seq1 = pF1KB6672.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KB6672/gi568815592r_55655536.tfa (gi568815592r:55655536_55974865), 319330 bp

>pF1KB6672 1362
>gi568815592r:55655536_55974865 (Chr6)

(complement)

1-490  (100001-100490)   100% ->
491-683  (155019-155211)   100% ->
684-832  (180439-180587)   100% ->
833-1027  (200623-200817)   99% ->
1028-1104  (214333-214409)   100% ->
1105-1215  (215751-215861)   100% ->
1216-1362  (219184-219330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCTGACTGTATTTTTACTTAAGGGTATTGTGGGTTTCCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCTGACTGTATTTTTACTTAAGGGTATTGTGGGTTTCCTCTGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGGGTTCTAGTGGGTTATGCAAAAGGAGGTTTGGGAGACAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTGGGTTCTAGTGGGTTATGCAAAAGGAGGTTTGGGAGACAATCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCACTCCAGTTTTATTTATAGAAGACTACGGAACCACGAAAGACGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCACTCCAGTTTTATTTATAGAAGACTACGGAACCACGAAAGACGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATACAAAGGGAAATTCTCTCTATCTTGGGTTTGCCTCACAGACCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATACAAAGGGAAATTCTCTCTATCTTGGGTTTGCCTCACAGACCCAGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATTTTCACCTGGAAAACAAGCGTCCTCTGCACCTCTCTTTATGCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTTTCACCTGGAAAACAAGCGTCCTCTGCACCTCTCTTTATGCTGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTACAATGCCATGACCAATGAAGAAAATCCTGAAGAGTCGGAGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTACAATGCCATGACCAATGAAGAAAATCCTGAAGAGTCGGAGTACTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAAGGGCATCCTTGGCAGAAGAGACCAGAGGGGCAAGAAAGGGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAAGGGCATCCTTGGCAGAAGAGACCAGAGGGGCAAGAAAGGGATACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCCTCTCCCAATGGGTATCCTCGTCGCATACAGTTATCTCGGACGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCCTCTCCCAATGGGTATCCTCGTCGCATACAGTTATCTCGGACGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCTGACCACCCAGAGTCCTCCTCTAGCCAGCCTCCATGATACCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCTGACCACCCAGAGTCCTCCTCTAGCCAGCCTCCATGATACCAACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGAATGATGCTGACATGGTCATGAGCTTTGTCAACTTAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100451 CTGAATGATGCTGACATGGTCATGAGCTTTGTCAACTTAGGTA...CAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAAAGAGACAAGGATTTTTCTCACCAGCGAAGGCATTACAAAGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155020 TGAAAGAGACAAGGATTTTTCTCACCAGCGAAGGCATTACAAAGAATTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GATTTGATCTTACCCAAATTCCTCATGGAGAGGCAGTGACAGCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155070 GATTTGATCTTACCCAAATTCCTCATGGAGAGGCAGTGACAGCAGCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTCCGGATATACAAGGACCGGAGCAACAACCGATTTGAAAATGAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155120 TTCCGGATATACAAGGACCGGAGCAACAACCGATTTGAAAATGAAACAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TAAGATTAGCATATATCAAATCATCAAGGAATACACAAATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 155170 TAAGATTAGCATATATCAAATCATCAAGGAATACACAAATAGGTA...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684  GGATGCAGATCTGTTCTTGTTAGACACAAGAAAGGCCCAAGCTTTAGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180438 GGGATGCAGATCTGTTCTTGTTAGACACAAGAAAGGCCCAAGCTTTAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTGGGTTGGCTTGTCTTTGATATCACTGTGACCAGCAATCATTGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180488 GTGGGTTGGCTTGTCTTTGATATCACTGTGACCAGCAATCATTGGGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAATCCCCAGAATAATTTGGGCTTACAGCTCTGTGCAGAAACAGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180538 TAATCCCCAGAATAATTTGGGCTTACAGCTCTGTGCAGAAACAGGGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833          GACGCAGTATCAATGTAAAATCTGCTGGTCTTGTGGGAAGA
        >>>...>>>||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 180588 GTA...TAGGACGCAGTATCAACGTAAAATCTGCTGGTCTTGTGGGAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGGGACCTCAGTCAAAACAACCATTCATGGTGGCCTTCTTCAAGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200664 CAGGGACCTCAGTCAAAACAACCATTCATGGTGGCCTTCTTCAAGGCGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAGGTACTTCTTCGATCCGTGAGAGCAGCCAACAAACGAAAAAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200714 TGAGGTACTTCTTCGATCCGTGAGAGCAGCCAACAAACGAAAAAATCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCGCAATAAATCCAGCTCTCATCAGGACTCCTCCAGAATGTCCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200764 ACCGCAATAAATCCAGCTCTCATCAGGACTCCTCCAGAATGTCCAGTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGAG         ATTATAACACAAGTGAGCAAAAACAAGCCTGTAAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200814 GGAGGTA...CAGATTATAACACAAGTGAGCAAAAACAAGCCTGTAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCACGAACTCTATGTGAGCTTCCGGGATCTGGGATGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 214370 GCACGAACTCTATGTGAGCTTCCGGGATCTGGGATGGCAGGTA...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACTGGATTATAGCACCAGAAGGATACGCTGCATTTTATTGTGATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215752 ACTGGATTATAGCACCAGAAGGATACGCTGCATTTTATTGTGATGGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGTTCTTTTCCACTTAACGCCCATATGAATGCCACCAACCACGCTATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215802 TGTTCTTTTCCACTTAACGCCCATATGAATGCCACCAACCACGCTATAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCAGACTCTG         GTTCATCTGATGTTTCCTGACCACGTACCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 215852 TCAGACTCTGGTA...CAGGTTCATCTGATGTTTCCTGACCACGTACCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCCTTGTTGTGCTCCAACCAAATTAAATGCCATCTCTGTTCTGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219215 AGCCTTGTTGTGCTCCAACCAAATTAAATGCCATCTCTGTTCTGTACTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GATGACAGCTCCAATGTCATTTTGAAAAAATATAGAAATATGGTAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219265 GATGACAGCTCCAATGTCATTTTGAAAAAATATAGAAATATGGTAGTACG

   1400     .    :    .
   1347 CTCATGTGGCTGCCAC
        ||||||||||||||||
 219315 CTCATGTGGCTGCCAC