seq1 = pF1KB6653.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KB6653/gi568815581f_4615971.tfa (gi568815581f:4615971_4821036), 205066 bp

>pF1KB6653 1227
>gi568815581f:4615971_4821036 (Chr17)

1-23  (94752-94774)   100% ->
24-54  (99043-99073)   100% ->
55-115  (100003-100063)   100% ->
116-160  (100177-100221)   100% ->
161-357  (100442-100638)   100% ->
358-417  (101247-101306)   100% ->
418-485  (101715-101782)   100% ->
486-621  (101918-102053)   100% ->
622-706  (102291-102375)   100% ->
707-779  (102642-102714)   100% ->
780-917  (103313-103450)   100% ->
918-1001  (104246-104329)   100% ->
1002-1081  (104423-104502)   100% ->
1082-1136  (104616-104670)   100% ->
1137-1227  (104976-105066)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAGAAACCCGGGACCAG         GGTCTTCAAGAAGTCGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  94752 ATGGGGGAGAAACCCGGGACCAGGTA...TAGGGTCTTCAAGAAGTCGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCTAACTGCAAG         CTCACCGTGTACTTGGGCAAGCGGGACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
  99061 CCCTAACTGCAAGGTG...CAGCTCACCGTGTACTTGGGCAAGCGGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TCGTAGATCACCTGGACAAAGTGGACCCTGTAG         ATGGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100031 TCGTAGATCACCTGGACAAAGTGGACCCTGTAGGTA...TAGATGGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 GTGCTTGTGGACCCTGACTACCTGAAGGACCGCAAAG         TGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100185 GTGCTTGTGGACCCTGACTACCTGAAGGACCGCAAAGGTA...CAGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 TGTGACCCTCACCTGCGCCTTCCGCTATGGCCGTGAAGACCTGGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 TGTGACCCTCACCTGCGCCTTCCGCTATGGCCGTGAAGACCTGGATGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TGGGCTTGTCCTTCCGCAAAGACCTGTTCATCGCCACCTACCAGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 TGGGCTTGTCCTTCCGCAAAGACCTGTTCATCGCCACCTACCAGGCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCCCCGGTGCCCAACCCACCCCGGCCCCCCACCCGCCTGCAGGACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 CCCCCGGTGCCCAACCCACCCCGGCCCCCCACCCGCCTGCAGGACCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCTGAGGAAGCTGGGCCAGCATGCCCACCCCTTCTTCTTCACC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100596 GCTGAGGAAGCTGGGCCAGCATGCCCACCCCTTCTTCTTCACCGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358   ATACCCCAGAATCTTCCATGCTCCGTCACACTGCAGCCAGGCCCAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 AGATACCCCAGAATCTTCCATGCTCCGTCACACTGCAGCCAGGCCCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATACAGGAAAG         GCCTGCGGCGTAGACTTTGAGATTCGAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101295 GATACAGGAAAGGTA...GAGGCCTGCGGCGTAGACTTTGAGATTCGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CTTCTGTGCTAAATCACTAGAAGAGAAAAGCCACAAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101744 CTTCTGTGCTAAATCACTAGAAGAGAAAAGCCACAAAAGGTA...CAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 ACTCTGTGCGGCTGGTGATCCGAAAGGTGCAGTTCGCCCCGGAGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 ACTCTGTGCGGCTGGTGATCCGAAAGGTGCAGTTCGCCCCGGAGAAACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GGCCCCCAGCCTTCAGCCGAAACCACACGCCACTTCCTCATGTCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 GGCCCCCAGCCTTCAGCCGAAACCACACGCCACTTCCTCATGTCTGACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTCCCTGCACCTCGAGGCTTCCCTGGACAAGGAG         CTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102020 GTCCCTGCACCTCGAGGCTTCCCTGGACAAGGAGGTG...AAGCTGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACCATGGGGAGCCCCTCAATGTAAATGTCCACGTCACCAACAACTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102298 ACCATGGGGAGCCCCTCAATGTAAATGTCCACGTCACCAACAACTCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAGACCGTCAAGAAGATCAAAGTCTCTG         TGAGACAGTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102348 AAGACCGTCAAGAAGATCAAAGTCTCTGGTA...CAGTGAGACAGTACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CGACATCTGCCTCTTCAGCACCGCCCAGTACAAGTGTCCTGTGGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 CGACATCTGCCTCTTCAGCACCGCCCAGTACAAGTGTCCTGTGGCTCAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TCGAACAAGA         TGACCAGGTATCTCCCAGCTCCACATTCTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 TCGAACAAGAGTG...CAGTGACCAGGTATCTCCCAGCTCCACATTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AAGGTGTACACCATAACCCCACTGCTCAGCGACAACCGGGAGAAGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103344 AAGGTGTACACCATAACCCCACTGCTCAGCGACAACCGGGAGAAGCGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCTCGCCCTGGATGGGAAACTCAAGCACGAGGACACCAACCTGGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103394 TCTCGCCCTGGATGGGAAACTCAAGCACGAGGACACCAACCTGGCTTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCACCAT         CGTGAAGGAGGGTGCCAACAAGGAGGTGCTGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103444 GCACCATGTG...CAGCGTGAAGGAGGGTGCCAACAAGGAGGTGCTGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ATCCTGGTGTCCTACAGGGTCAAGGTGAAGCTGGTGGTGTCTCGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104280 ATCCTGGTGTCCTACAGGGTCAAGGTGAAGCTGGTGGTGTCTCGAGGCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002          GGATGTCTCTGTGGAGCTGCCTTTTGTTCTTATGCACCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104330 GTG...CAGGGATGTCTCTGTGGAGCTGCCTTTTGTTCTTATGCACCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 AGCCCCACGACCACATCCCCCTCCCCAGACCCCAGTCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104464 AGCCCCACGACCACATCCCCCTCCCCAGACCCCAGTCAGGTG...CAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCTCCGGAGACAGATGTCCCTGTGGACACCAACCTCATTGAATTTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104618 GCTCCGGAGACAGATGTCCCTGTGGACACCAACCTCATTGAATTTGATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CAA         CTATGCCACAGATGATGACATTGTGTTTGAGGACTTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 CAAGTA...AAGCTATGCCACAGATGATGACATTGTGTTTGAGGACTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 CCCGGCTTCGGCTGAAGGGGATGAAGGATGACGACTATGATGATCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105014 CCCGGCTTCGGCTGAAGGGGATGAAGGATGACGACTATGATGATCAACTC

   1350 
   1225 TGC
        |||
 105064 TGC