seq1 = pF1KB6677.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6677/gi568815594f_147385682.tfa (gi568815594f:147385682_147642615), 256934 bp

>pF1KB6677 1281
>gi568815594f:147385682_147642615 (Chr4)

1-420  (100001-100420)   100% ->
421-548  (134170-134297)   100% ->
549-747  (146825-147023)   100% ->
748-900  (150196-150348)   100% ->
901-1034  (154136-154269)   100% ->
1035-1143  (154696-154804)   100% ->
1144-1281  (156797-156934)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCCTTTGCCTCAGGGCATCCTTTTGGCTGGCACTGGTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCCTTTGCCTCAGGGCATCCTTTTGGCTGGCACTGGTTGGATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTAATCAGTGATAATCCTGAGAGATACAGCACAAATCTAAGCAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTAATCAGTGATAATCCTGAGAGATACAGCACAAATCTAAGCAATCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGATGATTTCACCACTTTTCGTGGCACAGAGCTCAGCTTCCTGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGATGATTTCACCACTTTTCGTGGCACAGAGCTCAGCTTCCTGGTTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCATCAACCCACTAATTTGGTCCTACCCAGCAATGGCTCAATGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTCATCAACCCACTAATTTGGTCCTACCCAGCAATGGCTCAATGCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTATTGCCCACAGCAGACTAAAATTACTTCAGCTTTCAAATACATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTATTGCCCACAGCAGACTAAAATTACTTCAGCTTTCAAATACATTAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTGATATCTTGTACTATTTTCATCGTGGGAATGGTGGGGAATGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTGATATCTTGTACTATTTTCATCGTGGGAATGGTGGGGAATGCAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCTCAGGATCATTTACCAGAACAAATGTATGAGGAATGGCCCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCTCAGGATCATTTACCAGAACAAATGTATGAGGAATGGCCCCAACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGATAGCCAGTCTTGCCCTTGGAGACCTTATCTATGTGGTCATTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGATAGCCAGTCTTGCCCTTGGAGACCTTATCTATGTGGTCATTGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCCTATCAATGTATTTAAG         CTGCTGGCTGGGCGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100401 TCCCTATCAATGTATTTAAGGTA...CAGCTGCTGGCTGGGCGCTGGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTGATCACAATGACTTTGGCGTATTTCTTTGCAAGCTGTTCCCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134191 TTTGATCACAATGACTTTGGCGTATTTCTTTGCAAGCTGTTCCCCTTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGAAGTCCTCGGTGGGGATCACCGTCCTCAACCTCTGCGCTCTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134241 GCAGAAGTCCTCGGTGGGGATCACCGTCCTCAACCTCTGCGCTCTTAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGACAG         GTACAGAGCAGTTGCCTCCTGGAGTCGTGTTCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134291 TTGACAGGTA...CAGGTACAGAGCAGTTGCCTCCTGGAGTCGTGTTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAATTGGGATTCCTTTGGTAACTGCCATTGAAATTGTCTCCATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146859 GGAATTGGGATTCCTTTGGTAACTGCCATTGAAATTGTCTCCATCTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGTCCTTTATCCTGGCCATTCCTGAAGCGATTGGCTTCGTCATGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146909 CCTGTCCTTTATCCTGGCCATTCCTGAAGCGATTGGCTTCGTCATGGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTTTGAATATAGGGGTGAACAGCATAAAACCTGTATGCTCAATGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146959 CCTTTGAATATAGGGGTGAACAGCATAAAACCTGTATGCTCAATGCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCAAAATTCATGGAG         TTCTACCAAGATGTAAAGGACTGGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 147009 TCAAAATTCATGGAGGTA...AAGTTCTACCAAGATGTAAAGGACTGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTCTTCGGGTTCTATTTCTGTATGCCCTTGGTGTGCACTGCGATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150222 GCTCTTCGGGTTCTATTTCTGTATGCCCTTGGTGTGCACTGCGATCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACACCCTCATGACTTGTGAGATGTTGAACAGAAGGAATGGCAGCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150272 ACACCCTCATGACTTGTGAGATGTTGAACAGAAGGAATGGCAGCTTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATTGCCCTCAGTGAACATCTTAAGCAG         CGTCGAGAAGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 150322 ATTGCCCTCAGTGAACATCTTAAGCAGGTA...TAGCGTCGAGAAGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAAAACAGTTTTCTGCTTGGTTGTAATTTTTGCTCTTTGCTGGTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154150 AAAAACAGTTTTCTGCTTGGTTGTAATTTTTGCTCTTTGCTGGTTCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTCATTTAAGCCGTATATTGAAGAAAACTGTGTATAACGAGATGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154200 TTCATTTAAGCCGTATATTGAAGAAAACTGTGTATAACGAGATGGACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACCGATGTGAATTACTTAG         TTTCTTACTGCTCATGGATTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 154250 AACCGATGTGAATTACTTAGGTA...TAGTTTCTTACTGCTCATGGATTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATCGGTATTAACTTGGCAACCATGAATTCATGTATAAACCCCATAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154717 CATCGGTATTAACTTGGCAACCATGAATTCATGTATAAACCCCATAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGTATTTTGTGAGCAAGAAATTTAAAAATTGTTTCCAG         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 154767 TGTATTTTGTGAGCAAGAAATTTAAAAATTGTTTCCAGGTA...CAGTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGCCTCTGCTGCTGCTGTTACCAGTCCAAAAGTCTGATGACCTCGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156800 TGCCTCTGCTGCTGCTGTTACCAGTCCAAAAGTCTGATGACCTCGGTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CATGAACGGAACAAGCATCCAGTGGAAGAACCACGATCAAAACAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156850 CATGAACGGAACAAGCATCCAGTGGAAGAACCACGATCAAAACAACCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1247 ACACAGACCGGAGCAGCCATAAGGACAGCATGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156900 ACACAGACCGGAGCAGCCATAAGGACAGCATGAAC