seq1 = pF1KB6691.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KB6691/gi568815597r_245649566.tfa (gi568815597r:245649566_246607217), 957652 bp

>pF1KB6691 1284
>gi568815597r:245649566_246607217 (Chr1)

(complement)

1-157  (100001-100157)   99% ->
158-228  (252110-252187)   88% ->
229-336  (271744-271851)   100% ->
337-394  (276681-276738)   100% ->
395-531  (279881-280017)   100% ->
532-599  (677281-677348)   100% ->
600-702  (679185-679287)   100% ->
703-813  (691578-691688)   100% ->
814-901  (743332-743419)   100% ->
902-1076  (748548-748722)   100% ->
1077-1193  (843069-843181)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGCTGAAGGTGGAAAAGTTCGCAACCGCCAACAGGGGAAACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGGAGCCGCTGAAGGTGGAAAAGTTCGCAACCGCCAAGAGGGGAAACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCGCGCCGTGACCCCGCTGCGCCCCGGAGAGCTACTCTTCCGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCGCGCCGTGACCCCGCTGCGCCCCGGAGAGCTACTCTTCCGCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCCCTTGGCGTACACGGTGTGCAAGGGGAGTCGTGGCGTCGTCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCCCTTGGCGTACACGGTGTGCAAGGGGAGTCGTGGCGTCGTCTGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTGCC             TT   CTCGGGAAGGAAAAGCTGATGCGAT
        |||||||>>>...>>>----||---| | |||||||||||||||||||||
 100151 CGCTGCCTTC...AATTTTTTTCCCCACAGGAAGGAAAAGCTGATGCGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185 GCTCTCAGTGCCGCGTCGCCAAATACTGTAGTGCTAAGTGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 252144 GCTCTCAGTGCCGCGTCGCCAAATACTGTAGTGCTAAGTGTCAGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229    AAAAAAGCTTGGCCAGACCACAAGCGGGAATGCAAATGCCTTAAAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271741 TAGAAAAAAGCTTGGCCAGACCACAAGCGGGAATGCAAATGCCTTAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276 CTGCAAACCCAGATATCCTCCAGACTCCGTTCGACTTCTTGGCAGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271791 CTGCAAACCCAGATATCCTCCAGACTCCGTTCGACTTCTTGGCAGAGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326 TCTTCAAACTT         ATGGATGGAGCACCTTCAGAATCAGAGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 271841 TCTTCAAACTTGTG...CAGATGGATGGAGCACCTTCAGAATCAGAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367 CTTTACTCATTTTATGATCTGGAGTCAA         ATATTAACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 276711 CTTTACTCATTTTATGATCTGGAGTCAAGTA...AAGATATTAACAAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408 GACTGAAGATAAGAAAGAGGGCCTCAGGCAACTCGTAATGACATTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279894 GACTGAAGATAAGAAAGAGGGCCTCAGGCAACTCGTAATGACATTTCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458 ATTTCATGAGAGAAGAAATACAGGATGCCTCTCAGCTGCCACCTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279944 ATTTCATGAGAGAAGAAATACAGGATGCCTCTCAGCTGCCACCTGCCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508 GACCTTTTTGAAGCCTTTGCAAAA         GTGATCTGCAACTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 279994 GACCTTTTTGAAGCCTTTGCAAAAGTA...CAGGTGATCTGCAACTCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 CACCATCTGTAATGCGGAGATGCAGGAAGTTGGTGTTGGCCTATATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677298 CACCATCTGTAATGCGGAGATGCAGGAAGTTGGTGTTGGCCTATATCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 G         TATCTCTTTGCTCAATCACAGCTGTGACCCCAACTGTTCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677348 GGTA...CAGTATCTCTTTGCTCAATCACAGCTGTGACCCCAACTGTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 ATTGTGTTCAATGGGCCCCACCTCTTACTGCGAGCAGTCCGAGACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679225 ATTGTGTTCAATGGGCCCCACCTCTTACTGCGAGCAGTCCGAGACATCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 GGTGGGAGAGGAG         CTCACCATCTGCTACCTGGATATGCTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 679275 GGTGGGAGAGGAGGTA...CAGCTCACCATCTGCTACCTGGATATGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 TGACCAGTGAGGAGCGCCGGAAGCAGCTGAGGGACCAGTACTGCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 691606 TGACCAGTGAGGAGCGCCGGAAGCAGCTGAGGGACCAGTACTGCTTTGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781 TGTGACTGTTTCCGTTGCCAAACCCAGGACAAG         GATGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 691656 TGTGACTGTTTCCGTTGCCAAACCCAGGACAAGGTA...CAGGATGCTGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 TATGCTAACTGGTGATGAGCAAGTATGGAAGGAAGTTCAAGAATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 743340 TATGCTAACTGGTGATGAGCAAGTATGGAAGGAAGTTCAAGAATCCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 AAAAAATTGAAGAACTGAAGGCACACTGGA         AGTGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 743390 AAAAAATTGAAGAACTGAAGGCACACTGGAGTA...CAGAGTGGGAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 GTTCTGGCCATGTGCCAGGCAATCATAAGCAGCAATTCTGAACGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 748559 GTTCTGGCCATGTGCCAGGCAATCATAAGCAGCAATTCTGAACGGCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963 CGATATCAACATCTACCAGCTGAAGGTGCTCGACTGCGCCATGGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 748609 CGATATCAACATCTACCAGCTGAAGGTGCTCGACTGCGCCATGGATGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 GCATCAACCTCGGCCTGTTGGAGGAAGCCTTGTTCTATGGTACTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 748659 GCATCAACCTCGGCCTGTTGGAGGAAGCCTTGTTCTATGGTACTCGGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063 ATGGAGCCATACAG         GATTTTTTTCCCAGGAAGCCATCCCGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 748709 ATGGAGCCATACAGGCA...CAGGATTTTTTTCCCAGGAAGCCATCCCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 CAGAGGGGTTCAAGTGATGAAAGTTGGCAAACTGCAGCTACATCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 843096 CAGAGGGGTTCAAGTGATGAAAGTTGGCAAACTGCAGCTACATCAAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1154 TGTTTCCCCAAGCAATGAAGAATCTGAGACTGGCTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||-|---||
 843146 TGTTTCCCCAAGCAATGAAGAATCTGAGACTGG T   GA