seq1 = pF1KB6651.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KB6651/gi568815595r_2970228.tfa (gi568815595r:2970228_3204984), 234757 bp

>pF1KB6651 1260
>gi568815595r:2970228_3204984 (Chr3)

(complement)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-228  (102165-102310)   100% ->
229-367  (103155-103293)   100% ->
368-521  (106695-106848)   100% ->
522-709  (106928-107115)   100% ->
710-855  (109541-109686)   100% ->
856-994  (112623-112761)   100% ->
995-1091  (128358-128454)   100% ->
1092-1176  (130119-130203)   100% ->
1177-1260  (134674-134757)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCATCGTGGCGCATGTATTACTCATCCTTTTGGGGGCCACTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCATCGTGGCGCATGTATTACTCATCCTTTTGGGGGCCACTGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCAAGCTGACTTACTTCCTGATGAAAAGA         TTTCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 ACTGCAAGCTGACTTACTTCCTGATGAAAAGAGTA...CAGTTTCACTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCCACCTGTCAATTTCACCATTAAAGTTACTGGTTTGGCTCAAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TCCCACCTGTCAATTTCACCATTAAAGTTACTGGTTTGGCTCAAGTTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACAATGGAAACCAAATCCTGATCAAGAGCAAAGGAATGTTAATCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102224 TTACAATGGAAACCAAATCCTGATCAAGAGCAAAGGAATGTTAATCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATCAAGTGAAAATAAACGCTCCAAAAGAAGATGAC         TATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102274 ATATCAAGTGAAAATAAACGCTCCAAAAGAAGATGACGTA...TAGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAACCAGAATCACTGAAAGCAAATGTGTAACCATCCTCCACAAAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103159 AAACCAGAATCACTGAAAGCAAATGTGTAACCATCCTCCACAAAGGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGCAAGTGTGCGGACCATCCTGCAGAACGACCACTCACTACTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103209 TCAGCAAGTGTGCGGACCATCCTGCAGAACGACCACTCACTACTGGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCTGGGCTTCTGCTGAACTTCATGCCCCACCAG         GGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103259 CAGCTGGGCTTCTGCTGAACTTCATGCCCCACCAGGTA...TAGGGTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGAACCTCAATTGTGAATTTAACTTGCACCACAAACACTACAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106701 CTGGAACCTCAATTGTGAATTTAACTTGCACCACAAACACTACAGAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTATTCACGTTTAAGGTCATACCAAGTTTCCCTTCACTGCACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106751 AATTATTCACGTTTAAGGTCATACCAAGTTTCCCTTCACTGCACCTGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTTGGCACAGATGCCCCTGAGGACACGCAGTATTTTCTCTACTATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106801 TGTTGGCACAGATGCCCCTGAGGACACGCAGTATTTTCTCTACTATAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        GTATGGCTCTTGGACTGAAGAATGCCAAGAATACAGCAAAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106851 T...TAGGTATGGCTCTTGGACTGAAGAATGCCAAGAATACAGCAAAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACTGGGGAGAAATATCGCATGCTGGTTTCCCAGGACTTTTATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106971 ACACTGGGGAGAAATATCGCATGCTGGTTTCCCAGGACTTTTATCCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAGGGCGTGACTGGCTTGCGGTGCTTGTTAACGGCTCCAGCAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107021 CAAAGGGCGTGACTGGCTTGCGGTGCTTGTTAACGGCTCCAGCAAGCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGCTATCAGGCCCTTTGATCAGCTGTTTGCCCTTCACGCCATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107071 CTGCTATCAGGCCCTTTGATCAGCTGTTTGCCCTTCACGCCATTGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     ATCAAATAAATCCTCCACTGAATGTCACAGCAGAGATTGAAGGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107121 .TAGATCAAATAAATCCTCCACTGAATGTCACAGCAGAGATTGAAGGAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCGTCTCTCTATCCAATGGGAGAAACCAGTGTCTGCTTTTCCAATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109587 TCGTCTCTCTATCCAATGGGAGAAACCAGTGTCTGCTTTTCCAATCCATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTTTGATTATGAAGTAAAAATACACAATACAAGGAATGGATATTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109637 GCTTTGATTATGAAGTAAAAATACACAATACAAGGAATGGATATTTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          ATAGAAAAATTGATGACCAATGCATTCATCTCAATAATTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109687 GTA...TAGATAGAAAAATTGATGACCAATGCATTCATCTCAATAATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATCTTTCTAAGTACGATGTTCAAGTGAGAGCAGCAGTGAGCTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112664 TGATCTTTCTAAGTACGATGTTCAAGTGAGAGCAGCAGTGAGCTCCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAGAGAGGCAGGGCTCTGGAGTGAGTGGAGCCAACCTATTTATGTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112714 GCAGAGAGGCAGGGCTCTGGAGTGAGTGGAGCCAACCTATTTATGTGGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995        GAAATGATGAACACAAGCCCTTGAGAGAGTGGTTTGTCATTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112764 A...CAGGAAATGATGAACACAAGCCCTTGAGAGAGTGGTTTGTCATTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATTATGGCAACCATCTGCTTCATCTTGTTAATTCTCTCGCTTATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128401 GATTATGGCAACCATCTGCTTCATCTTGTTAATTCTCTCGCTTATCTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAAT         ATGTCATTTATGGATCAAGTTGTTTCCACCAATTCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128451 AAATGTA...CAGATGTCATTTATGGATCAAGTTGTTTCCACCAATTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCACCAAAAAGTAATATCAAAGATCTCTTTGTAACCACTAACTATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 130156 GCACCAAAAAGTAATATCAAAGATCTCTTTGTAACCACTAACTATGAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        AAAGCTGGGTCCAGTGAGACGGAAATTGAAGTCATCTGTTATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130206 A...CAGAAAGCTGGGTCCAGTGAGACGGAAATTGAAGTCATCTGTTATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAGAGAAGCCTGGAGTTGAGACCCTGGAGGATTCTGTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134717 TAGAGAAGCCTGGAGTTGAGACCCTGGAGGATTCTGTGTTT