seq1 = pF1KB6684.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KB6684/gi568815595f_119497914.tfa (gi568815595f:119497914_119729465), 231552 bp

>pF1KB6684 1368
>gi568815595f:119497914_119729465 (Chr3)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-275  (108861-109062)   100% ->
276-453  (110857-111034)   99% ->
454-562  (111555-111663)   100% ->
563-664  (115104-115205)   98% ->
665-754  (118099-118188)   100% ->
755-922  (120106-120273)   100% ->
923-1012  (121650-121739)   98% ->
1013-1121  (127211-127319)   100% ->
1122-1286  (130788-130952)   100% ->
1287-1368  (131471-131552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCCAGGTCCCTGGGAGAGCTGCTTCTGGGTGGGGGGCCTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCCAGGTCCCTGGGAGAGCTGCTTCTGGGTGGGGGGCCTCATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCTCAGCGTTGGAAGTTCAG         GGGATGCACCTCCTACCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 GTGGCTCAGCGTTGGAAGTTCAGGTA...CAGGGGATGCACCTCCTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGCCAAAGTGCGCTGACTTCCAGAGCGCCAACCTTTTTGAAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108879 CACAGCCAAAGTGCGCTGACTTCCAGAGCGCCAACCTTTTTGAAGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTCAAAGTCCAGTTTCTCCTCTTTGTCCCTTCGAATCCTAGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108929 GATCTCAAAGTCCAGTTTCTCCTCTTTGTCCCTTCGAATCCTAGCTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCTAGTAGAAGGAAGCAGTGACCTCCAAAACTCTGGGTTCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108979 GCAGCTAGTAGAAGGAAGCAGTGACCTCCAAAACTCTGGGTTCAATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCTGGGAACCAAACTAATTATCCATGGATTCAG         GGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109029 CTCTGGGAACCAAACTAATTATCCATGGATTCAGGTG...TAGGGTTTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAACAAAGCCTTCCTGGATTGACACATTCATTAGAACCCTTCTGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 110864 GGAACAAAGCCTTCCTGGATTGACACATTTATTAGAACCCTTCTGCGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACGAATGCTAATGTGATTGCCGTGGACTGGATTTATGGGTCTACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110914 AACGAATGCTAATGTGATTGCCGTGGACTGGATTTATGGGTCTACAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTACTTCTCAGCTGTGAAAAATGTGATTAAGTTGAGCCTCGAGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110964 TCTACTTCTCAGCTGTGAAAAATGTGATTAAGTTGAGCCTCGAGATCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTTTCCTCAATAAACTCCTG         GTGCTGGGTGTGTCGGAATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111014 CTTTTCCTCAATAAACTCCTGGTA...TAGGTGCTGGGTGTGTCGGAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAATCCACATCATTGGTGTTAGCCTGGGGGCCCACGTTGGGGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111575 CTCAATCCACATCATTGGTGTTAGCCTGGGGGCCCACGTTGGGGGCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGACAGCTCTTCGGAGGCCAGCTGGGACAGATCACAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111625 TGGGACAGCTCTTCGGAGGCCAGCTGGGACAGATCACAGGTA...CAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGACCCTGCTGGACCTGAGTACACGAGGGCCAGTGTGGAAGAGCGCTT
        |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 115106 CTGGACCCCGCTGGACCTGAGTACACCAGGGCCAGTGTGGAAGAGCGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATGCTGGAGATGCCCTCTTCGTGGAAGCCATCCACACAGACACCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115156 GGATGCTGGAGATGCCCTCTTCGTGGAAGCCATCCACACAGACACCGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665          ATTTGGGTATTCGGATTCCCGTTGGACATGTGGACTACTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115206 GTG...CAGATTTGGGTATTCGGATTCCCGTTGGACATGTGGACTACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCAACGGAGGCCAAGACCAACCTGGCTGCCCCACCTTCTTTTACGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118140 GTCAACGGAGGCCAAGACCAACCTGGCTGCCCCACCTTCTTTTACGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755         GTTATAGTTATCTGATCTGTGATCACATGAGGGCTGTGCACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118190 TC...CAGGTTATAGTTATCTGATCTGTGATCACATGAGGGCTGTGCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTACATCAGCGCCCTGGAGAATTCCTGTCCACTGATGGCCTTTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120148 TCTACATCAGCGCCCTGGAGAATTCCTGTCCACTGATGGCCTTTCCCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCAGCTACAAGGCCTTCCTTGCTGGACGCTGTCTGGATTGCTTTAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120198 GCCAGCTACAAGGCCTTCCTTGCTGGACGCTGTCTGGATTGCTTTAACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTTCTGCTTTCCTGCCCAAGGATAG         GACTGGTGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120248 TTTTCTGCTTTCCTGCCCAAGGATAGGTA...CAGGACTGGTGGAACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGTGTCAAGATAGAGCCGCTCCCCAAGGAAGTGAAAGTCTACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121665 GTGGTGTCAAGATAGAGCCGCTCCCCAAGGAAGTGAAAGTCTACCTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTACTTCCAGTGCTCCATACTGCA         TGCATCACAGCCTCGT
        ||||||||||||||||| |||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121715 ACTACTTCCAGTGCTCCGTACTGCAGTG...TAGTGCATCACAGCCTCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGTTTCACTTGAAGGAACTGAGAAACAAGGACACCAACATCGAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127227 GGAGTTTCACTTGAAGGAACTGAGAAACAAGGACACCAACATCGAGGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCTTCCTTAGCAGTAACATCACCTCTTCATCTAAGATCACCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127277 CCTTCCTTAGCAGTAACATCACCTCTTCATCTAAGATCACCATGTA...C

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1122   ACCTAAGCAGCAACGCTATGGGAAAGGAATCATAGCCCATGCCACCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130786 AGACCTAAGCAGCAACGCTATGGGAAAGGAATCATAGCCCATGCCACCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACAATGCCAGATAAACCAAGTGAAATTCAAGTTTCAGTCTTCCAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130836 ACAATGCCAGATAAACCAAGTGAAATTCAAGTTTCAGTCTTCCAACCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTTGGAAAAAAGACCGGACTACCATTATTGGGAAGTTCTGCACTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130886 TTTGGAAAAAAGACCGGACTACCATTATTGGGAAGTTCTGCACTGCCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGCCTGTCAATGACAG         AGAAAAGATGGTCTGCTTACCTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130936 TTGCCTGTCAATGACAGGTA...CAGAGAAAAGATGGTCTGCTTACCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACCAGTGAACTTACAAGCAAGTGTGACTGTTTCCTGTGACCTGAAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131495 ACCAGTGAACTTACAAGCAAGTGTGACTGTTTCCTGTGACCTGAAGATAG

   1450     .
   1361 CCTGTGTG
        ||||||||
 131545 CCTGTGTG