATCCTGCATGCTATGAGTTCCTGTGGGGTCCAAGGGCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCTGAGACCAGCAAGATGAAAGTTCTTGAGTACATAGCCAATGCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103501 GCTGAGACCAGCAAGATGAAAGTTCTTGAGTACATAGCCAATGCCAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GAGGGATCCCACTTCTTACCCATCCCTGTATGAAGATGCTTTGAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103551 GAGGGATCCCACTTCTTACCCATCCCTGTATGAAGATGCTTTGAGAGAGG

   1300     .    :
   1274 AGGGAGAGGGAGTC
        ||||||||||||||
 103601 AGGGAGAGGGAGTC