seq1 = pF1KB6626.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KB6626/gi568815587r_46579040.tfa (gi568815587r:46579040_46796107), 217068 bp

>pF1KB6626 1317
>gi568815587r:46579040_46796107 (Chr11)

(complement)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-229  (100353-100448)   100% ->
230-317  (107848-107935)   100% ->
318-449  (113926-114057)   100% ->
450-536  (114729-114815)   98% ->
537-635  (114999-115097)   100% ->
636-743  (115361-115468)   100% ->
744-820  (115545-115621)   100% ->
821-898  (115826-115903)   100% ->
899-1027  (116332-116460)   100% ->
1028-1131  (116640-116743)   100% ->
1132-1317  (116883-117068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCGCTCTCAGAGCTGCAGGATGATCTGACCTTGGATGACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCGCTCTCAGAGCTGCAGGATGATCTGACCTTGGATGACACCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGCTCTGAACCAGCTGAAGCTGGCCTCCATCGATGAGAAGAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGCTCTGAACCAGCTGAAGCTGGCCTCCATCGATGAGAAGAACTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGGATGAAATGCCTGACTTCCCCAAGTCAG         ATGACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 CCTCGGATGAAATGCCTGACTTCCCCAAGTCAGGTG...CAGATGACTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAGCAGCTCCCCGGAACTTGTCACACACCTGAAGTGGGATGACCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 AAAAGCAGCTCCCCGGAACTTGTCACACACCTGAAGTGGGATGACCCATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGACATCGCCCGGCACCAGATCGTGGAGGTGGCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100411 CTATGACATCGCCCGGCACCAGATCGTGGAGGTGGCAGGTA...TAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAAGTATGGGCGGAAGATCATTGTGTTTAGTGCCTGTCGAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107851 ATGACAAGTATGGGCGGAAGATCATTGTGTTTAGTGCCTGTCGAATGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAGCCACCAGCTCGACCACAGCAAGCTCCTGGG         GTACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107901 CCCAGCCACCAGCTCGACCACAGCAAGCTCCTGGGGTG...AAGGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCACACCCTGGACCAGTACGTGGAGAGTGACTACACACTTCTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113932 GAAGCACACCCTGGACCAGTACGTGGAGAGTGACTACACACTTCTGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCACCACGGCCTGACCAGCGACAACAAGCCCTCCCTCAGCTGGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113982 TGCACCACGGCCTGACCAGCGACAACAAGCCCTCCCTCAGCTGGCTCCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGCCTACCGGGAGTTTGACCGCAA         GTACAAGAAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||| |||||
 114032 GATGCCTACCGGGAGTTTGACCGCAAGTG...CAGGTACAAGAAAAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGGCCTTGTACATCGTGCATCCAACCATGTTCATCAAAACTCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 CAAGGCCTTGTACATCGTGCATCCAACCATGTTCATCAAAACTCTGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTCTTCAAGCCCCTCATCAG         CTTCAAGTTCGGGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114794 TCCTCTTCAAGCCCCTCATCAGGTG...CAGCTTCAAGTTCGGGCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCTTCTATGTGAATTACCTGAGCGAGCTGAGCGAGCACGTGAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115018 ATCTTCTATGTGAATTACCTGAGCGAGCTGAGCGAGCACGTGAAGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGCTGGGGATCCCTCGCCAAGTGCTCAA         ATATGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115068 GCAGCTGGGGATCCCTCGCCAAGTGCTCAAGTG...CAGATATGACGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCTGAAATCCACACAGAAGAGCCCCGCGACAGCCCCCAAGCCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115372 TCCTGAAATCCACACAGAAGAGCCCCGCGACAGCCCCCAAGCCCATGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCACGGCCCCCCCTGCCCAACCAGCAGTTTGGAGTCTCGCTGCAGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115422 CCACGGCCCCCCCTGCCCAACCAGCAGTTTGGAGTCTCGCTGCAGCAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744       CCTCCAGGAGAAGAATCCAGAGCAGGAGCCCATTCCCATTGTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115472 ...CAGCCTCCAGGAGAAGAATCCAGAGCAGGAGCCCATTCCCATTGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAGGGAGACTGTTGCCTACTTACAGGCCCACG         CTCTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115589 TCAGGGAGACTGTTGCCTACTTACAGGCCCACGGTG...CAGCTCTCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCGAGGGCATCTTCCGGAGGTCGGCCAACACCCAAGTGGTCCGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115834 ACCGAGGGCATCTTCCGGAGGTCGGCCAACACCCAAGTGGTCCGGGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCAGCAGAAGTACAACATGG         GGCTGCCTGTGGATTTCGACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115884 GCAGCAGAAGTACAACATGGGTG...CAGGGCTGCCTGTGGATTTCGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTACAATGAGCTGCACCTGCCAGCAGTCATCCTCAAGACCTTCCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116353 AGTACAATGAGCTGCACCTGCCAGCAGTCATCCTCAAGACCTTCCTCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGCTTCCTGAGCCCCTGCTCACCTTTGACCTCTACCCCCATGTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116403 GAGCTTCCTGAGCCCCTGCTCACCTTTGACCTCTACCCCCATGTGGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCCTCA         ACATTGATGAAAGCCAGAGGGTGCCAGCGACAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116453 CTTCCTCAGTG...TAGACATTGATGAAAGCCAGAGGGTGCCAGCGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCAGGTCCTCCAGACGCTGCCCGAGGAGAACTACCAGGTGCTTCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116673 TGCAGGTCCTCCAGACGCTGCCCGAGGAGAACTACCAGGTGCTTCGTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGACTGCTTTCCTGGTGCAG         ATTTCTGCACACAGTGACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116723 CTGACTGCTTTCCTGGTGCAGGTG...CAGATTTCTGCACACAGTGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAACAAGATGACCAACACTAACCTGGCTGTTGTTTTCGGCCCTAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116903 GAACAAGATGACCAACACTAACCTGGCTGTTGTTTTCGGCCCTAACCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGTGGGCCAAGGATGCGGCCATCACCCTCAAGGCCATTAATCCCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116953 TGTGGGCCAAGGATGCGGCCATCACCCTCAAGGCCATTAATCCCATCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACCTTCACCAAGTTCCTTCTGGATCACCAAGGGGAGCTGTTCCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117003 ACCTTCACCAAGTTCCTTCTGGATCACCAAGGGGAGCTGTTCCCAAGCCC

   1400     .    :    .
   1302 GGACCCCAGCGGGCTC
        ||||||||||||||||
 117053 GGACCCCAGCGGGCTC