seq1 = pF1KB6650.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KB6650/gi568815581f_48741708.tfa (gi568815581f:48741708_48963002), 221295 bp

>pF1KB6650 1338
>gi568815581f:48741708_48963002 (Chr17)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-283  (106357-106459)   100% ->
284-417  (106615-106748)   100% ->
418-543  (107545-107670)   100% ->
544-632  (109382-109470)   100% ->
633-702  (109852-109921)   100% ->
703-825  (110799-110921)   100% ->
826-912  (111219-111305)   100% ->
913-1008  (114385-114480)   100% ->
1009-1144  (118607-118742)   100% ->
1145-1173  (120569-120597)   100% ->
1174-1338  (121131-121295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGACCATCAAAGATCCCCCCACATCAGCTGTCTTGCTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGACCATCAAAGATCCCCCCACATCAGCTGTCTTGCTGGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTCATTTCTCTCAGGTCATCTTTAACAGTGTGGAGAAGTTCTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTCATTTCTCTCAGGTCATCTTTAACAGTGTGGAGAAGTTCTACATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAGGGGACGTCACATGTCATTATACCTTCACCCAGCATTTCATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAGGGGACGTCACATGTCATTATACCTTCACCCAGCATTTCATCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTCGAAAGGATTGGATTGGCATCTTTAGA         GTGGGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 CGTCGAAAGGATTGGATTGGCATCTTTAGAGTA...CAGGTGGGGTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAACCCGTGAGTATTACACCTTCATGTGGGTTACTTTGCCCATTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106368 GACAACCCGTGAGTATTACACCTTCATGTGGGTTACTTTGCCCATTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAACAACAAATCAGCTAAACAGCAGGAAGTCCAATTCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106418 TAAACAACAAATCAGCTAAACAGCAGGAAGTCCAATTCAAAGGTG...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  CTTACTACCTGCCCAAGGATGATGAGTATTACCAGTTCTGCTATGTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106614 GCTTACTACCTGCCCAAGGATGATGAGTATTACCAGTTCTGCTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGATGGTGTGGTCCGGGGAGCAAGTATTCCTTTCCAATTCCGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106664 TGAGGATGGTGTGGTCCGGGGAGCAAGTATTCCTTTCCAATTCCGTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAATGAGGAAGACATCCTGGTTGTTACCACTCAG         GGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106714 AAAATGAGGAAGACATCCTGGTTGTTACCACTCAGGTT...TAGGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGAAGAGATTGAGCAGCACAACAAGGAGCTTTGCAAAGAAAACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107551 GTGGAAGAGATTGAGCAGCACAACAAGGAGCTTTGCAAAGAAAACCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGAAGGACAGCTGTATCAGCCTCCAGAAGCAGAACTCAGACATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107601 GCTGAAGGACAGCTGTATCAGCCTCCAGAAGCAGAACTCAGACATGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGAGCTCCAAAAGAAGCAG         GAGGAGCTAGAAACCCTACAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107651 CTGAGCTCCAAAAGAAGCAGGTA...TAGGAGGAGCTAGAAACCCTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATCAATAAGAAGTTGGAACTGAAAGTGAAAGAACAGAAGGACTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109403 AGCATCAATAAGAAGTTGGAACTGAAAGTGAAAGAACAGAAGGACTATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGACAGAGCTGCTTCA         ACTGAAAGAACAAAACCAGAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109453 GGAGACAGAGCTGCTTCAGTG...CAGACTGAAAGAACAAAACCAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCCTCAGAAAATGAGAAGATGGGAATCAGAGTGGATCAGCTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109875 TGTCCTCAGAAAATGAGAAGATGGGAATCAGAGTGGATCAGCTTCAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GCCCAGCTGTCAACTCAAGAGAAAGAAATGGAGAAGCTTGTTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109925 ...TAGGCCCAGCTGTCAACTCAAGAGAAAGAAATGGAGAAGCTTGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGAGATCAAGATAAGACAGAGCAGTTAGAGCAGCTGAAAAAGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110843 GGGAGATCAAGATAAGACAGAGCAGTTAGAGCAGCTGAAAAAGGAAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCACCTCTTTCTCAGTTTAACTGAACAG         AGGAAGGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110893 ACCACCTCTTTCTCAGTTTAACTGAACAGGTA...CAGAGGAAGGACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAGCTCGAGCAGACAGTGGAGCAAATGAAGCAGAATGAAACTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111231 AAGAAGCTCGAGCAGACAGTGGAGCAAATGAAGCAGAATGAAACTACTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATGAAGAAACAACAGGAATTAATG         GATGAAAACTTTGACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111281 AATGAAGAAACAACAGGAATTAATGGCA...CAGGATGAAAACTTTGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTCAAAAAGACTGAGTGAGAACGAAATTATATGTAATGCTCTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114401 TGTCAAAAAGACTGAGTGAGAACGAAATTATATGTAATGCTCTGCAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGAAAGAGAGATTGGAAGGAGAAAATGAT         CTTTTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114451 CAGAAAGAGAGATTGGAAGGAGAAAATGATGTA...TAGCTTTTGAAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAGAACAGCAGATTGCTCAGTTACATGGGTCTGGATTTTAATTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118618 GGAGAACAGCAGATTGCTCAGTTACATGGGTCTGGATTTTAATTCTTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGTATCAAGTACCTACTTCAGATGAAGGAGGCGCAAGACAAAATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118668 CGTATCAAGTACCTACTTCAGATGAAGGAGGCGCAAGACAAAATCCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTGCCTATGGAAACCCATATTCTG         GTATCCAAGAAAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118718 CTTGCCTATGGAAACCCATATTCTGGTA...CAGGTATCCAAGAAAGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTCCCCCAGCCCG         CTCTCCATCAAGAAATGCCCTATCTGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120585 TTCCCCCAGCCCGGTA...CAGCTCTCCATCAAGAAATGCCCTATCTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAGCAGATGATATTTGTGATCACACCTTGGAGCAACAGCAGATGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121159 AAGCAGATGATATTTGTGATCACACCTTGGAGCAACAGCAGATGCAGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTTTGTTTCAATTGTCCAATTTGTGACAAGATCTTCCCAGCTACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121209 CTTTGTTTCAATTGTCCAATTTGTGACAAGATCTTCCCAGCTACAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .
   1302 GCAGATCTTTGAAGACCACGTGTTCTGCCACTCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121259 GCAGATCTTTGAAGACCACGTGTTCTGCCACTCTCTC