seq1 = pF1KB6667.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB6667/gi568815596f_161079663.tfa (gi568815596f:161079663_161335515), 255853 bp

>pF1KB6667 1275
>gi568815596f:161079663_161335515 (Chr2)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-208  (123825-123933)   100% ->
209-327  (125013-125131)   100% ->
328-404  (144253-144329)   100% ->
405-520  (144969-145084)   100% ->
521-1101  (151309-151889)   100% ->
1102-1275  (155680-155853)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACAGCAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GCAGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACAGCAAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         ACTGAGAACTATGAGCAGAGAATACGTGAACAACAGGAACAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGACTGAGAACTATGAGCAGAGAATACGTGAACAACAGGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCACTTCAACAGACTATTATTGACAAGCTAAAATCTCAGTTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123867 CTGTCACTTCAACAGACTATTATTGACAAGCTAAAATCTCAGTTACTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGAATTCCACTCAAG         ATAACAATTATGGCTGTGTTCCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123917 TGTGAATTCCACTCAAGGTA...CAGATAACAATTATGGCTGTGTTCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTTGAAGACAGTGAAACAAGAAAGAATAATTTGACTCTTGATCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125037 TGCTTGAAGACAGTGAAACAAGAAAGAATAATTTGACTCTTGATCAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGATAAAGTGATTTCAGGAATAGCAAGAGAAAAACTACCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125087 CAAGATAAAGTGATTTCAGGAATAGCAAGAGAAAAACTACCAAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     GTAAGAAGACAAGAGGTTTCTTCTCCTAGAAAAGAAACTTCAGCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125137 .AAGGTAAGAAGACAAGAGGTTTCTTCTCCTAGAAAAGAAACTTCAGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAGTCTTGGCAGTCCTTTGCTCCATGAAAG         GGGTAATATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 144299 GGAGTCTTGGCAGTCCTTTGCTCCATGAAAGGTA...TAGGGGTAATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAAGACTTTCTGGGATCTGAAAGAAGAATTTCATAAAATATGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144979 GAGAAGACTTTCTGGGATCTGAAAGAAGAATTTCATAAAATATGCATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAAAAGCACAGAAAGACCACTTAAGCAAACTTAATATACCAGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145029 AGCAAAAGCACAGAAAGACCACTTAAGCAAACTTAATATACCAGACACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAACTG         AAACACAGTGCTCTGTGCCTATACAGTGTACGGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145079 CAACTGGTA...CAGAAACACAGTGCTCTGTGCCTATACAGTGTACGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAACAGATAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCTCAGGCTAAAGATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151344 AAAACAGATAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCTCAGGCTAAAGATGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATAGAGGTGCACCATCCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151394 AAATAGAGGTGCACCATCCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGATGAGGAAGACACCTCTTTTGAATCACTTTCTAAATTCAATGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151444 GAGATGAGGAAGACACCTCTTTTGAATCACTTTCTAAATTCAATGTCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTCCACCTATGGACAATGACTCAACTTTCTTACATAGCACTCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151494 TTTCCACCTATGGACAATGACTCAACTTTCTTACATAGCACTCCAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCCGGCATCCTTAGTCCTGCCACGTCTGAGGCAGTGTGCCAAGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151544 ACCCGGCATCCTTAGTCCTGCCACGTCTGAGGCAGTGTGCCAAGAGAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTAATATGGAGTTCAGAGACAACCCAGGGAACTTTGTTAAAACAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151594 TTAATATGGAGTTCAGAGACAACCCAGGGAACTTTGTTAAAACAGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAGCTTCAGCTATACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151644 ACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAGCTTCAGCTATACAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTTAAAACAACTGACAAAACAAAGCCCTCAAATCTCGTAAACACTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151694 CCTTAAAACAACTGACAAAACAAAGCCCTCAAATCTCGTAAACACTTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAGGACAACTCTGGATAGAGCTGCGTGTTTGCCACCTGGAGACCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151744 TCAGGACAACTCTGGATAGAGCTGCGTGTTTGCCACCTGGAGACCATAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCATTATATGTAAATAGCTTCCCACTTCTGGACCCATCTGATGCACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151794 GCATTATATGTAAATAGCTTCCCACTTCTGGACCCATCTGATGCACCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCCCTCACTCGATTCCCCGGGAAAAGCAATCCGAGGACCACAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 151844 TCCCTCACTCGATTCCCCGGGAAAAGCAATCCGAGGACCACAGCAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102      CCCATTTGGAAGCCCTTTCCTAATCAAGACAGTGACTCGGTGGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151894 ..CAGCCCATTTGGAAGCCCTTTCCTAATCAAGACAGTGACTCGGTGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTAAGTGGCACAGACTCAGAACTGCATATACCTCGAGTATGTGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155725 CTAAGTGGCACAGACTCAGAACTGCATATACCTCGAGTATGTGAATTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCAAGCAGTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGGGGGGATTTCCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155775 TCAAGCAGTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGGGGGGATTTCCTTCGGC

   1300     .    :    .    :    .
   1247 ATCTTAATTCACACTTCAATGGAGAGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 155825 ATCTTAATTCACACTTCAATGGAGAGACT