seq1 = pF1KB6663.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB6663/gi568815597r_149823545.tfa (gi568815597r:149823545_150027295), 203751 bp

>pF1KB6663 1272
>gi568815597r:149823545_150027295 (Chr1)

(complement)

1-34  (99537-99570)   100% ->
35-163  (100002-100130)   100% ->
164-706  (100378-100920)   100% ->
707-913  (101254-101460)   100% ->
914-1087  (103282-103455)   100% ->
1088-1272  (103567-103751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCGGGCCGATCTCCGAGCGGAATCAGG         ATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99537 ATGGCTGCCGGGCCGATCTCCGAGCGGAATCAGGGTA...AAGATGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTGTACGTGGGGGGCCTGGATGAGAAGGTTAGTGAACCGCTGCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 TGTGTACGTGGGGGGCCTGGATGAGAAGGTTAGTGAACCGCTGCTGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACTGTTTCTCCAGGCTGGACCAGTAGTCAACACCCACATGCCAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 AACTGTTTCTCCAGGCTGGACCAGTAGTCAACACCCACATGCCAAAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGTCACTGGCCAGCACCAAG         GCTATGGCTTTGTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100109 AGAGTCACTGGCCAGCACCAAGGTG...CAGGCTATGGCTTTGTGGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGAGTGAGGAAGATGCTGACTATGCCATTAAGATCATGAACATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 CTTGAGTGAGGAAGATGCTGACTATGCCATTAAGATCATGAACATGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTCTATGGGAAGCCAATACGGGTGAACAAAGCATCAGCTCACAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 AACTCTATGGGAAGCCAATACGGGTGAACAAAGCATCAGCTCACAACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCTGGATGTAGGGGCCAACATTTTCATTGGGAACCTGGACCCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 AACCTGGATGTAGGGGCCAACATTTTCATTGGGAACCTGGACCCTGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGATGAGAAGTTGCTTTATGATACTTTCAGCGCCTTTGGGGTCATCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100547 TGATGAGAAGTTGCTTTATGATACTTTCAGCGCCTTTGGGGTCATCTTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAACCCCCAAAATTATGCGGGACCCTGACACAGGCAACTCCAAAGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 AAACCCCCAAAATTATGCGGGACCCTGACACAGGCAACTCCAAAGGTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTTTATTAATTTTGCTTCATTTGATGCTTCGGATGCAGCAATTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 GCCTTTATTAATTTTGCTTCATTTGATGCTTCGGATGCAGCAATTGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGAATGGGCAGTACCTCTGTAACCGTCCTATCACCGTATCTTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 CATGAATGGGCAGTACCTCTGTAACCGTCCTATCACCGTATCTTATGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAAGAAGGACTCCAAGGGTGAGCGCCATGGCTCAGCAGCCGAACGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 TCAAGAAGGACTCCAAGGGTGAGCGCCATGGCTCAGCAGCCGAACGACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGCAGCTCAGAACCCGCTCTCCCAGGCTGATCGCCCTCATCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 CTGGCAGCTCAGAACCCGCTCTCCCAGGCTGATCGCCCTCATCAGCTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCAGATGCACCTCCTCCACCCTCTGCTCCCAATCCTGTGGTATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 TGCAGATGCACCTCCTCCACCCTCTGCTCCCAATCCTGTGGTATCATCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGGGTCTGGGCTTCCTCCACCAG         GCATGCCTCCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100897 TGGGGTCTGGGCTTCCTCCACCAGGTA...TAGGCATGCCTCCTCCTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCTTCCCACCCCCAGTGCCACCTCCTGGAGCCCTCCCACCTGGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 TCCTTCCCACCCCCAGTGCCACCTCCTGGAGCCCTCCCACCTGGGATACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCCAGCCATGCCCCCACCACCTATGCCTCCTGGGGCTGCAGGACATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 CCCAGCCATGCCCCCACCACCTATGCCTCCTGGGGCTGCAGGACATGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCCATCGGCAGGAACCCCAGGGGCAGGACATCCTGGTCATGGACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 CCCCATCGGCAGGAACCCCAGGGGCAGGACATCCTGGTCATGGACACTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATCCTCACCCATTCCCACCGGGTGGGATGCCCCATCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101421 CATCCTCACCCATTCCCACCGGGTGGGATGCCCCATCCAGGTA...TAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GATGTCTCAGATGCAGCTTGCACACCATGGCCCTCATGGCTTAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 GATGTCTCAGATGCAGCTTGCACACCATGGCCCTCATGGCTTAGGACATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCCACGCTGGACCCCCAGGCTCTGGGGGCCAGCCACCGCCCCGACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103333 CCCACGCTGGACCCCCAGGCTCTGGGGGCCAGCCACCGCCCCGACCACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCTGGAATGCCTCATCCTGGACCTCCTCCAATGGGCATGCCCCCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103383 CCTGGAATGCCTCATCCTGGACCTCCTCCAATGGGCATGCCCCCCCGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCCTCCATTCGGATCTCCCATGG         GTCACCCAGGTCCTATGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103433 GCCTCCATTCGGATCTCCCATGGGTA...CAGGTCACCCAGGTCCTATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTCCGCATGGTATGCGTGGACCTCCTCCACTGATGCCCCCCCATGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103585 CTCCGCATGGTATGCGTGGACCTCCTCCACTGATGCCCCCCCATGGATAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACTGGCCCTCCACGACCCCCACCCTATGGCTACCAGCGGGGGCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103635 ACTGGCCCTCCACGACCCCCACCCTATGGCTACCAGCGGGGGCCTCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCCACCCAGACCCACTCCCCGGCCACCAGTTCCCCCTCGAGGCCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103685 TCCACCCAGACCCACTCCCCGGCCACCAGTTCCCCCTCGAGGCCCACTTC

   1300     .    :    .
   1256 GAGGCCCTCTCCCTCAG
        |||||||||||||||||
 103735 GAGGCCCTCTCCCTCAG