seq1 = pF1KB6659.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB6659/gi568815581r_40776364.tfa (gi568815581r:40776364_40985185), 208822 bp

>pF1KB6659 1272
>gi568815581r:40776364_40985185 (Chr17)

(complement)

1-390  (100001-100390)   100% ->
391-473  (102532-102614)   100% ->
474-630  (104416-104572)   100% ->
631-792  (104925-105086)   100% ->
793-918  (105248-105373)   100% ->
919-1139  (106821-107041)   100% ->
1140-1177  (107769-107806)   100% ->
1178-1272  (108728-108822)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTCAGTCGCAGAAGCTTCCACAGAAGCCTGAGCTCCTCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTCAGTCGCAGAAGCTTCCACAGAAGCCTGAGCTCCTCCTTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCCTGTAGTCAGTACAGTGGGCATGCAGCGCCTCGGGACGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCCTGTAGTCAGTACAGTGGGCATGCAGCGCCTCGGGACGACACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTTTATGGGGGTGCTGGAGGCCGGGGCATCCGCATCTCCAACTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTTTATGGGGGTGCTGGAGGCCGGGGCATCCGCATCTCCAACTCCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACACGGTGAACTATGGGAGCGATCTCACAGGCGGCGGGGACCTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACACGGTGAACTATGGGAGCGATCTCACAGGCGGCGGGGACCTGTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCAATGAGAAAATGGCCATGCAGAACCTAAATGACCGTCTAGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCAATGAGAAAATGGCCATGCAGAACCTAAATGACCGTCTAGCGAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTAGAAAAGGTGCGGACCCTGGAGCAGTCCAACTCCAAACTTGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTAGAAAAGGTGCGGACCCTGGAGCAGTCCAACTCCAAACTTGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAAATCAAGCAGTGGTACGAAACCAACGCCCCGAGGGCTGGTCGCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAAATCAAGCAGTGGTACGAAACCAACGCCCCGAGGGCTGGTCGCGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGTGCATATTACAGACAAATTGAAGAGCTGCGAAGTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100351 CAGTGCATATTACAGACAAATTGAAGAGCTGCGAAGTCAGGTG...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAAGGATGCTCAACTGCAAAATGCTCGGTGTGTCCTGCAAATTGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 TTAAGGATGCTCAACTGCAAAATGCTCGGTGTGTCCTGCAAATTGATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTAAACTGGCTGCTGAGGACTTCAGACTGAA         GTATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102583 GCTAAACTGGCTGCTGAGGACTTCAGACTGAAGTA...CAGGTATGAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAGAGAGGAATACGTCTAACAGTGGAAGCTGATCTCCAAGGCCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104425 TGAGAGAGGAATACGTCTAACAGTGGAAGCTGATCTCCAAGGCCTGAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGTCTTTGATGACCTAACCCTACATAAAACAGATTTGGAGATTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 AGGTCTTTGATGACCTAACCCTACATAAAACAGATTTGGAGATTCAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGAACTGAATAAAGACCTAGCTCTCCTCAAAAAGGAGCATCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104525 GAAGAACTGAATAAAGACCTAGCTCTCCTCAAAAAGGAGCATCAGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    631        GAAGTCGATGGCCTACACAAGCATCTGGGCAACACTGTCAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 G...TAGGAAGTCGATGGCCTACACAAGCATCTGGGCAACACTGTCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAGGTTGATGCTGCTCCAGGCCTGAACCTTGGCGTCATCATGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104968 TGGAGGTTGATGCTGCTCCAGGCCTGAACCTTGGCGTCATCATGAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGAGGCAGAAGTATGAAGTCATGGCCCAGAAGAACCTTCAAGAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105018 ATGAGGCAGAAGTATGAAGTCATGGCCCAGAAGAACCTTCAAGAGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGAACAGTTTGAGAGACAG         ACTGCAGTTCTGCAGCAACAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105068 AGAACAGTTTGAGAGACAGGTA...TAGACTGCAGTTCTGCAGCAACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCACAGTGAATACTGAAGAATTAAAAGGAACTGAGGTTCAACTAACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105270 TCACAGTGAATACTGAAGAATTAAAAGGAACTGAGGTTCAACTAACGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGAGACGCACCTCCCAGAGCCTTGAGATAGAACTCCAGTCCCATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105320 CTGAGACGCACCTCCCAGAGCCTTGAGATAGAACTCCAGTCCCATCTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATG         AAAGAGTCTTTGGAGCACACTCTAGAGGAGACCAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105370 CATGGTA...TAGAAAGAGTCTTTGGAGCACACTCTAGAGGAGACCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCGTTACAGCAGCCAGTTAGCCAACCTCCAGTCGCTGTTGAGCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106858 CCCGTTACAGCAGCCAGTTAGCCAACCTCCAGTCGCTGTTGAGCTCTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGGCCCAACTGATGCAGATTCGGAGTAACATGGAACGCCAGAACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106908 GAGGCCCAACTGATGCAGATTCGGAGTAACATGGAACGCCAGAACAACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATACCATATCCTTCTTGACATAAAGACTCGACTTGAACAGGAAATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106958 ATACCATATCCTTCTTGACATAAAGACTCGACTTGAACAGGAAATTGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTTACCGCCGCCTTCTGGAAGGAGAAGACGTAAA         AACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107008 CTTACCGCCGCCTTCTGGAAGGAGAAGACGTAAAGTA...CAGAACTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAATATCAGTTAAGCACCCTGGAAGAGAGAG         ATATAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107776 GAATATCAGTTAAGCACCCTGGAAGAGAGAGGTA...CAGATATAAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AACCAGGAAGATTAAGACAGTCGTGCAAGAAGTAGTGGATGGCAAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108738 AACCAGGAAGATTAAGACAGTCGTGCAAGAAGTAGTGGATGGCAAGGTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1238 TGTCATCTGAAGTCAAAGAGGTGGAAGAAAATATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108788 TGTCATCTGAAGTCAAAGAGGTGGAAGAAAATATC