seq1 = pF1KB6685.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6685/gi568815584f_94463483.tfa (gi568815584f:94463483_94669592), 206110 bp

>pF1KB6685 1281
>gi568815584f:94463483_94669592 (Chr14)

1-649  (100001-100649)   100% ->
650-923  (103488-103761)   99% ->
924-1083  (104647-104806)   100% ->
1084-1281  (105913-106110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCTTATCGACTACCTGCTCCTCCTGCTGGTTGGACTACTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCTTATCGACTACCTGCTCCTCCTGCTGGTTGGACTACTGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTCATGGCCAGCTGCACGTTGAGCATGATGGTGAGAGTTGCAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTCATGGCCAGCTGCACGTTGAGCATGATGGTGAGAGTTGCAGTAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCCACCAGCAGATTCTGGAGACAGGTGAGGGCTCCCCCAGCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCCACCAGCAGATTCTGGAGACAGGTGAGGGCTCCCCCAGCCTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGCCCCTGCCAATGCTGACTTTGCCTTCCGCTTCTACTACCTGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAGCCCCTGCCAATGCTGACTTTGCCTTCCGCTTCTACTACCTGATCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCGGAGACCCCGGGGAAGAACATCTTTTTCTCCCCGCTGAGCATCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCGGAGACCCCGGGGAAGAACATCTTTTTCTCCCCGCTGAGCATCTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCTACGCCATGCTTTCCCTGGGGGCCTGCTCACACAGCCGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCTACGCCATGCTTTCCCTGGGGGCCTGCTCACACAGCCGCAGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCTTGAGGGCCTGGGCTTCAACCTCACCGAGCTGTCTGAGTCCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCTTGAGGGCCTGGGCTTCAACCTCACCGAGCTGTCTGAGTCCGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCATAGGGGCTTCCAGCACCTCCTGCACACTCTCAACCTCCCCGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCATAGGGGCTTCCAGCACCTCCTGCACACTCTCAACCTCCCCGGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCTGGAAACACGCGTGGGCAGTGCTCTGTTCCTGAGCCACAACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCTGGAAACACGCGTGGGCAGTGCTCTGTTCCTGAGCCACAACCTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTTGCAAAATTCCTGAATGACACCATGGCCGTCTATGAGGCTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTTGCAAAATTCCTGAATGACACCATGGCCGTCTATGAGGCTAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCCACACCAACTTCTACGACACTGTGGGCACAATCCAGCTTATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCCACACCAACTTCTACGACACTGTGGGCACAATCCAGCTTATCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCACGTCAAGAAGGAAACTCGAGGGAAGATTGTGGATTTGGTCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCACGTCAAGAAGGAAACTCGAGGGAAGATTGTGGATTTGGTCAGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCAAGAAGGACGTCTTGATGGTGCTGGTGAATTACATTTACTTCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100601 CTCAAGAAGGACGTCTTGATGGTGCTGGTGAATTACATTTACTTCAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650         CCCTGTGGGAGAAACCATTCATTTCCTCAAGGACCACTCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TG...CAGCCCTGTGGGAGAAACCATTCATTTCCTCAAGGACCACTCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAGACTTTTATGTTGATGAGAACACAACAGTCCGGGTGCCCATGATGCTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 AAGACTTCTATGTTGATGAGAACACAACAGTCCGGGTGCCCATGATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGACCAGGAGCATCACTGGTATCTTCATGACAGATACTTGCCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103580 CAGGACCAGGAGCATCACTGGTATCTTCATGACAGATACTTGCCCTGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTGCTACGGATGGATTACAAAGGAGACGCAACCGTGTTTTTCATTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103630 GGTGCTACGGATGGATTACAAAGGAGACGCAACCGTGTTTTTCATTCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTAACCAAGGCAAAATGAGGGAGATTGAAGAGGTTCTGACTCCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103680 CTAACCAAGGCAAAATGAGGGAGATTGAAGAGGTTCTGACTCCAGAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTAATGAGGTGGAACAACTTGTTGCGGAAGAG         GAATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103730 CTAATGAGGTGGAACAACTTGTTGCGGAAGAGGTA...CAGGAATTTTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAAGAAGCTAGAGTTGCATCTTCCCAAGTTCTCCATTTCTGGCTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104656 CAAGAAGCTAGAGTTGCATCTTCCCAAGTTCTCCATTTCTGGCTCCTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TATTAGATCAGATTTTGCCCAGGCTGGGCTTCACGGATCTGTTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104706 TATTAGATCAGATTTTGCCCAGGCTGGGCTTCACGGATCTGTTCTCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGGGCTGACTTATCCGGCATCACCAAACAGCAAAAACTGGAGGCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104756 TGGGCTGACTTATCCGGCATCACCAAACAGCAAAAACTGGAGGCATCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 A         AGTTTCCACAAGGCCACCTTGGACGTGGATGAGGCTGGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104806 AGTA...CAGAGTTTCCACAAGGCCACCTTGGACGTGGATGAGGCTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCGAGGCTGCAGCAGCCACCAGCTTCGCGATCAAATTCTTCTCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105953 CCGAGGCTGCAGCAGCCACCAGCTTCGCGATCAAATTCTTCTCTGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACCAATCGCCACATCCTGCGATTCAACCGGCCCTTCCTTGTGGTGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106003 ACCAATCGCCACATCCTGCGATTCAACCGGCCCTTCCTTGTGGTGATCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TTCCACCAGCACCCAGAGTGTCCTCTTTCTGGGCAAGGTCGTCGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106053 TTCCACCAGCACCCAGAGTGTCCTCTTTCTGGGCAAGGTCGTCGACCCCA

   1300     .
   1274 CGAAACCA
        ||||||||
 106103 CGAAACCA