seq1 = pF1KB6668.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KB6668/gi568815597f_150908633.tfa (gi568815597f:150908633_151134231), 225599 bp

>pF1KB6668 1359
>gi568815597f:150908633_151134231 (Chr1)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-132  (109180-109272)   100% ->
133-335  (109835-110037)   100% ->
336-520  (115979-116163)   100% ->
521-679  (116883-117041)   100% ->
680-774  (118601-118695)   100% ->
775-933  (120154-120312)   100% ->
934-1359  (125174-125599)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACTACCTGCAGGGTTGTCGAGCTGCTCTGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGAGGACTACCTGCAGGGTTGTCGAGCTGCTCTGCAGGTA...CAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTCCCGACCTCTACATGTTGTGCTGGGAAATGAAGCCTGTGATTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109182 GTCCCGACCTCTACATGTTGTGCTGGGAAATGAAGCCTGTGATTTGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACAGTGTCTGCTCTTGCCCTGGCTTTTTACCTAGCAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109232 CCACAGTGTCTGCTCTTGCCCTGGCTTTTTACCTAGCAAAGGTG...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAACTGAGGCTGAGGAAGTCTTTGTGCCAGTTTTAAATATAAAACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109835 ACAACTGAGGCTGAGGAAGTCTTTGTGCCAGTTTTAAATATAAAACGTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAACTACCTCTGCGAGGTGACATTGTCTTCTTTCTTCAGAAGGTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109885 TGAACTACCTCTGCGAGGTGACATTGTCTTCTTTCTTCAGAAGGTTCATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCAGAGAGTATCTTGATTTTTCGGGATGAGATTGACCTCCATGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109935 TTCCAGAGAGTATCTTGATTTTTCGGGATGAGATTGACCTCCATGCATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCAGGCTGGCCAACTCACCCTCATCCTTGTCGACCATCATATCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109985 TACCAGGCTGGCCAACTCACCCTCATCCTTGTCGACCATCATATCTTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAA         AAGTGACACAGCCCTAGAGGAGGCAGTAGCAGAGGTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110035 CAAGTA...CAGAAGTGACACAGCCCTAGAGGAGGCAGTAGCAGAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGACCATCGACCCATCGAGCCGAAACACTGCCCTCCCTGCCATGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116017 TAGACCATCGACCCATCGAGCCGAAACACTGCCCTCCCTGCCATGTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGAGCTGGTGGGGTCCTGTGCTACCCTGGTGACCGAGAGAATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116067 GTTGAGCTGGTGGGGTCCTGTGCTACCCTGGTGACCGAGAGAATCCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGGGCACCAGAGATCTTGGACAGGCAAACTGCAGCCCTTCTGCATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116117 GGGGGCACCAGAGATCTTGGACAGGCAAACTGCAGCCCTTCTGCATGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GAACCATCATCCTGGACTGTGTCAACATGGACCTTAAAATTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116167 ...CAGGAACCATCATCCTGGACTGTGTCAACATGGACCTTAAAATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGCAACCCCAAAGGACAGCAAATATGTGGAGAAACTAGAGGCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116927 AAGGCAACCCCAAAGGACAGCAAATATGTGGAGAAACTAGAGGCCCTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAGACCTACCCAAGAGAAATGATATATTTGATTCCCTACAAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116977 CCCAGACCTACCCAAGAGAAATGATATATTTGATTCCCTACAAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTTGATGTATCAG         GACTGACCACTGAGCAGATGCTGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117027 AGTTTGATGTATCAGGTA...TAGGACTGACCACTGAGCAGATGCTGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGACCAGAAGACTATCTATAGACAAGGCGTCAAGGTGGCCATTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118627 AAAGACCAGAAGACTATCTATAGACAAGGCGTCAAGGTGGCCATTAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATATATATGGATTTGGAG         GCCTTTCTGCAGAGGTCTAACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118677 AATATATATGGATTTGGAGGTA...CAGGCCTTTCTGCAGAGGTCTAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTTGCAGATCTCCATGCTTTCTGCCAGGCTCACAGCTATGATGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120176 TCCTTGCAGATCTCCATGCTTTCTGCCAGGCTCACAGCTATGATGTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTGCCATGACTATCTTTTTCAACACTCACAATGAGCCAGTGCGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120226 GTTGCCATGACTATCTTTTTCAACACTCACAATGAGCCAGTGCGGCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCTATTTTCTGTCCCCATGTGGCACTCCAAACAACG         ATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120276 GGCTATTTTCTGTCCCCATGTGGCACTCCAAACAACGGTG...TAGATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAAGTCCTGGAACGCTCCCACTCTCCACCCCTGAAGCTGACCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125178 GTGAAGTCCTGGAACGCTCCCACTCTCCACCCCTGAAGCTGACCCCTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCAAGTACCCACCCTAACCTCCATGCCTATCTTCAAGGCAACACCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125228 TCAAGTACCCACCCTAACCTCCATGCCTATCTTCAAGGCAACACCCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCTCGAAAGAAACTTCTGCCCCTGCTCCAGGAAGCCCTGTCAGCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125278 CTCTCGAAAGAAACTTCTGCCCCTGCTCCAGGAAGCCCTGTCAGCATATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGACTCCATGAAGATCCCTTCAGGACAGCCTGAGACAGCAGATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125328 TTGACTCCATGAAGATCCCTTCAGGACAGCCTGAGACAGCAGATGTGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGGGAGCAAGTGGACAAGGAATTGGACAGGGCAAGTAACTCCCTGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125378 AGGGAGCAAGTGGACAAGGAATTGGACAGGGCAAGTAACTCCCTGATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGACTGAGTCAAGATGAGGAGGACCCTCCGCTGCCCCCGACGCCCATGA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125428 TGGCCTGAGTCAAGATGAGGAGGACCCTCCGCTGCCCCCGACGCCCATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACAGCTTGGTGGATGAGTGCCCTCTAGATCAGGGGCTGCCTAAACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125478 ACAGCTTGGTGGATGAGTGCCCTCTAGATCAGGGGCTGCCTAAACTCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCTGAGGCCGTCTTCGAGAAGTGCAGTCAGATCTCACTGTCACAGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125528 GCTGAGGCCGTCTTCGAGAAGTGCAGTCAGATCTCACTGTCACAGTCTAC

   1400     .    :    .    :
   1338 CACAGCCTCCCTGTCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||
 125578 CACAGCCTCCCTGTCCAAGAAG