seq1 = pF1KB6657.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB6657/gi568815596r_202780863.tfa (gi568815596r:202780863_203011476), 230614 bp

>pF1KB6657 1269
>gi568815596r:202780863_203011476 (Chr2)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-136  (103518-103612)   100% ->
137-231  (110358-110452)   100% ->
232-338  (111840-111946)   100% ->
339-454  (114062-114177)   100% ->
455-609  (115258-115412)   100% ->
610-655  (116851-116896)   100% ->
656-741  (118775-118860)   100% ->
742-882  (126942-127082)   100% ->
883-988  (127174-127279)   100% ->
989-1121  (127736-127868)   100% ->
1122-1194  (128694-128766)   100% ->
1195-1269  (130540-130614)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGCTCCAAACACGCTTCTACACTGATAACAAGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCTCAGCTCCAAACACGCTTCTACACTGATAACAAGAAGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATATGCCGTAGATGATGTTCCCTTCTCAATCCCTGCTGCCTCTGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103518 ATATGCCGTAGATGATGTTCCCTTCTCAATCCCTGCTGCCTCTGAAATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGACCTTAGTAACATCATCAATAAACTACTAAAGGACAAAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103568 CCGACCTTAGTAACATCATCAATAAACTACTAAAGGACAAAAATGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     AGTTCCACAAACATGTGGAGTTTGATTTCCTTATTAAGGGCCAGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103618 .CAGAGTTCCACAAACATGTGGAGTTTGATTTCCTTATTAAGGGCCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTGCGAATGCCCTTGGACAAACACATGGAAATGGAGAACATCTCATCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110404 TCTGCGAATGCCCTTGGACAAACACATGGAAATGGAGAACATCTCATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GAAGAAGTTGTGGAAATAGAATACGTGGAGAAGTATACTGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110454 TA...TAGGAAGAAGTTGTGGAAATAGAATACGTGGAGAAGTATACTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCCAGCCAGAGCAATGCATGTTCCATGATGACTGGATCAGTTCAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111882 CCCCAGCCAGAGCAATGCATGTTCCATGATGACTGGATCAGTTCAATTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGGGCAGAGGAATG         GATCTTGACTGGTTCTTATGATAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111932 AGGGGCAGAGGAATGGTA...TAGGATCTTGACTGGTTCTTATGATAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTTCTCGGATCTGGTCCTTGGAAGGAAAGTCAATAATGACAATTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114088 CTTCTCGGATCTGGTCCTTGGAAGGAAAGTCAATAATGACAATTGTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATACGGATGTTGTAAAAGATGTGGCCTGGGTGAAAAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114138 CATACGGATGTTGTAAAAGATGTGGCCTGGGTGAAAAAAGGTT...CAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TAGTTTGTCCTGCTTATTATTGAGTGCTTCTATGGATCAGACTATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115259 TAGTTTGTCCTGCTTATTATTGAGTGCTTCTATGGATCAGACTATTCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TATGGGAGTGGAATGTAGAGAGAAACAAAGTGAAAGCCCTACACTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115309 TATGGGAGTGGAATGTAGAGAGAAACAAAGTGAAAGCCCTACACTGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAGGTCATGCTGGAAGTGTAGATTCTATAGCTGTTGATGGCTCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115359 AGAGGTCATGCTGGAAGTGTAGATTCTATAGCTGTTGATGGCTCAGGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAA         TTTTGCAGTGGCTCCTGGGATAAGATGCTAAAGATCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115409 TAAAGTA...TAGTTTTGCAGTGGCTCCTGGGATAAGATGCTAAAGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTCTACAG         TCCCTACAGATGAAGAAGATGAAATGGAGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116888 GGTCTACAGGTA...CAGTCCCTACAGATGAAGAAGATGAAATGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCACAAATCGACCAAGAAAGAAACAGAAGACAGAACAGTTGGGACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118807 TCCACAAATCGACCAAGAAAGAAACAGAAGACAGAACAGTTGGGACTAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAGG         ACTCCCATAGTGACCCTCTCTGGCCACATGGAGGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118857 AAGGGTC...TAGACTCCCATAGTGACCCTCTCTGGCCACATGGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTTCCTCAGTTCTGTGGTCAGATGCTGAAGAAATCTGCAGTGCATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126979 TTTCCTCAGTTCTGTGGTCAGATGCTGAAGAAATCTGCAGTGCATCTTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACCATACAATTAGAGTGTGGGATGTTGAGTCTGGCAGTCTTAAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127029 GACCATACAATTAGAGTGTGGGATGTTGAGTCTGGCAGTCTTAAGTCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTG         ACAGGAAATAAAGTGTTTAATTGTATTTCCTATTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127079 TTTGGTA...CAGACAGGAAATAAAGTGTTTAATTGTATTTCCTATTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CACTTTGTAAACGTTTAGCATCTGGAAGCACAGATAGGCATATCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127211 CACTTTGTAAACGTTTAGCATCTGGAAGCACAGATAGGCATATCAGACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGGATCCCCGAACTAAAG         ATGGTTCTTTGGTGTCGCTGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127261 TGGGATCCCCGAACTAAAGGTG...CAGATGGTTCTTTGGTGTCGCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTAACGTCACATACTGGTTGGGTGACATCAGTAAAATGGTCTCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127758 CCTAACGTCACATACTGGTTGGGTGACATCAGTAAAATGGTCTCCTACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATGAACAGCAGCTGATTTCAGGATCTTTAGATAACATTGTTAAGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127808 ATGAACAGCAGCTGATTTCAGGATCTTTAGATAACATTGTTAAGCTGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GATACAAGAAG         TTGTAAGGCTCCTCTCTATGATCTGGCTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 127858 GATACAAGAAGGTA...TAGTTGTAAGGCTCCTCTCTATGATCTGGCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCATGAAGACAAAGTTCTGAGTGTAGACTGGACAGACACAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128724 TCATGAAGACAAAGTTCTGAGTGTAGACTGGACAGACACAGGGGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195   CTACTTCTGAGTGGAGGAGCAGACAATAAATTGTATTCCTACAGATAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130538 AGCTACTTCTGAGTGGAGGAGCAGACAATAAATTGTATTCCTACAGATAT

   1350     .    :    .    :    .
   1243 TCACCTACCACTTCCCATGTTGGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||
 130588 TCACCTACCACTTCCCATGTTGGGGCA