seq1 = pF1KB6640.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KB6640/gi568815593f_31432393.tfa (gi568815593f:31432393_31652899), 220507 bp

>pF1KB6640 1326
>gi568815593f:31432393_31652899 (Chr5)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-227  (101880-102025)   100% ->
228-377  (103352-103501)   100% ->
378-807  (105868-106297)   99% ->
808-870  (108557-108619)   100% ->
871-992  (108889-109010)   100% ->
993-1059  (113254-113320)   100% ->
1060-1199  (118901-119040)   100% ->
1200-1326  (120381-120507)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGACTCCGCGGGAGGGCGCGCTGGTCTCCGGCGTTACCCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGACTCCGCGGGAGGGCGCGCTGGTCTCCGGCGTTACCCCAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGTGTGGGTGGTGGAGGATCATCAGGAG         GTTCTACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CCCAGTGTGGGTGGTGGAGGATCATCAGGAGGTG...CAGGTTCTACCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTATATACCGGGCCATAGGCTCAAAGCATCTTCCTGCCAGTAATGTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101890 TTATATACCGGGCCATAGGCTCAAAGCATCTTCCTGCCAGTAATGTAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTTACATTTCGACTCACATCCAGACCTCCTTATTCCTGTGAATATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101940 TTTTTACATTTCGACTCACATCCAGACCTCCTTATTCCTGTGAATATGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGACACCGTGTTTGATAAGGAAACACTCTTTGG         AGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101990 AGCAGACACCGTGTTTGATAAGGAAACACTCTTTGGGTA...CAGAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAGTATTGAAAATTGGATTATGCCTGCAGTTTATGCTGGCCATTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 TAAGTATTGAAAATTGGATTATGCCTGCAGTTTATGCTGGCCATTTTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATGTAATATGGTTTCATCCCACATGGGCTCAGCAGATCAGAGAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 CATGTAATATGGTTTCATCCCACATGGGCTCAGCAGATCAGAGAGGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACCACTTTTTAGTAGGCAAAGACACTTCTACCACAACAATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103457 ACACCACTTTTTAGTAGGCAAAGACACTTCTACCACAACAATCAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     GGTTACAAGTACAGATCATTATTTCCTAAGTGATGGTCTGTATGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 .CAGGGTTACAAGTACAGATCATTATTTCCTAAGTGATGGTCTGTATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGAAGACCAGCTAGAGAACCAAAAACCTTTACAATTGGATGTAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105914 CCTGAAGACCAGCTAGAGAACCAAAAACCTTTACAATTGGATGTAATTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTAAAACCTTATAAACTCTGTAACAATCAAGAAGAAAACGATGCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105964 GGTAAAACCTTATAAACTCTGTAACAATCAAGAAGAAAACGATGCAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTCTGCTAAGAAACCAAAGCTAGCCCTGGAAGATTCGGAAAACACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106014 CTTCTGCTAAGAAACCAAAGCTAGCCCTGGAAGATTCGGAAAACACTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTACTAACTGTGACTCTTCTTCAGAAGGACTGGAAAAGGACACAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 TCTACTAACTGTGACTCTTCTTCAGAAGGACTGGAAAAGGACACAGCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAGAGAAGTGACCAGACTTGCCTAGAACCATCATGTTCATGTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 ACAGAGAAGTGACCAGACTTGCCTAGAACCATCATGTTCATGTTCTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAAATCAGGAATGCCAGACTGCTGCCAGCCCTGGGGAAATTCTGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 106164 AAAATCAGGAATGCCAGACTGCTGCCAGCACTGGGGAAATTCTGGAAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTGAAGAAAGGGAAGGCATTTGTTTTAGATATTGACTTGGATTTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 TTGAAGAAAGGGAAGGCATTTGTTTTAGATATTGACTTGGATTTTTTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGTCAAGAATCCCTTCAAAGAAATGTTCACTCAG         GAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106264 AGTCAAGAATCCCTTCAAAGAAATGTTCACTCAGGTA...CAGGAAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAAAATCTTACAAGAGCTGTACCAATTTAAGAAACCTGGCACCAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108564 ACAAAATCTTACAAGAGCTGTACCAATTTAAGAAACCTGGCACCAACCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAGAG         GAAGATTTGGTAGATATTGTTGATACTCGAATTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108614 ACAGAGGTA...AAGGAAGATTTGGTAGATATTGTTGATACTCGAATTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCAATTAGAGGATTTAGAAGCCACTTTCGCTGATTTGTGTGATGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108924 TCAATTAGAGGATTTAGAAGCCACTTTCGCTGATTTGTGTGATGGTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGAAGAAACGGTACAGAGATGGGCTTCAAACCCTGG         AATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108974 ATGAAGAAACGGTACAGAGATGGGCTTCAAACCCTGGGTA...CAGAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAATCACTAGTTCCCCTTGTACAGAGTTTGAAAAAACGGATGGAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113258 GAATCACTAGTTCCCCTTGTACAGAGTTTGAAAAAACGGATGGAAGTACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGACTATGAAATG         GTTCACCAGGCTGGTTTAACCTGCGATT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113308 AGACTATGAAATGGTA...CAGGTTCACCAGGCTGGTTTAACCTGCGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATTCAGAACTTCCTCACCATATCAGCACAGAACAAGAAATAGAGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118929 ATTCAGAACTTCCTCACCATATCAGCACAGAACAAGAAATAGAGTGTCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATTCAATCTGTGCATTATTTGCTGAAAAATTTACCAAATCCTACTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118979 ATTCAATCTGTGCATTATTTGCTGAAAAATTTACCAAATCCTACTCTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GACAATTGCAAG         GTCAAGTCTGGATGATTACTGTCCTTCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119029 GACAATTGCAAGGTA...TAGGTCAAGTCTGGATGATTACTGTCCTTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCAAGTTGACACTATTCAAGAAAAGGTCCTCAATATGCTACGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120410 ACCAAGTTGACACTATTCAAGAAAAGGTCCTCAATATGCTACGTGCCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1279 TATGGAAATCTAGACCTCCAAGTGTATGCAGCAGAGTCTCCTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120460 TATGGAAATCTAGACCTCCAAGTGTATGCAGCAGAGTCTCCTCCATCT