seq1 = pF1KB6655.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB6655/gi568815577r_37525162.tfa (gi568815577r:37525162_37815131), 289970 bp

>pF1KB6655 1269
>gi568815577r:37525162_37815131 (Chr21)

(complement)

14-946  (99990-100921)   99% ->
947-1269  (189648-189970)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 CAGAATCCATGA CTAACGTCCTGGAGGGCGACTCCATGGATCAGGACGT
        ||-||-|||  |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 CA AA CCACCAGCTAACGTCCTGGAGGGCGACTCCATGGATCAGGACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 CGAAAGCCCAGTGGCCATTCACCAGCCAAAGTTGCCTAAGCAGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100038 CGAAAGCCCAGTGGCCATTCACCAGCCAAAGTTGCCTAAGCAGGCCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 ATGACCTGCCAAGACACATCAGCCGAGATCGGACCAAAAGGAAAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100088 ATGACCTGCCAAGACACATCAGCCGAGATCGGACCAAAAGGAAAATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    163 AGGTACGTGAGGAAAGACGGAAAGTGCAATGTTCATCACGGCAACGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100138 AGGTACGTGAGGAAAGACGGAAAGTGCAATGTTCATCACGGCAACGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    213 GGAGACCTATCGCTACCTGACCGATATCTTCACCACATTAGTGGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100188 GGAGACCTATCGCTACCTGACCGATATCTTCACCACATTAGTGGACCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    263 AGTGGAGATTCAACCTATTGATTTTTGTCATGGTTTACACAGTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100238 AGTGGAGATTCAACCTATTGATTTTTGTCATGGTTTACACAGTGACCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    313 CTCTTTTTTGGAATGATCTGGTGGTTGATCGCATACATACGGGGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100288 CTCTTTTTTGGAATGATCTGGTGGTTGATCGCATACATACGGGGAGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363 GGACCACATAGAGGACCCCTCCTGGACTCCTTGTGTTACCAACCTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100338 GGACCACATAGAGGACCCCTCCTGGACTCCTTGTGTTACCAACCTCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413 GGTTCGTCTCTGCTTTTTTATTCTCAATAGAGACAGAAACCACCATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100388 GGTTCGTCTCTGCTTTTTTATTCTCAATAGAGACAGAAACCACCATTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 TATGGCTACCGGGTCATCACAGATAAATGCCCAGAGGGAATTATTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100438 TATGGCTACCGGGTCATCACAGATAAATGCCCAGAGGGAATTATTCTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 CTTAATCCAATCTGTGTTGGGGTCCATTGTCAATGCATTCATGGTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100488 CTTAATCCAATCTGTGTTGGGGTCCATTGTCAATGCATTCATGGTGGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 GCATGTTTGTAAAAATCTCTCAACCCAAGAAGAGGGCAGAGACCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100538 GCATGTTTGTAAAAATCTCTCAACCCAAGAAGAGGGCAGAGACCCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 TTTTCCACCCATGCAGTGATCTCCATGCGGGATGGGAAACTGTGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100588 TTTTCCACCCATGCAGTGATCTCCATGCGGGATGGGAAACTGTGCCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 GTTCCGGGTAGGGGACCTTAGGAATTCCCACATTGTGGAGGCTTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100638 GTTCCGGGTAGGGGACCTTAGGAATTCCCACATTGTGGAGGCTTCCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 GAGCCAAGTTGATCAAATCCAAACAGACCTCGGAGGGGGAGTTCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100688 GAGCCAAGTTGATCAAATCCAAACAGACCTCGGAGGGGGAGTTCATCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 TTGAACCAGACGGATATCAACGTAGGGTATTACACGGGGGATGACCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100738 TTGAACCAGACGGATATCAACGTAGGGTATTACACGGGGGATGACCGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813 GTTTCTGGTGTCACCGCTGATCATTAGCCATGAAATTAACCAACAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 GTTTCTGGTGTCACCGCTGATCATTAGCCATGAAATTAACCAACAGAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863 CTTTCTGGGAGATCTCCAAAGCCCAGCTGCCCAAAGAGGAACTGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 CTTTCTGGGAGATCTCCAAAGCCCAGCTGCCCAAAGAGGAACTGGAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 GTGGTCATCCTAGAAGGAATGGTGGAAGCCACAG         GGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100888 GTGGTCATCCTAGAAGGAATGGTGGAAGCCACAGGTA...CAGGGATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 ATGCCAAGCTCGAAGCTCCTACATCACCAGTGAGATCCTGTGGGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189655 ATGCCAAGCTCGAAGCTCCTACATCACCAGTGAGATCCTGTGGGGTTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004 GGTTCACACCTGTCCTGACCCTGGAGGATGGGTTCTACGAAGTTGACTAC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 189705 GGTTCACACCTGTCCTGACCCTGGAGGACGGGTTCTACGAAGTTGACTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1054 AACAGCTTCCATGAGACCTATGAGACCAGCACCCCATCCCTTAGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189755 AACAGCTTCCATGAGACCTATGAGACCAGCACCCCATCCCTTAGTGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 AGAGCTGGCCGAGTTAGCCAGCAGGGCAGAGCTGCCCCTGAGTTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189805 AGAGCTGGCCGAGTTAGCCAGCAGGGCAGAGCTGCCCCTGAGTTGGTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1154 TATCCAGCAAACTCAACCAACATGCAGAACTGGAGACTGAAGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189855 TATCCAGCAAACTCAACCAACATGCAGAACTGGAGACTGAAGAGGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1204 AAGAACCTCGAAGAGCAAACAGAAAGAAATGGTGATGTGGCAAACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189905 AAGAACCTCGAAGAGCAAACAGAAAGAAATGGTGATGTGGCAAACCTGGA

   1250     .    :    .
   1254 GAATGAATCCAAAGTT
        ||||||||||||||||
 189955 GAATGAATCCAAAGTT