seq1 = pF1KB6679.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6679/gi568815587f_47115137.tfa (gi568815587f:47115137_47338846), 223710 bp

>pF1KB6679 1281
>gi568815587f:47115137_47338846 (Chr11)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-264  (101200-101336)   100% ->
265-456  (101722-101913)   100% ->
457-602  (117678-117823)   100% ->
603-702  (119437-119536)   100% ->
703-880  (119621-119798)   100% ->
881-1023  (120134-120276)   100% ->
1024-1188  (122701-122865)   100% ->
1189-1234  (123002-123047)   100% ->
1235-1281  (123664-123710)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCAAGAAACGCCCAGAAACCCAGAAGACCTCCGAGATTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCAAGAAACGCCCAGAAACCCAGAAGACCTCCGAGATTGTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGCCCCAGGAACAAGAGGAGCAGGAGTCCCCTGGAGCTGGAGCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGCCCCAGGAACAAGAGGAGCAGGAGTCCCCTGGAGCTGGAGCCCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGAAGCTCTGTGCGAAGGGCTCCG         GTCCTAGCAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 CCAAGAAGCTCTGTGCGAAGGGCTCCGGTA...CAGGTCCTAGCAGAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGACTCAGACTGCCTCTGGGTGGGGCTGGCTGGCCCACAGATCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101214 TGTGACTCAGACTGCCTCTGGGTGGGGCTGGCTGGCCCACAGATCCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCATGCCGCAGCATCGTCAGGACCCTCCACCAGCATAAGCTGGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101264 ACCATGCCGCAGCATCGTCAGGACCCTCCACCAGCATAAGCTGGGCAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTCCTGGCCATCTGTCCAGCAG         GGGCTCCAGCAGTCCTTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101314 CTTCCTGGCCATCTGTCCAGCAGGTA...CAGGGGCTCCAGCAGTCCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGCACACTCTGGATTCTTACCGGATATTACAAAAGGCTGCCCCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101740 TTGCACACTCTGGATTCTTACCGGATATTACAAAAGGCTGCCCCCTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGAGGGCTACATCCTTGGCGTGGCACCCAACTCACCCCAGCACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101790 CAGGAGGGCTACATCCTTGGCGTGGCACCCAACTCACCCCAGCACCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTGGGTTCCAAAGGGGGAGATATCATGCTCTGGAATTTTGGCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101840 CTGTGGGTTCCAAAGGGGGAGATATCATGCTCTGGAATTTTGGCATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACAAACCCACCTTCATCAAAGGG         ATTGGAGCTGGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101890 GACAAACCCACCTTCATCAAAGGGGTG...TAGATTGGAGCTGGAGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCACTGGGCTGAAGTTTAACCCTCTCAATACCAACCAGTTTTACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117695 CATCACTGGGCTGAAGTTTAACCCTCTCAATACCAACCAGTTTTACGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCAATGGAGGGAACAACTAGGCTGCAAGACTTTAAAGGCAACATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117745 CCTCAATGGAGGGAACAACTAGGCTGCAAGACTTTAAAGGCAACATTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAGTTTTTGCCAGCTCAGACACCATCAA         CATCTGGTTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117795 CGAGTTTTTGCCAGCTCAGACACCATCAAGTG...CAGCATCTGGTTTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAGCCTGGATGTGTCTGCTAGTAGCCGAATGGTGGTCACAGGAGACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119449 TAGCCTGGATGTGTCTGCTAGTAGCCGAATGGTGGTCACAGGAGACAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGGAACGTGATCCTGCTGAACATGGACGGCAAAGAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119499 TGGGGAACGTGATCCTGCTGAACATGGACGGCAAAGAGGTG...CAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGAATCTCAGAATGCACAAAAAGAAAGTGACGCATGTGGCCCTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119624 TGGAATCTCAGAATGCACAAAAAGAAAGTGACGCATGTGGCCCTGAACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGCTGTGATTGGTTCCTGGCCACAGCCTCCGTAGATCAAACAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119674 ATGCTGTGATTGGTTCCTGGCCACAGCCTCCGTAGATCAAACAGTGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTTGGGACCTGCGCCAGGTTAGAGGGAAAGCCAGCTTCCTCTACTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119724 TTTGGGACCTGCGCCAGGTTAGAGGGAAAGCCAGCTTCCTCTACTCGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGCACAGGCATCCTGTCAACGCAG         CTTGTTTCAGTCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119774 CCGCACAGGCATCCTGTCAACGCAGGTG...CAGCTTGTTTCAGTCCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGAGCCCGGCTCCTGACCACGGACCAGAAGAGCGAGATCCGAGTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120150 TGGAGCCCGGCTCCTGACCACGGACCAGAAGAGCGAGATCCGAGTTTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCTTCCCAGTGGGACTGCCCCCTGGGCCTGATCCCGCACCCTCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120200 CTGCTTCCCAGTGGGACTGCCCCCTGGGCCTGATCCCGCACCCTCACCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CACTTCCAGCACCTCACACCCATCAAG         GCAGCCTGGCATCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120250 CACTTCCAGCACCTCACACCCATCAAGGTG...TAGGCAGCCTGGCATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCGCTACAACCTCATTGTTGTGGGCCGATACCCAGATCCTAATTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122715 TCGCTACAACCTCATTGTTGTGGGCCGATACCCAGATCCTAATTTCAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTGTACCCCTTATGAATTGAGGACGATCGACGTGTTCGATGGAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122765 GTTGTACCCCTTATGAATTGAGGACGATCGACGTGTTCGATGGAAACTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGGAAGATGATGTGTCAGCTCTATGACCCAGAATCTTCTGGCATCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122815 GGGAAGATGATGTGTCAGCTCTATGACCCAGAATCTTCTGGCATCAGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 G         CTTAATGAATTCAATCCCATGGGGGACACGCTGGCCTCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122865 GGTG...CAGCTTAATGAATTCAATCCCATGGGGGACACGCTGGCCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAATGG         GTTACCACATTCTCATCTGGAGCCAGGAGGAAGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123042 CAATGGGTG...TAGGTTACCACATTCTCATCTGGAGCCAGGAGGAAGCC

   1350     .    :
   1270 AGGACACGGAAG
        ||||||||||||
 123699 AGGACACGGAAG