seq1 = pF1KB6636.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KB6636/gi568815586f_28159362.tfa (gi568815586f:28159362_28649170), 489809 bp

>pF1KB6636 1323
>gi568815586f:28159362_28649170 (Chr12)

1-30  (97855-97884)   100% ->
31-109  (100003-100081)   100% ->
110-267  (146288-146445)   100% ->
268-471  (147381-147584)   100% ->
472-576  (148284-148388)   100% ->
577-654  (203077-203154)   100% ->
655-762  (231943-232050)   100% ->
763-855  (290800-290892)   100% ->
856-924  (290989-291057)   100% ->
925-1101  (293117-293293)   99% ->
1102-1215  (324691-324804)   100% ->
1216-1323  (389702-389809)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGATGATGATTTTGGTGGTTTTGAG         GCTGCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  97855 ATGGATGATGATGATTTTGGTGGTTTTGAGGTA...TAGGCTGCGGAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTTGATGGTGGAAGTGGTGAAACCCAAACAACATCTCCTGCTATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TTTTGATGGTGGAAGTGGTGAAACCCAAACAACATCTCCTGCTATTCCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGCTGCCTTTCCTGCAG         TATCTGGAGTCCATCTTTCACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100064 GGGCTGCCTTTCCTGCAGGTA...TAGTATCTGGAGTCCATCTTTCACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCTTCTCCTGAGATTGTACTGGACCGTGACCACTCTTCTTCCATTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146311 TCTTCTCCTGAGATTGTACTGGACCGTGACCACTCTTCTTCCATTGGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCTCTTCTGATGCCATTATTTCATCACCAGAGAATACACATGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146361 CCTCTCTTCTGATGCCATTATTTCATCACCAGAGAATACACATGCAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAGCATTGTGAGTCAAACTATTCCAAAAGCACAG         ATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 146411 ATAGCATTGTGAGTCAAACTATTCCAAAAGCACAGGTA...TAGATTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAATCAACACACACTCATCTGGATATCTCACTTTTTCCATTGGGTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147387 CAATCAACACACACTCATCTGGATATCTCACTTTTTCCATTGGGTTTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATGAAAAAAGTAATGGAACAATTGCCCTTGTGGATGATTCTGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147437 TGATGAAAAAAGTAATGGAACAATTGCCCTTGTGGATGATTCTGAGGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGAGCCAATGTATCTAACATACAGCTTCAGCAAAAAATTTCAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147487 CTGGAGCCAATGTATCTAACATACAGCTTCAGCAAAAAATTTCAAGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATTAAACTCAAAGTATCTGAAGAAGAAAAACAGAGAATTAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147537 GAGATTAAACTCAAAGTATCTGAAGAAGAAAAACAGAGAATTAAACAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GATGTGGAATCATTGATGGAAAAGCATAATGTCTTAGAAAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147587 A...TAGGATGTGGAATCATTGATGGAAAAGCATAATGTCTTAGAAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTTCTAAAAGAAAAAGAGCAAGAGGCCATTTCTTTTCAAGATAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148327 GCTTTCTAAAAGAAAAAGAGCAAGAGGCCATTTCTTTTCAAGATAGATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGAACTTCAG         GAAAAACATAAACAAGAATTGGAAGACAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 148377 AAAGAACTTCAGGTA...CAGGAAAAACATAAACAAGAATTGGAAGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGGAAAGCTGGTCACGAAGCCCTCAGCATTATTGTGGATGAATATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 203106 GAGGAAAGCTGGTCACGAAGCCCTCAGCATTATTGTGGATGAATATAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         GCACTACTGCAGTCTTCAGTTAAGCAACAAGTAGAAGCTATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203156 TA...CAGGCACTACTGCAGTCTTCAGTTAAGCAACAAGTAGAAGCTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAAACAGTACATTTCTGCAATTGAGAAACAGGCACACAAGTGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231985 GAAAAACAGTACATTTCTGCAATTGAGAAACAGGCACACAAGTGTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGCTAAATGCTCAG         CATCAGAGGCTCCTTGAAATGCTAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 232035 GTTGCTAAATGCTCAGGTA...TAGCATCAGAGGCTCCTTGAAATGCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATACAGAGAAGGAACTGTTAAAAGAAAAAATAAAGGAAGCTTTGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290825 ATACAGAGAAGGAACTGTTAAAAGAAAAAATAAAGGAAGCTTTGATTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAATCTCAAGAACAGAAG         GAAATATTGGAAAAGTGTTTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 290875 CAATCTCAAGAACAGAAGGTA...CAGGAAATATTGGAAAAGTGTTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAAGAAAGGCAAAGAAATAAAGAGGCATTAGTATCCGCTGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 291012 GGAAGAAAGGCAAAGAAATAAAGAGGCATTAGTATCCGCTGCAAAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925      CTTGAAAAAGAAGCAATGAAGGATGCAGTTTTAAAAGTCGTAGAA
        ..>>>||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 291062 ..AAGCTTGAAAAAGAAGCAGTGAAGGATGCAGTTTTAAAAGTCGTAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAAGAAAGAAAAAATTTAGAAAAAGCGCATGCTGAAGAAAGGGAATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293162 GAAGAAAGAAAAAATTTAGAAAAAGCGCATGCTGAAGAAAGGGAATTATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAGACAGAACATGCAAAAGATCAAGAAAAAGTATCTCAGGAAATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293212 GAAGACAGAACATGCAAAAGATCAAGAAAAAGTATCTCAGGAAATTCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGCTATACAAGAACAAAGAAAAATAAGTCAG         GAAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 293262 AAGCTATACAAGAACAAAGAAAAATAAGTCAGGTT...CAGGAAACTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGGCAGCAATAATAGAAGAGCAGAAACGAAGTGAAAAGGCTGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324700 AAGGCAGCAATAATAGAAGAGCAGAAACGAAGTGAAAAGGCTGTGGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCAGTGAAAAGAACAAGAGATGAATTGATAGAGTATATAAAAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324750 GGCAGTGAAAAGAACAAGAGATGAATTGATAGAGTATATAAAAGAACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAAGG         CTCGATCAAGTCATCCGCCAAAGAAGCCTGTCCAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324800 AAAGGGTA...CAGCTCGATCAAGTCATCCGCCAAAGAAGCCTGTCCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTGGAACTGTTCCTCTCCTGTGCACAGAAACAGTTAAGTGCTTTAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 389738 TTGGAACTGTTCCTCTCCTGTGCACAGAAACAGTTAAGTGCTTTAATAGC

   1400     .    :    .    :
   1302 TACGGAACCAGTTGACATTGAA
        ||||||||||||||||||||||
 389788 TACGGAACCAGTTGACATTGAA