seq1 = pF1KB6648.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB6648/gi568815597r_211563429.tfa (gi568815597r:211563429_211775479), 212051 bp

>pF1KB6648 1335
>gi568815597r:211563429_211775479 (Chr1)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-314  (100967-101184)   100% ->
315-555  (101757-101997)   100% ->
556-638  (104196-104278)   100% ->
639-765  (105073-105199)   100% ->
766-985  (106148-106367)   100% ->
986-1111  (108249-108374)   100% ->
1112-1335  (111828-112051)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTCCCGGGCTGAGGACTATGAAGTGTTGTACACCATTGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTCCCGGGCTGAGGACTATGAAGTGTTGTACACCATTGGCACAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTACGGCCGCTGCCAGAAGATCCGGAGGAAGAGTGATGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CTCCTACGGCCGCTGCCAGAAGATCCGGAGGAAGAGTGATGGCAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      ATATTAGTTTGGAAAGAACTTGACTATGGCTCCATGACAGAAGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGATATTAGTTTGGAAAGAACTTGACTATGGCTCCATGACAGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAACAGATGCTTGTTTCTGAAGTGAATTTGCTTCGTGAACTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101012 GAGAAACAGATGCTTGTTTCTGAAGTGAATTTGCTTCGTGAACTGAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCAAACATCGTTCGTTACTATGATCGGATTATTGACCGGACCAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101062 TCCAAACATCGTTCGTTACTATGATCGGATTATTGACCGGACCAATACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACTGTACATTGTAATGGAATATTGTGAAGGAGGGGATCTGGCTAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101112 CACTGTACATTGTAATGGAATATTGTGAAGGAGGGGATCTGGCTAGTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTACAAAGGGAACCAAGGAAAG         GCAATACTTAGATGAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101162 ATTACAAAGGGAACCAAGGAAAGGTA...TAGGCAATACTTAGATGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTGTTCTTCGAGTGATGACTCAGTTGACTCTGGCCCTGAAGGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 GTTTGTTCTTCGAGTGATGACTCAGTTGACTCTGGCCCTGAAGGAATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGACGAAGTGATGGTGGTCATACCGTATTGCATCGGGATCTGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101825 ACAGACGAAGTGATGGTGGTCATACCGTATTGCATCGGGATCTGAAACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCAATGTTTTCCTGGATGGCAAGCAAAACGTCAAGCTTGGAGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 GCCAATGTTTTCCTGGATGGCAAGCAAAACGTCAAGCTTGGAGACTTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTAGCTAGAATATTAAACCATGACACGAGTTTTGCAAAAACATTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 GCTAGCTAGAATATTAAACCATGACACGAGTTTTGCAAAAACATTTGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCACACCTTATTACATGTCTCCT         GAACAAATGAATCGCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101975 GCACACCTTATTACATGTCTCCTGTA...TAGGAACAAATGAATCGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCTACAATGAGAAATCAGATATCTGGTCATTGGGCTGCTTGCTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104214 TCCTACAATGAGAAATCAGATATCTGGTCATTGGGCTGCTTGCTGTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTATGTGCATTAAT         GCCTCCATTTACAGCTTTTAGCCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104264 GTTATGTGCATTAATGTA...TAGGCCTCCATTTACAGCTTTTAGCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGAACTCGCTGGGAAAATCAGAGAAGGCAAATTCAGGCGAATTCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105099 AAGAACTCGCTGGGAAAATCAGAGAAGGCAAATTCAGGCGAATTCCATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGTTACTCTGATGAATTGAATGAAATTATTACGAGGATGTTAAACTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105149 CGTTACTCTGATGAATTGAATGAAATTATTACGAGGATGTTAAACTTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 G         GATTACCATCGACCTTCTGTTGAAGAAATTCTTGAGAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 GGTA...CAGGATTACCATCGACCTTCTGTTGAAGAAATTCTTGAGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTTAATAGCAGATTTGGTTGCAGACGAGCAAAGAAGAAATCTTGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106188 CTTTAATAGCAGATTTGGTTGCAGACGAGCAAAGAAGAAATCTTGAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGAGGGCGACAATTAGGAGAGCCAGAAAAATCGCAGGATTCCAGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106238 AGAGGGCGACAATTAGGAGAGCCAGAAAAATCGCAGGATTCCAGCCCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATTGAGTGAGCTGAAACTGAAGGAAATTCAGTTACAGGAGCGAGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106288 ATTGAGTGAGCTGAAACTGAAGGAAATTCAGTTACAGGAGCGAGAGCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCTCAAAGCAAGAGAAGAAAGATTGGAGC         AGAAAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106338 CTCTCAAAGCAAGAGAAGAAAGATTGGAGCGTA...AAGAGAAAGAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGCTTTGTGTTCGTGAGAGACTAGCAGAGGACAAACTGGCTAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108260 GAGCTTTGTGTTCGTGAGAGACTAGCAGAGGACAAACTGGCTAGAGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAATCTGTTGAAGAACTACAGCTTGCTAAAGGAACGGAAGTTCCTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108310 AAATCTGTTGAAGAACTACAGCTTGCTAAAGGAACGGAAGTTCCTGTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGCAAGTAATCCAG         AACTTCTTAATCTTCCATCCTCAGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108360 TGGCAAGTAATCCAGGTA...AAGAACTTCTTAATCTTCCATCCTCAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATTAAGAAGAAAGTTCATTTCAGTGGGGAAAGTAAAGAGAACATCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111854 ATTAAGAAGAAAGTTCATTTCAGTGGGGAAAGTAAAGAGAACATCATGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAGTGAGAATTCTGAGAGTCAGCTCACATCTAAGTCCAAGTGCAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111904 GAGTGAGAATTCTGAGAGTCAGCTCACATCTAAGTCCAAGTGCAAGGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGAAGAAAAGGCTTCACGCTGCCCAGCTGCGGGCTCAAGCCCTGTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111954 TGAAGAAAAGGCTTCACGCTGCCCAGCTGCGGGCTCAAGCCCTGTCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1288 ATTGAGAAAAATTACCAACTGAAAAGCAGACAGATCCTGGGCATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112004 ATTGAGAAAAATTACCAACTGAAAAGCAGACAGATCCTGGGCATGCGC