seq1 = pF1KB6641.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB6641/gi568815596f_201358783.tfa (gi568815596f:201358783_201580172), 221390 bp

>pF1KB6641 1254
>gi568815596f:201358783_201580172 (Chr2)

7-93  (99995-100082)   96% ->
94-193  (111171-111270)   100% ->
194-315  (114173-114294)   99% ->
316-424  (115865-115973)   100% ->
425-548  (116837-116960)   100% ->
549-720  (118837-119008)   100% ->
721-825  (119305-119409)   100% ->
826-1070  (119575-119819)   100% ->
1071-1113  (120707-120749)   100% ->
1114-1254  (121250-121390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CTT TTGGATTGCTTCTGCACTTCAAGAACACAAGTTGAATCACTCAGAC
        |||-  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CTTCCAGGATTGCTTCTGCACTTCAAGAACACAAGTTGAATCACTCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 CTGAAAAACAGTCTGAAACCAGTATCCATCAATACTTG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100045 CTGAAAAACAGTCTGAAACCAGTATCCATCAATACTTGGTA...CAGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 GATGAGCCAACCCTTTCCTGGTCACGTCCATCCACTAGAGCCAGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111174 GATGAGCCAACCCTTTCCTGGTCACGTCCATCCACTAGAGCCAGTGAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 ACTATGTTCCACCAACGTTTCTCACTATGAGCTCCAAGTAGAAATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111224 ACTATGTTCCACCAACGTTTCTCACTATGAGCTCCAAGTAGAAATAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194       GAAGAGGATTTGACAACTTGACTTCTGTCCATCTTGCACGGCAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111274 ...CAGGAAGAGGATTTGACAACTTGACTTCTGTCCATCTTGCACGGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238 ACTCCCACGGGAACACTGGTAACTATAAAAATTACAAATCTGGAAAACTG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114217 ACTCCCACAGGAACACTGGTAACTATAAAAATTACAAATCTGGAAAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 CAATGAAGAACGCCTGAAAGCTTTACAG         AAAGCCGTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114267 CAATGAAGAACGCCTGAAAGCTTTACAGGTA...TAGAAAGCCGTGATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329 TATCCCACTTTTTCCGGCATCCCAATATTACAACTTATTGGACAGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115878 TATCCCACTTTTTCCGGCATCCCAATATTACAACTTATTGGACAGTTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379 ACTGTTGGCAGCTGGCTTTGGGTTATTTCTCCATTTATGGCCTATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115928 ACTGTTGGCAGCTGGCTTTGGGTTATTTCTCCATTTATGGCCTATGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425      GTTCAGCAAGTCAACTCTTGAGGACCTATTTTCCTGAAGGAATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115978 ..CAGGTTCAGCAAGTCAACTCTTGAGGACCTATTTTCCTGAAGGAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 GTGAAACTTTAATAAGAAACATTCTCTTTGGAGCCGTGAGAGGGTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116882 GTGAAACTTTAATAAGAAACATTCTCTTTGGAGCCGTGAGAGGGTTGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 TATCTGCACCAAAATGGCTGTATTCACAG         GAGTATTAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116932 TATCTGCACCAAAATGGCTGTATTCACAGGTA...TAGGAGTATTAAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 CAGCCATATCCTCATTTCTGGTGATGGCCTAGTGACCCTCTCTGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118849 CAGCCATATCCTCATTTCTGGTGATGGCCTAGTGACCCTCTCTGGCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 CCCATCTGCATAGTTTGGTTAAGCATGGACAGAGGCATAGGGCTGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118899 CCCATCTGCATAGTTTGGTTAAGCATGGACAGAGGCATAGGGCTGTGTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GATTTCCCACAGTTCAGCACATCAGTGCAGCCGTGGCTGAGTCCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118949 GATTTCCCACAGTTCAGCACATCAGTGCAGCCGTGGCTGAGTCCAGAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 ACTGAGACAG         GATTTACATGGGTATAATGTGAAGTCAGATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118999 ACTGAGACAGGTC...CAGGATTTACATGGGTATAATGTGAAGTCAGATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TTTACAGTGTTGGGATTACAGCATGTGAATTAGCCAGTGGGCAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119336 TTTACAGTGTTGGGATTACAGCATGTGAATTAGCCAGTGGGCAGGTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 TTCCAGGACATGCATAGAACTCAG         ATGCTGTTACAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 119386 TTCCAGGACATGCATAGAACTCAGGTA...TAGATGCTGTTACAGAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 GAAAGGTCCTCCTTATAGCCCATTGGATATCAGTATTTTCCCTCAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119592 GAAAGGTCCTCCTTATAGCCCATTGGATATCAGTATTTTCCCTCAATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 AATCCAGAATGAAAAATTCCCAGTCAGGTGTAGACTCTGGGATTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119642 AATCCAGAATGAAAAATTCCCAGTCAGGTGTAGACTCTGGGATTGGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 AGTGTGCTTGTCTCCAGTGGAACTCACACAGTAAATAGTGACCGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119692 AGTGTGCTTGTCTCCAGTGGAACTCACACAGTAAATAGTGACCGATTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CACACCATCCTCAAAAACTTTCTCTCCTGCCTTCTTTAGCTTGGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119742 CACACCATCCTCAAAAACTTTCTCTCCTGCCTTCTTTAGCTTGGTACAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TCTGTTTGCAACAAGATCCTGAGAAAAG         GCCATCAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119792 TCTGTTTGCAACAAGATCCTGAGAAAAGGTA...CAGGCCATCAGCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 AGTTTATTGTCCCATGTTTTCTTCAAACAG         ATGAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120720 AGTTTATTGTCCCATGTTTTCTTCAAACAGGTG...CAGATGAAAGAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 AAGCCAGGATTCAATACTTTCACTGTTGCCTCCTGCTTATAACAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121261 AAGCCAGGATTCAATACTTTCACTGTTGCCTCCTGCTTATAACAAGCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 CAATATCATTGCCTCCAGTGTTACCTTGGACTGAGCCAGAATGTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121311 CAATATCATTGCCTCCAGTGTTACCTTGGACTGAGCCAGAATGTGATTTT

   1300     .    :    .    :    .    :
   1225 CCTGATGAAAAAGACTCATACTGGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 121361 CCTGATGAAAAAGACTCATACTGGGAATTC