seq1 = pF1KB6666.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KB6666/gi568815594r_154504837.tfa (gi568815594r:154504837_154712609), 207773 bp

>pF1KB6666 1359
>gi568815594r:154504837_154712609 (Chr4)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-123  (100175-100219)   100% ->
124-307  (100409-100592)   100% ->
308-401  (100712-100805)   100% ->
402-532  (102413-102543)   100% ->
533-666  (102847-102980)   100% ->
667-851  (103960-104144)   100% ->
852-1129  (105628-105905)   100% ->
1130-1359  (107544-107773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTGGTCCTTGCACCCCCGGAATTTAATTCTCTACTTCTATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTGGTCCTTGCACCCCCGGAATTTAATTCTCTACTTCTATGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTATTTCTCTCTTCAACATGTGTAGCA         TATGTTGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TTTATTTCTCTCTTCAACATGTGTAGCAGTA...TAGTATGTTGCTACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGACAACTGCTGCATCTTAGATGAAAGATTC         GGTAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100188 GAGACAACTGCTGCATCTTAGATGAAAGATTCGTA...CAGGGTAGTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTCCAACTACCTGTGGCATTGCAGATTTCCTGTCTACTTATCAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100418 TGTCCAACTACCTGTGGCATTGCAGATTTCCTGTCTACTTATCAAACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTAGACAAGGATCTACAGTCTTTGGAAGACATCTTACATCAAGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 AGTAGACAAGGATCTACAGTCTTTGGAAGACATCTTACATCAAGTTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAAAACATCAGAAGTCAAACAGCTGATAAAAGCAATCCAACTCACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 ACAAAACATCAGAAGTCAAACAGCTGATAAAAGCAATCCAACTCACTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCCTGATGAATCATCAAAACCAA         ATATGATAGACGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100568 AATCCTGATGAATCATCAAAACCAAGTG...CAGATATGATAGACGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACTTTGAAGTCCAGGAAAATGTTAGAAGAAATTATGAAATATGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 TACTTTGAAGTCCAGGAAAATGTTAGAAGAAATTATGAAATATGAAGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGATTTTAACACATGACTCAAGTATTCG         ATATTTGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100778 CGATTTTAACACATGACTCAAGTATTCGGTA...TAGATATTTGCAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATATATAATTCAAATAATCAAAAGATTGTTAACCTGAAAGAGAAGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 ATATATAATTCAAATAATCAAAAGATTGTTAACCTGAAAGAGAAGGTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAGCTTGAAGCACAGTGCCAGGAACCTTGCAAAGACACGGTGCAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 CCAGCTTGAAGCACAGTGCCAGGAACCTTGCAAAGACACGGTGCAAATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGATATCACTGGGAAAG         ATTGTCAAGACATTGCCAATAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102526 ATGATATCACTGGGAAAGGTA...TAGATTGTCAAGACATTGCCAATAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAGCTAAACAGAGCGGGCTTTACTTTATTAAACCTCTGAAAGCTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102870 GGAGCTAAACAGAGCGGGCTTTACTTTATTAAACCTCTGAAAGCTAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAATTCTTAGTCTACTGTGAAATCGATGGGTCTGGAAATGGATGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 GCAATTCTTAGTCTACTGTGAAATCGATGGGTCTGGAAATGGATGGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTTTCAGAAG         AGACTTGATGGCAGTGTAGATTTCAAGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 TGTTTCAGAAGGTA...TAGAGACTTGATGGCAGTGTAGATTTCAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTGGATTCAATATAAAGAAGGATTTGGACATCTGTCTCCTACTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103990 AACTGGATTCAATATAAAGAAGGATTTGGACATCTGTCTCCTACTGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACAGAATTTTGGCTGGGAAATGAGAAGATTCATTTGATAAGCACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104040 AACAGAATTTTGGCTGGGAAATGAGAAGATTCATTTGATAAGCACACAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGCCATCCCATATGCATTAAGAGTGGAACTGGAAGACTGGAATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104090 CTGCCATCCCATATGCATTAAGAGTGGAACTGGAAGACTGGAATGGCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCAG         TACTGCAGACTATGCCATGTTCAAGGTGGGACCTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104140 ACCAGGTA...CAGTACTGCAGACTATGCCATGTTCAAGGTGGGACCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTGACAAGTACCGCCTAACATATGCCTACTTCGCTGGTGGGGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105664 AGCTGACAAGTACCGCCTAACATATGCCTACTTCGCTGGTGGGGATGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGATGCCTTTGATGGCTTTGATTTTGGCGATGATCCTAGTGACAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105714 GAGATGCCTTTGATGGCTTTGATTTTGGCGATGATCCTAGTGACAAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTCACATCCCATAATGGCATGCAGTTCAGTACCTGGGACAATGACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105764 TTCACATCCCATAATGGCATGCAGTTCAGTACCTGGGACAATGACAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TAAGTTTGAAGGCAACTGTGCTGAACAGGATGGATCTGGTTGGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105814 TAAGTTTGAAGGCAACTGTGCTGAACAGGATGGATCTGGTTGGTGGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAGTGTCACGCTGGCCATCTCAATGGAGTTTATTACCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105864 ACAAGTGTCACGCTGGCCATCTCAATGGAGTTTATTACCAAGGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130  GTGGCACTTACTCAAAAGCATCTACTCCTAATGGTTATGATAATGGCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107543 GGTGGCACTTACTCAAAAGCATCTACTCCTAATGGTTATGATAATGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATTTGGGCCACTTGGAAAACCCGGTGGTATTCCATGAAGAAAACCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107593 TATTTGGGCCACTTGGAAAACCCGGTGGTATTCCATGAAGAAAACCACTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGAAGATAATCCCATTCAACAGACTCACAATTGGAGAAGGACAGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107643 TGAAGATAATCCCATTCAACAGACTCACAATTGGAGAAGGACAGCAACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACCTGGGGGGAGCCAAACAGGTCAGACCAGAGCACCCTGCGGAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107693 CACCTGGGGGGAGCCAAACAGGTCAGACCAGAGCACCCTGCGGAAACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1329 ATATGACTCACTTTACCCTGAGGATGATTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107743 ATATGACTCACTTTACCCTGAGGATGATTTG