seq1 = pF1KB6673.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6673/gi568815575r_153835341.tfa (gi568815575r:153835341_154044420), 209080 bp

>pF1KB6673 1281
>gi568815575r:153835341_154044420 (ChrX)

(complement)

1-27  (99811-99837)   100% ->
28-137  (100003-100112)   100% ->
138-213  (100266-100341)   100% ->
214-289  (100451-100526)   100% ->
290-462  (100703-100875)   100% ->
463-687  (101342-101566)   100% ->
688-769  (102390-102471)   100% ->
770-945  (102768-102943)   100% ->
946-1077  (104188-104319)   100% ->
1078-1165  (108845-108932)   100% ->
1166-1281  (109017-109132)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAGGGTCTCCCAGCGCGACAG         GACATGGAGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99811 ATGAGCAAGGGTCTCCCAGCGCGACAGGCC...TAGGACATGGAGAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCGAGAGACTCTGCAGGCCTGGAAGGAGCGCGTGGGGCAGGAGCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 GCGAGAGACTCTGCAGGCCTGGAAGGAGCGCGTGGGGCAGGAGCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGTGGTGGCTTTCTGGATGGAGCACTCCCACGACCAGGAGCACGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100067 GCGTGGTGGCTTTCTGGATGGAGCACTCCCACGACCAGGAGCACGGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      GGGCTTCTTCACGTGCCTTGGCCGCGAGGGGCGGGTGTATGATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 ..CAGGGGCTTCTTCACGTGCCTTGGCCGCGAGGGGCGGGTGTATGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCAAGTATGTGTGGCTGCAGGGGAGGCAG         GTATGGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100311 CCTCAAGTATGTGTGGCTGCAGGGGAGGCAGGTA...CAGGTATGGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATTGTCGCCTGTACCGCACTTTCGAGCGCTTCCGCCATGCTCAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100461 ATTGTCGCCTGTACCGCACTTTCGAGCGCTTCCGCCATGCTCAGCTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACGCAGCAAAAGCAG         GTGGTGAGTTCTTGCTGCGGTATGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100511 GACGCAGCAAAAGCAGGTA...CAGGTGGTGAGTTCTTGCTGCGGTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCGGGTGGCACCTCCTGGCAAGAAGTGTGCCTTTGTGCTGACTCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 CCGGGTGGCACCTCCTGGCAAGAAGTGTGCCTTTGTGCTGACTCGGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCGCCCGGTCAAGGTGCAGCGAACCATCTTCAGTGAGTGTTTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 GCCGCCCGGTCAAGGTGCAGCGAACCATCTTCAGTGAGTGTTTCTACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGCCATGAACGAGCTGTGGAGAGCCACAGGGGAAGTGCGGTACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100828 ATGGCCATGAACGAGCTGTGGAGAGCCACAGGGGAAGTGCGGTACCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        ACGGAAGCGGTGGAGATGATGGATCAGATCGTCCACTGGGTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 G...CAGACGGAAGCGGTGGAGATGATGGATCAGATCGTCCACTGGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGAGGACGCGTCGGGACTGGGCCGGCCCCAGCTCCAGGGGGCCCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 AGGAGGACGCGTCGGGACTGGGCCGGCCCCAGCTCCAGGGGGCCCCGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCGGAGCCCATGGCGGTGCCCATGATGCTACTGAACCTGGTGGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 GCGGAGCCCATGGCGGTGCCCATGATGCTACTGAACCTGGTGGAGCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGGGGAGGCAGATGAGGAGCTGGCGGGCAAATACGCAGAGCTGGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101485 CGGGGAGGCAGATGAGGAGCTGGCGGGCAAATACGCAGAGCTGGGGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTGCGCCCGGAGGATTCTGCAGCACGTGCAG         AGGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101535 GGTGCGCCCGGAGGATTCTGCAGCACGTGCAGGTG...TAGAGGGATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAAGCTGTGCTGGAGAATGTGTCAGAGGGTGGCAAGGAACTTCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 CAAGCTGTGCTGGAGAATGTGTCAGAGGGTGGCAAGGAACTTCCTGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGGGAGACAGCAGAACCCAG         GCCACACGCTGGAAGCCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102449 CCTGGGGAGACAGCAGAACCCAGGTG...CAGGCCACACGCTGGAAGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTGGTTTCTGCTCCGTCATTGCATTCGGAAAGGCGACCCCGAACTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102786 GCTGGTTTCTGCTCCGTCATTGCATTCGGAAAGGCGACCCCGAACTTCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCCACGTGATTGACAAGTTCCTATTGTTGCCCTTCCACTCCGGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102836 GCCCACGTGATTGACAAGTTCCTATTGTTGCCCTTCCACTCCGGATGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCTGACCACGGAGGCCTCTTTTACTTCCAGGATGCTGATAACTTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102886 CCCTGACCACGGAGGCCTCTTTTACTTCCAGGATGCTGATAACTTCTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCACCCAG         CTGGAGTGGGCCATGAAGCTCTGGTGGCCACAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102936 CCACCCAGGTG...CAGCTGGAGTGGGCCATGAAGCTCTGGTGGCCACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTGAAGCCATGATTGCCTTCCTCATGGGTTACAGTGACAGTGGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104221 AGTGAAGCCATGATTGCCTTCCTCATGGGTTACAGTGACAGTGGGGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGCTGCTGCGCCTCTTCTACCAAGTGGCTGAGTACACCTTCCGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104271 TGTGCTGCTGCGCCTCTTCTACCAAGTGGCTGAGTACACCTTCCGCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078         TTTCGCGATCCCGAGTACGGGGAATGGTTTGGCTACCTGAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 TG...CAGTTTCGCGATCCCGAGTACGGGGAATGGTTTGGCTACCTGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGAGAGGGCAAGGTGGCCCTCTCCATCAAGGGAGGTCCTTTCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108887 CGAGAGGGCAAGGTGGCCCTCTCCATCAAGGGAGGTCCTTTCAAAGGTG.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166      GCTGCTTCCACGTGCCGCGGTGCCTAGCCATGTGCGAGGAGATGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108937 ..CAGGCTGCTTCCACGTGCCGCGGTGCCTAGCCATGTGCGAGGAGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGGCGCCCTGCTGAGCCGCCCCGCCCCCGCCCCCTCCCCCGCCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109062 TGGGCGCCCTGCTGAGCCGCCCCGCCCCCGCCCCCTCCCCCGCCCCCACC

   1350     .    :    .    :
   1261 CCCGCCTGCCGAGGCGCGGAA
        |||||||||||||||||||||
 109112 CCCGCCTGCCGAGGCGCGGAA