seq1 = pF1KB6622.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KB6622/gi568815596r_147835513.tfa (gi568815596r:147835513_148075958), 240446 bp

>pF1KB6622 1308
>gi568815596r:147835513_148075958 (Chr2)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-134  (102435-102511)   100% ->
135-225  (103130-103220)   100% ->
226-301  (117093-117168)   98% ->
302-387  (117576-117661)   100% ->
388-436  (120564-120612)   100% ->
437-588  (123435-123586)   100% ->
589-762  (127735-127908)   100% ->
763-849  (132437-132523)   100% ->
850-958  (136711-136819)   100% ->
959-1054  (137566-137661)   100% ->
1055-1122  (137746-137813)   100% ->
1123-1308  (140261-140446)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGTCGTAAATCAAAGAGTAACAGCTTAATTCACACAGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGTCGTAAATCAAAGAGTAACAGCTTAATTCACACAGAGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCACAG         GTACAAAGAATTTTACGTGAAAGATTTTGTCGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCACAGGTT...CAGGTACAAAGAATTTTACGTGAAAGATTTTGTCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGTCCACATAGTAACCTATTTGGAGTGCAAGTACAATACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102469 AGAGTCCACATAGTAACCTATTTGGAGTGCAAGTACAATACAAGTA...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   ACACTTAAGTGAGCTGCTGAAAAGAACTGCTCTCCATGGAGAGAGTAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 AGACACTTAAGTGAGCTGCTGAAAAGAACTGCTCTCCATGGAGAGAGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCTGTCCTTATTATCGGACCCCGAGGATCAGGAAAAACTATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103178 CTCTGTCCTTATTATCGGACCCCGAGGATCAGGAAAAACTATGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   TTAATAAGTCATGCTTTGAAAGAACTCATGGAAATAGAAGAAGTGAGT
        >>||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117091 AGTTAATAAATCATGCTTTGAAAGAACTCATGGAAATAGAAGAAGTGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAATGTATTACAAGTTCACTTAAATG         GACTGCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117141 GAAAATGTATTACAAGTTCACTTAAATGGTA...TAGGACTGCTGCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAATGACAAAATCGCCCTAAAGGAAATCACAAGGCAGTTAAATCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117589 CAATGACAAAATCGCCCTAAAGGAAATCACAAGGCAGTTAAATCTGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTAGTTGGAGATAAAGTTTTT         GGAAGCTTTGCTGAAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117639 ATGTAGTTGGAGATAAAGTTTTTGTA...CAGGGAAGCTTTGCTGAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTTTCATTTCTTCTGGAAGCTTTAAAAAAAG         GTGACCGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120582 CTTTCATTTCTTCTGGAAGCTTTAAAAAAAGGTA...TAGGTGACCGAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TAGCAGTTGCCCAGTGATCTTCATATTAGATGAATTTGATCTTTTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123445 TAGCAGTTGCCCAGTGATCTTCATATTAGATGAATTTGATCTTTTTGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATCATAAAAACCAAACACTTCTCTATAATCTTTTTGACATTTCTCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123495 ATCATAAAAACCAAACACTTCTCTATAATCTTTTTGACATTTCTCAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCACAGACCCCAATAGCAGTTATTGGTCTTACATGTAGATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123545 GCACAGACCCCAATAGCAGTTATTGGTCTTACATGTAGATTGGTA...AA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589  GATATTTTGGAACTCTTAGAAAAAAGAGTGAAGTCAAGATTTTCTCACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127734 GGATATTTTGGAACTCTTAGAAAAAAGAGTGAAGTCAAGATTTTCTCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGCAGATACACTTAATGAATTCATTTGGTTTTCCACAGTATGTTAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127784 GGCAGATACACTTAATGAATTCATTTGGTTTTCCACAGTATGTTAAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTAAAGAACAGTTATCTCTACCTGCAGAGTTTCCAGACAAGGTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127834 TTTAAAGAACAGTTATCTCTACCTGCAGAGTTTCCAGACAAGGTTTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGAAGTGGAATGAAAATGTTCAG         TATCTCTCAGAAGATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127884 TGAGAAGTGGAATGAAAATGTTCAGGTA...TAGTATCTCTCAGAAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GAAGTGTGCAAGAAGTACTACAGAAGCATTTCAATATCAGCAAAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132453 GAAGTGTGCAAGAAGTACTACAGAAGCATTTCAATATCAGCAAAAACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGTCATTACACATGCTATTG         ATGCTTGCTTTAAATCGAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 132503 CGGTCATTACACATGCTATTGGTT...TAGATGCTTGCTTTAAATCGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AACAGCATCGCACCCATTTATGACTGCCGTAGATCTAATGGAAGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136731 AACAGCATCGCACCCATTTATGACTGCCGTAGATCTAATGGAAGCAAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACTGTGTAGCATGGACTCGAAAGCAAATATTGTACATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 136781 AACTGTGTAGCATGGACTCGAAAGCAAATATTGTACATGGTG...TAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTATCAGTCTTGGAAATCTGTCTTATAATAGCAATGAAACATTTAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137568 CTATCAGTCTTGGAAATCTGTCTTATAATAGCAATGAAACATTTAAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CATCTATGAGGAAGAGCCATTTAATTTTCAAATGGTCTATAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 137618 CATCTATGAGGAAGAGCCATTTAATTTTCAAATGGTCTATAATGGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055    AGTTTCAGAAGTTTGTTCAAAGGAAAGCACATTCCGTTTATAATTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137743 CAGAGTTTCAGAAGTTTGTTCAAAGGAAAGCACATTCCGTTTATAATTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAAAAACCTGTTGTCATGAAG         GCTTTTGAACACTTGCAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137793 GAAAAACCTGTTGTCATGAAGGTA...CAGGCTTTTGAACACTTGCAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 ATTAGAATTAATAAAGCCCATGGAAAGAACTTCAGGAAATTCACAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140281 ATTAGAATTAATAAAGCCCATGGAAAGAACTTCAGGAAATTCACAGAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGTACCAGCTGATGAAACTGCTTTTGGATAATACTCAAATTATGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140331 AGTACCAGCTGATGAAACTGCTTTTGGATAATACTCAAATTATGAATGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTGCAGAAATATCCCAACTGTCCTACAGATGTGAGGCAGTGGGCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140381 CTGCAGAAATATCCCAACTGTCCTACAGATGTGAGGCAGTGGGCAACATC

   1400     .    :    .
   1293 CTCACTAAGCTGGTTA
        ||||||||||||||||
 140431 CTCACTAAGCTGGTTA