seq1 = pF1KB6647.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KB6647/gi568815592r_32081146.tfa (gi568815592r:32081146_32284222), 203077 bp

>pF1KB6647 1212
>gi568815592r:32081146_32284222 (Chr6)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-159  (100236-100342)   100% ->
160-355  (100473-100668)   100% ->
356-420  (100835-100899)   100% ->
421-508  (101022-101109)   100% ->
509-691  (101200-101382)   100% ->
692-822  (101525-101655)   100% ->
823-964  (101835-101976)   100% ->
965-991  (102591-102617)   100% ->
992-1118  (102746-102872)   100% ->
1119-1212  (102984-103077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCGGAACAGCAGTTGGAGCCTGGGTGCTGGTCCTCAGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCGGAACAGCAGTTGGAGCCTGGGTGCTGGTCCTCAGTCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         GGGCAGTAGTAGGTGCTCAAAACATCACAGCCCGGATTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGGGGCAGTAGTAGGTGCTCAAAACATCACAGCCCGGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGAGCCACTGGTGCTGAAGTGTAAGGGGGCCCCCAAGAAACCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 GCGAGCCACTGGTGCTGAAGTGTAAGGGGGCCCCCAAGAAACCACCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGCTGGAATGGAAACTG         AACACAGGCCGGACAGAAGCTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100325 CGGCTGGAATGGAAACTGGTA...TAGAACACAGGCCGGACAGAAGCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGTCCTGTCTCCCCAGGGAGGAGGCCCCTGGGACAGTGTGGCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 GAAGGTCCTGTCTCCCCAGGGAGGAGGCCCCTGGGACAGTGTGGCTCGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTTCCCAACGGCTCCCTCTTCCTTCCGGCTGTCGGGATCCAGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 TCCTTCCCAACGGCTCCCTCTTCCTTCCGGCTGTCGGGATCCAGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGATTTTCCGGTGCCAGGCAATGAACAGGAATGGAAAGGAGACCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100596 GGGATTTTCCGGTGCCAGGCAATGAACAGGAATGGAAAGGAGACCAAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACTACCGAGTCCGTGTCTACC         AGATTCCTGGGAAGCCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100646 CAACTACCGAGTCCGTGTCTACCGTA...CAGAGATTCCTGGGAAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATTGTAGATTCTGCCTCTGAACTCACGGCTGGTGTTCCCAATAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100853 AAATTGTAGATTCTGCCTCTGAACTCACGGCTGGTGTTCCCAATAAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       GTGGGGACATGTGTGTCAGAGGGAAGCTACCCTGCAGGGACTCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100903 ...CAGGTGGGGACATGTGTGTCAGAGGGAAGCTACCCTGCAGGGACTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGCTGGCACTTGGATGGGAAGCCCCTGGTGCCTAATGAGAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101066 TAGCTGGCACTTGGATGGGAAGCCCCTGGTGCCTAATGAGAAGGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509    GAGTATCTGTGAAGGAACAGACCAGGAGACACCCTGAGACAGGGCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101197 TAGGAGTATCTGTGAAGGAACAGACCAGGAGACACCCTGAGACAGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCACACTGCAGTCGGAGCTAATGGTGACCCCAGCCCGGGGAGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101247 TTCACACTGCAGTCGGAGCTAATGGTGACCCCAGCCCGGGGAGGAGATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCGTCCCACCTTCTCCTGTAGCTTCAGCCCAGGCCTTCCCCGACACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 CCGTCCCACCTTCTCCTGTAGCTTCAGCCCAGGCCTTCCCCGACACCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTGCGCACAGCCCCCATCCAGCCCCGTGTCTGGG         AGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101347 CCTTGCGCACAGCCCCCATCCAGCCCCGTGTCTGGGGTG...CAGAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGCCTCTGGAGGAGGTCCAATTGGTGGTGGAGCCAGAAGGTGGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 GTGCCTCTGGAGGAGGTCCAATTGGTGGTGGAGCCAGAAGGTGGAGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTCCTGGTGGAACCGTAACCCTGACCTGTGAAGTCCCTGCCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 AGCTCCTGGTGGAACCGTAACCCTGACCTGTGAAGTCCCTGCCCAGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCTCAAATCCACTGGATGAAGGAT         GGTGTGCCCTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101630 CTCCTCAAATCCACTGGATGAAGGATGTG...CAGGGTGTGCCCTTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTTCCCCCCAGCCCTGTGCTGATCCTCCCTGAGATAGGGCCTCAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101850 CTTCCCCCCAGCCCTGTGCTGATCCTCCCTGAGATAGGGCCTCAGGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGAACCTACAGCTGTGTGGCCACCCATTCCAGCCACGGGCCCCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101900 GGGAACCTACAGCTGTGTGGCCACCCATTCCAGCCACGGGCCCCAGGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCGTGCTGTCAGCATCAGCATCATCG         AACCAGGCGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101950 GCCGTGCTGTCAGCATCAGCATCATCGGTG...CAGAACCAGGCGAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGCCAACTGCAG         GCTCTGTGGGAGGATCAGGGCTGGGAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102605 GGGCCAACTGCAGGTG...CAGGCTCTGTGGGAGGATCAGGGCTGGGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTAGCCCTGGCCCTGGGGATCCTGGGAGGCCTGGGGACAGCCGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102774 TCTAGCCCTGGCCCTGGGGATCCTGGGAGGCCTGGGGACAGCCGCCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCATTGGGGTCATCTTGTGGCAAAGGCGGCAACGCCGAGGAGAGGAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102824 TCATTGGGGTCATCTTGTGGCAAAGGCGGCAACGCCGAGGAGAGGAGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119         GAAGGCCCCAGAAAACCAGGAGGAAGAGGAGGAGCGTGCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 TG...CAGGAAGGCCCCAGAAAACCAGGAGGAAGAGGAGGAGCGTGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACTGAATCAGTCGGAGGAACCTGAGGCAGGCGAGAGTAGTACTGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 ACTGAATCAGTCGGAGGAACCTGAGGCAGGCGAGAGTAGTACTGGAGGGC

   1300 
   1211 CT
        ||
 103076 CT