seq1 = pF1KB6642.tfa, 1329 bp
seq2 = pF1KB6642/gi568815587r_65766921.tfa (gi568815587r:65766921_65972354), 205434 bp

>pF1KB6642 1329
>gi568815587r:65766921_65972354 (Chr11)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-160  (100337-100385)   100% ->
161-367  (100992-101198)   100% ->
368-490  (101697-101819)   100% ->
491-607  (102118-102234)   100% ->
608-727  (102379-102498)   100% ->
728-847  (103726-103845)   99% ->
848-974  (103934-104060)   100% ->
975-1170  (104299-104494)   100% ->
1171-1329  (105276-105434)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCCCTGCGCCTCCTGCCTACCCGGGTCTCTACTGCTCTGGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCCCTGCGCCTCCTGCCTACCCGGGTCTCTACTGCTCTGGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTACTGTTGCTCTTGGGATCAGCTTCTCCTCAGGATTCTGAAGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTACTGTTGCTCTTGGGATCAGCTTCTCCTCAGGATTCTGAAGAGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCTACACG         GAATGCACAGATGGCTATGAGTGGGACCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCTACACGGTG...CAGGAATGCACAGATGGCTATGAGTGGGACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGCCAGCACTGCCGGG         ATGTCAACGAGTGTCTGACCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100367 GACAGCCAGCACTGCCGGGGTG...CAGATGTCAACGAGTGTCTGACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCTGAGGCCTGCAAGGGGGAAATGAAGTGCATCAACCACTACGGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101014 CCCTGAGGCCTGCAAGGGGGAAATGAAGTGCATCAACCACTACGGGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTGTGCCTGCCCCGCTCCGCTGCCGTCATCAACGACCTACACGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101064 ACTTGTGCCTGCCCCGCTCCGCTGCCGTCATCAACGACCTACACGGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGACCCCCGCCACCAGTGCCTCCCGCTCAACACCCCAACCCCTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101114 GGACCCCCGCCACCAGTGCCTCCCGCTCAACACCCCAACCCCTGCCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCTATGAGCCCGACGATCAGGACAGCTGTGTGG         ATGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101164 AGGCTATGAGCCCGACGATCAGGACAGCTGTGTGGGTG...CAGATGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGAGTGTGCCCAGGCCCTGCACGACTGTCGCCCCAGCCAGGACTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 ACGAGTGTGCCCAGGCCCTGCACGACTGTCGCCCCAGCCAGGACTGCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACTTGCCTGGCTCCTATCAGTGCACCTGCCCTGATGGTTACCGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 AACTTGCCTGGCTCCTATCAGTGCACCTGCCCTGATGGTTACCGCAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGGCCCGAGTGTGTGG         ACATAGACGAGTGCCGCTACCGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101803 CGGGCCCGAGTGTGTGGGTG...TAGACATAGACGAGTGCCGCTACCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTGCCAGCACCGCTGCGTGAACCTGCCTGGCTCCTTCCGCTGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102142 ACTGCCAGCACCGCTGCGTGAACCTGCCTGGCTCCTTCCGCTGCCAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCCGGGCTTCCAGCTGGGGCCTAACAACCGCTCCTGTGTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102192 GAGCCGGGCTTCCAGCTGGGGCCTAACAACCGCTCCTGTGTTGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   ATGTGAACGAGTGTGACATGGGGGCCCCATGCGAGCAGCGCTGCTTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 AGATGTGAACGAGTGTGACATGGGGGCCCCATGCGAGCAGCGCTGCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACTCCTATGGGACCTTCCTGTGTCGCTGCCACCAGGGCTATGAGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102427 ACTCCTATGGGACCTTCCTGTGTCGCTGCCACCAGGGCTATGAGCTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGATGGCTTCTCCTGCAGTG         ATATTGATGAGTGTAGCTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102477 CGGGATGGCTTCTCCTGCAGTGGTG...CAGATATTGATGAGTGTAGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCCAGCTACCTCTGTCAGTACCGCTGCGTCAACGAGCCAGGCCGTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 103745 CTCCAGCTACCTCTGTCAGTACCGCTGCATCAACGAGCCAGGCCGTTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCTGCCACTGCCCACAGGGTTACCAGCTGCTGGCCACACGCCTCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103795 CCTGCCACTGCCCACAGGGTTACCAGCTGCTGGCCACACGCCTCTGCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 G         ACATTGATGAGTGTGAGTCTGGTGCGCACCAGTGCTCCGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103845 GGTA...CAGACATTGATGAGTGTGAGTCTGGTGCGCACCAGTGCTCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCCCAAACCTGTGTCAACTTCCATGGGGGCTACCGCTGCGTGGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 GGCCCAAACCTGTGTCAACTTCCATGGGGGCTACCGCTGCGTGGACACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCGCTGCGTGGAGCCCTACATCCAGGTCTCTGAGAA         CCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104024 ACCGCTGCGTGGAGCCCTACATCCAGGTCTCTGAGAAGTG...TAGCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGTCTCTGCCCGGCCTCCAACCCTCTATGTCGAGAGCAGCCTTCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104303 TGTCTCTGCCCGGCCTCCAACCCTCTATGTCGAGAGCAGCCTTCATCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCGTGCCCGCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104353 TGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCGTGCCCGCTGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTTCCAGATCCAGGCGACCTCCGTCTACCCCGGTGCCTACAATGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104403 TGTTCCAGATCCAGGCGACCTCCGTCTACCCCGGTGCCTACAATGCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGATCCGTGCTGGAAACTCGCAGGGGGACTTTTACATTAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104453 CAGATCCGTGCTGGAAACTCGCAGGGGGACTTTTACATTAGGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171  CAAATCAACAACGTCAGCGCCATGCTGGTCCTCGCCCGGCCGGTGACGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105275 GCAAATCAACAACGTCAGCGCCATGCTGGTCCTCGCCCGGCCGGTGACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCCCCCGGGAGTACGTGCTGGACCTGGAGATGGTCACCATGAATTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 GCCCCCGGGAGTACGTGCTGGACCTGGAGATGGTCACCATGAATTCCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATGAGCTACCGGGCCAGCTCTGTACTGAGGCTCACCGTCTTTGTAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105375 ATGAGCTACCGGGCCAGCTCTGTACTGAGGCTCACCGTCTTTGTAGGGGC

   1400     .    :
   1320 CTACACCTTC
        ||||||||||
 105425 CTACACCTTC