seq1 = pF1KB6660.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB6660/gi568815591f_112350689.tfa (gi568815591f:112350689_112575516), 224828 bp

>pF1KB6660 1353
>gi568815591f:112350689_112575516 (Chr7)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-199  (105075-105179)   100% ->
200-284  (105314-105398)   100% ->
285-409  (106226-106350)   100% ->
410-567  (108173-108330)   100% ->
568-618  (111178-111228)   100% ->
619-797  (111313-111491)   100% ->
798-906  (111582-111690)   100% ->
907-1041  (117293-117427)   100% ->
1042-1170  (121531-121659)   100% ->
1171-1266  (122078-122173)   100% ->
1267-1353  (124742-124828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGAACAAGAAGCGGAACACTCCCCACCGCGGTAGCAGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAAGAACAAGAAGCGGAACACTCCCCACCGCGGTAGCAGTGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCGGGTCAGGAGCAGCCGCAGCGACGGCGGCGACAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CGGCGGCGGGTCAGGAGCAGCCGCAGCGACGGCGGCGACAGCAGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GTGGCCAGCATCGAAATGTTCAGCCTTTTAGTGATGAAGATGCATCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105072 TAGGTGGCCAGCATCGAAATGTTCAGCCTTTTAGTGATGAAGATGCATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGAAACAATGAGCCATTGCAGTGGTTATAGCGATCCTTCCAGTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105122 ATTGAAACAATGAGCCATTGCAGTGGTTATAGCGATCCTTCCAGTTTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGATG         GACCAGAAGTCCTTGATGAGGAAGGAACTCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105172 TGAAGATGGTA...TAGGACCAGAAGTCCTTGATGAGGAAGGAACTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGACCTAGAGTACAAGTTGAAGGGATTAATTGACCTAACCCTGGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105347 AAGACCTAGAGTACAAGTTGAAGGGATTAATTGACCTAACCCTGGATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AG         TGCGAAGACAAGGCAAGCAGCTCTTGAAGGTATTAAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105397 AGGTA...TAGTGCGAAGACAAGGCAAGCAGCTCTTGAAGGTATTAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCACTGGCTTCAAAAATGCTGTATGAATTTATTCTGGAAAGGAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106265 TGCACTGGCTTCAAAAATGCTGTATGAATTTATTCTGGAAAGGAGAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTTAACTGATAGCATTGAACGCTGCCTGAAAAAAG         GTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106315 CTTTAACTGATAGCATTGAACGCTGCCTGAAAAAAGGTA...TAGGTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGTGATGAGCAACGTGCAGCTGCAGCGTTAGCATCTGTTCTTTGTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108178 AGTGATGAGCAACGTGCAGCTGCAGCGTTAGCATCTGTTCTTTGTATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGGCCCTGGAATTGAAAGTGAAGAGATTTTGAAAACTCTTGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108228 GCTGGGCCCTGGAATTGAAAGTGAAGAGATTTTGAAAACTCTTGGACCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTAAAGAAAATCATTTGTGATGGGTCAGCTAGTATGCAGGCTAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108278 TCCTAAAGAAAATCATTTGTGATGGGTCAGCTAGTATGCAGGCTAGGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACT         TGTGCAACTTGCTTTGGTGTTTGCTGTTTTATTGCCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108328 ACTGTA...TAGTGTGCAACTTGCTTTGGTGTTTGCTGTTTTATTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATGACATTACT         GAACTATACTCAACTCTGGAATGTTTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111216 AGATGACATTACTGTA...TAGGAACTATACTCAACTCTGGAATGTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAAATATCTTCACTAAATCCTATCTCAAAGAGAAAGACACTACTGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111341 AAAATATCTTCACTAAATCCTATCTCAAAGAGAAAGACACTACTGTTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCAGCACTCCTAATACAGTGCTTCATATCAGCTCTCTTCTTGCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111391 TGCAGCACTCCTAATACAGTGCTTCATATCAGCTCTCTTCTTGCATGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTACTGCTGACCATATGCCCAATCAATGAAGTGAAGAAAAAGCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111441 ACTACTGCTGACCATATGCCCAATCAATGAAGTGAAGAAAAAGCTTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 T         GCATTTCCATAAGCTTCCAAGCCTCCTCTCTTGTGATGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111491 TGTA...TAGGCATTTCCATAAGCTTCCAAGCCTCCTCTCTTGTGATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTAAACATGAGAATAGCTGCTGGTGAATCTTTGGCACTTCTCTTTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111622 GTAAACATGAGAATAGCTGCTGGTGAATCTTTGGCACTTCTCTTTGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCCAGAGGAATAGAGAGT         GACTTTTTTTATGAAGACATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111672 GGCCAGAGGAATAGAGAGTGTA...CAGGACTTTTTTTATGAAGACATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGTCCTTGACGCAGATGCTTAGGGCCTTGGCAACAGATGGAAATAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117315 AGTCCTTGACGCAGATGCTTAGGGCCTTGGCAACAGATGGAAATAAACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGGGCCAAAGTGGACAAGAGAAAGCAGCGGTCAGTTTTCAGAGATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117365 CGGGCCAAAGTGGACAAGAGAAAGCAGCGGTCAGTTTTCAGAGATGTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGGCAGTGGAG         GAACGGGATTTTCCAACAGAAACCATTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117415 GAGGGCAGTGGAGGTA...TAGGAACGGGATTTTCCAACAGAAACCATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AATTTGGTCCTGAACGCATGTATATTGATTGCTGGGTAAAAAAACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121559 AATTTGGTCCTGAACGCATGTATATTGATTGCTGGGTAAAAAAACACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TATGACACCTTTAAGGAGGTTCTTGGATCAGGGATGCAGTACCACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121609 TATGACACCTTTAAGGAGGTTCTTGGATCAGGGATGCAGTACCACTTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 G         TCAAATGAATTCCTTCGAAATGTATTTGAACTTGGACCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121659 GGTA...AAGTCAAATGAATTCCTTCGAAATGTATTTGAACTTGGACCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGTGATGCTTGATGCTGCAACGCTTAAAACGATGAAGATTTCTCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122118 CAGTGATGCTTGATGCTGCAACGCTTAAAACGATGAAGATTTCTCGTTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAAGG         CATTTATATAACTCTGCAGCCTTCAAAGCTCGAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122168 GAAAGGGTA...TAGCATTTATATAACTCTGCAGCCTTCAAAGCTCGAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAAAGCTAGAAGCAAATGTCGAGATAAGAGAGCAGATGTTGGAGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124777 CAAAGCTAGAAGCAAATGTCGAGATAAGAGAGCAGATGTTGGAGAATTCT

   1450 
   1352 TC
        ||
 124827 TC