seq1 = pF1KB6693.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KB6693/gi568815595r_108062480.tfa (gi568815595r:108062480_108322322), 259843 bp

>pF1KB6693 1287
>gi568815595r:108062480_108322322 (Chr3)

(complement)

1-212  (100001-100212)   100% ->
213-375  (102751-102913)   100% ->
376-494  (103670-103788)   100% ->
495-585  (108302-108392)   100% ->
586-654  (115627-115695)   100% ->
655-777  (130680-130802)   100% ->
778-849  (154459-154530)   100% ->
850-981  (155338-155469)   100% ->
982-1044  (156830-156892)   100% ->
1045-1111  (158594-158660)   100% ->
1112-1287  (159668-159843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCTGCTCTGGCCGTCGTCACGACGTCGGGTTTGGAAGATGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCTGCTCTGGCCGTCGTCACGACGTCGGGTTTGGAAGATGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTAGGTCCCGTGGCGAAGGGACCGGGGAAGTGGTCTTGGAGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTAGGTCCCGTGGCGAAGGGACCGGGGAAGTGGTCTTGGAGCGGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCGCGGCCTACCACATGTTCGTGGTGATGGAGGACTTGGTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCGCGGCCTACCACATGTTCGTGGTGATGGAGGACTTGGTGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAAGCTGCTCCGCTACGAGGAGGAGTTCCTCCGGAAGAGCAACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGAAGCTGCTCCGCTACGAGGAGGAGTTCCTCCGGAAGAGCAACCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCCGTCCAG         ACACTATTTTGCACTGCCTACCAACCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCCGTCCAGGTG...CAGACACTATTTTGCACTGCCTACCAACCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGAACAGTTCTACATGTTTTGTACTCTTGCTGCTTGGTTGATTAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 GCGAACAGTTCTACATGTTTTGTACTCTTGCTGCTTGGTTGATTAATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGGGACGTCCCTTTGAGCAGCCTCAAGAATATGATGACCCTAATGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102830 GCGGGACGTCCCTTTGAGCAGCCTCAAGAATATGATGACCCTAATGCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AATATCTAACATACTATCCGAGCTTCGGTCATTT         GGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102880 AATATCTAACATACTATCCGAGCTTCGGTCATTTGTA...CAGGGAAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCAGATTTTCCTCCTTCAAAATTAAAGTCAGGTTATGGAGAACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103677 CTGCAGATTTTCCTCCTTCAAAATTAAAGTCAGGTTATGGAGAACATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCTATGTTCTTGATTGCTTCGCTGAAGAAGCATTGAAATATATTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103727 TGCTATGTTCTTGATTGCTTCGCTGAAGAAGCATTGAAATATATTGGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCTGGAAAAG         GCCAATATACCCAGTAGAAGAATTAGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103777 CACCTGGAAAAGGTA...TAGGCCAATATACCCAGTAGAAGAATTAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGAAAGCGTTGCAGAAGATGATGCAGAATTAACATTAAATAAAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108331 AAGAAAGCGTTGCAGAAGATGATGCAGAATTAACATTAAATAAAGTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGAATTTGTG         GAAGAAGAGACAGATAATGAAGAAAACTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108381 GAAGAATTTGTGGTA...AAGGAAGAAGAGACAGATAATGAAGAAAACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATTGATCTCAACGTTTTAAAGGCCCAGACATATCACTTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115656 TATTGATCTCAACGTTTTAAAGGCCCAGACATATCACTTGGTA...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATATGAACGAGACTGCCAAACAAGAAGATATTTTGGAATCCACAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130681 ATATGAACGAGACTGCCAAACAAGAAGATATTTTGGAATCCACAACAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGCAGAATGGAGCCTAGAAGTGGAACGTGTACTACCGCAACTGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130731 GCTGCAGAATGGAGCCTAGAAGTGGAACGTGTACTACCGCAACTGAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACGATTAGGACTGACAATAAG         GATTGGAGAATCCATGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130781 CACGATTAGGACTGACAATAAGGTA...TAGGATTGGAGAATCCATGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCAAATGCACCAGCACAGAAGTGGAATTGAATCTGCTCTAAAGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154478 ACCAAATGCACCAGCACAGAAGTGGAATTGAATCTGCTCTAAAGGAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAG         GGATTTTTGGACAAACTCCATAATGAAATTACTAGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154528 AAGGTA...TAGGGATTTTTGGACAAACTCCATAATGAAATTACTAGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTGGAAAAGATCAGCAGCCGAGAAAAGTACATCAACAATCAGCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155376 TTTGGAAAAGATCAGCAGCCGAGAAAAGTACATCAACAATCAGCTTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTTGGTTCAAGAATATCGTGCAGCTCAAGCCCAGCTGAGTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 155426 ATTTGGTTCAAGAATATCGTGCAGCTCAAGCCCAGCTGAGTGAGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    GCAAAGGAGCGATACCAGCAGGGAAATGGAGGAGTGACGGAAAGAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156827 CAGGCAAAGGAGCGATACCAGCAGGGAAATGGAGGAGTGACGGAAAGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGACTCCTCTCTGAG         GTTATGGAAGAATTAGAAAAGGTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 156877 CAGACTCCTCTCTGAGGTA...AAGGTTATGGAAGAATTAGAAAAGGTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACAAGAAATGGAAGAAAAGGGCAGCAGCATGACTGATGGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 158619 AACAAGAAATGGAAGAAAAGGGCAGCAGCATGACTGATGGTGGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112  CTCCTTTGGTGAAGATTAAACAGAGCTTAACAAAACTGAAGCAAGAAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159667 GCTCCTTTGGTGAAGATTAAACAGAGCTTAACAAAACTGAAGCAAGAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTAGAGATGGACATTAGAATTGGCATTGTGGAACACACACTACTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159717 TGTAGAGATGGACATTAGAATTGGCATTGTGGAACACACACTACTCCAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAAAGCTGAAGGAGAAGTCCAACATGACTAGGAACATGCATGCCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159767 CAAAGCTGAAGGAGAAGTCCAACATGACTAGGAACATGCATGCCACAGTT

   1350     .    :    .    :    .
   1261 ATTCCAGAACCAGCAACAGGCTTTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||
 159817 ATTCCAGAACCAGCAACAGGCTTTTAT