seq1 = pF1KB6687.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6687/gi568815588f_48301661.tfa (gi568815588f:48301661_48535026), 233366 bp

>pF1KB6687 1281
>gi568815588f:48301661_48535026 (Chr10)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-252  (103192-103321)   100% ->
253-311  (108219-108277)   100% ->
312-450  (108370-108508)   100% ->
451-616  (118495-118660)   100% ->
617-688  (122854-122925)   100% ->
689-871  (124228-124410)   100% ->
872-996  (124720-124844)   100% ->
997-1060  (125420-125483)   100% ->
1061-1138  (129533-129610)   100% ->
1139-1281  (133224-133366)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATAGTGTAGAGATTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGAAGCAAGCGTGACAACAATTTTTATAGTGTAGAGATTGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTACATTCACAGTCCTGAAACGATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTACATTCACAGTCCTGAAACGATATCAGAATTTAAAACCTATAGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGAGCTCAAGGAATAGTATG         CGCAGCTTATGATGCCATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 CAGGAGCTCAAGGAATAGTATGGTA...CAGCGCAGCTTATGATGCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGAAAGAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATTTCAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103211 CTTGAAAGAAATGTTGCAATCAAGAAGCTAAGCCGACCATTTCAGAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTAGTTCTTATGAAATGTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103261 GACTCATGCCAAGCGGGCCTACAGAGAGCTAGTTCTTATGAAATGTGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCACAAAAAT         ATAATTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 ATCACAAAAATGTA...TAGATAATTGGCCTTTTGAATGTTTTCACACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAATCCCTAGAAGAATTTCAAGATGT         TTACATAGTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108249 CAGAAATCCCTAGAAGAATTTCAAGATGTGTA...AAGTTACATAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGCTCATGGATGCAAATCTTTGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 GGAGCTCATGGATGCAAATCTTTGCCAAGTGATTCAGATGGAGCTAGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGATGCTGTGTGGAATCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 ATGAAAGAATGTCCTACCTTCTCTATCAGATGCTGTGTGGAATCAAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCATTCTGCTGGAATTATTCATCGG         GACTTAAAGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108482 CTTCATTCTGCTGGAATTATTCATCGGGTT...AAGGACTTAAAGCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATATAGTAGTAAAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 TAATATAGTAGTAAAATCTGATTGCACTTTGAAGATTCTTGACTTCGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCCAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCCTTATGTAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118559 TGGCCAGGACTGCAGGAACGAGTTTTATGATGACGCCTTATGTAGTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATCCTTGGCATGGGCTACAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118609 CGCTACTACAGAGCACCCGAGGTCATCCTTGGCATGGGCTACAAGGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CG         TTGACATTTGGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118659 CGGTC...CAGTTGACATTTGGTCAGTTGGGTGCATCATGGGAGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAAAGGTGGTGTTTTGTTCCCAGGTACAGATC         ATATTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122893 TCAAAGGTGGTGTTTTGTTCCCAGGTACAGATCGTA...TAGATATTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATGTCCTGAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124236 CAGTGGAATAAAGTTATTGAACAGCTTGGAACACCATGTCCTGAATTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGACTTACGTTGAAAACAGACCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124286 GAAGAAACTGCAACCAACAGTAAGGACTTACGTTGAAAACAGACCTAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCTGGATATAGCTTTGAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124336 ATGCTGGATATAGCTTTGAGAAACTCTTCCCTGATGTCCTTTTCCCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCAGAACACAACAAACTTAAAG         CCAGTCAGGCAAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124386 GACTCAGAACACAACAAACTTAAAGGTA...CAGCCAGTCAGGCAAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCTAAAAGGATCTCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124736 TTTGTTATCCAAAATGCTGGTAATAGATGCATCTAAAAGGATCTCTGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGAAGCTCTCCAACACCCGTACATCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124786 ATGAAGCTCTCCAACACCCGTACATCAATGTCTGGTATGATCCTTCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCAGAAGCT         CCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 124836 GCAGAAGCTGTA...CAGCCACCACCAAAGATCCCTGACAAGCAGTTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAAGGGAACACACAATAGAAGAGTGGAAAG         AATTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125452 TGAAAGGGAACACACAATAGAAGAGTGGAAAGGTA...CAGAATTGATAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAGAATGGAGTTATACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129542 ATAAGGAAGTTATGGACTTGGAGGAGAGAACCAAGAATGGAGTTATACGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGCAGCCCTCTCCTTTAG         GTGCAGCAGTGATCAATGGCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129592 GGGCAGCCCTCTCCTTTAGGTT...CAGGTGCAGCAGTGATCAATGGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCAGCATCCATCATCATCGTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133246 TCAGCATCCATCATCATCGTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAGCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133296 CAGATCCGACTTTGGCCTCTGATACAGACAGCAGTCTAGAAGCAGCAGCT

   1350     .    :    .    :
   1261 GGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA
        |||||||||||||||||||||
 133346 GGGCCTCTGGGCTGCTGTAGA