seq1 = pF1KB6619.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB6619/gi568815589f_130352229.tfa (gi568815589f:130352229_130601018), 248790 bp

>pF1KB6619 1236
>gi568815589f:130352229_130601018 (Chr9)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-174  (102077-102145)   100% ->
175-363  (106173-106361)   100% ->
364-420  (111883-111939)   100% ->
421-495  (114497-114571)   100% ->
496-566  (118606-118676)   100% ->
567-597  (119257-119287)   100% ->
598-688  (124643-124733)   100% ->
689-773  (127488-127572)   100% ->
774-838  (128157-128221)   100% ->
839-970  (137105-137236)   100% ->
971-1127  (142639-142795)   100% ->
1128-1193  (147277-147342)   100% ->
1194-1236  (148748-148790)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCAAAGGCTCCGTGGTTCTGGCCTACAGTGGCGGCCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGCAAAGGCTCCGTGGTTCTGGCCTACAGTGGCGGCCTGGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGTGCATCCTCGTGTGGCTGAAGGAACAAGGCTATGACGTCATTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGTGCATCCTCGTGTGGCTGAAGGAACAAGGCTATGACGTCATTGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTG         GCCAACATTGGCCAGAAGGAAGACTTCGAGGAAGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTGGTG...CAGGCCAACATTGGCCAGAAGGAAGACTTCGAGGAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAGAAGGCACTGAAGCTTGGGGCCAAAAAG         GTGTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102113 AGGAAGAAGGCACTGAAGCTTGGGGCCAAAAAGGTA...TAGGTGTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGGATGTCAGCAGGGAGTTTGTGGAGGAGTTCATCTGGCCGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 TGAGGATGTCAGCAGGGAGTTTGTGGAGGAGTTCATCTGGCCGGCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCCAGCGCACTGTATGAGGACCGCTACCTCCTGGGCACCTCTCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106231 AGTCCAGCGCACTGTATGAGGACCGCTACCTCCTGGGCACCTCTCTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCCCTGCATCGCCCGCAAACAAGTGGAAATCGCCCAGCGGGAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106281 AGGCCCTGCATCGCCCGCAAACAAGTGGAAATCGCCCAGCGGGAGGGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGTATGTGTCCCACGGCGCCACAGGAAAG         GGGAACGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106331 CAAGTATGTGTCCCACGGCGCCACAGGAAAGGTG...CAGGGGAACGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTCCGGTTTGAGCTCAGCTGCTACTCACTGGCCCCCCAGATAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111893 AGGTCCGGTTTGAGCTCAGCTGCTACTCACTGGCCCCCCAGATAAAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       GTCATTGCTCCCTGGAGGATGCCTGAATTCTACAACCGGTTCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111943 ...CAGGTCATTGCTCCCTGGAGGATGCCTGAATTCTACAACCGGTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGCCGCAATGACCTGATGGAGTACGCAAAG         CAACACGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114541 GGGCCGCAATGACCTGATGGAGTACGCAAAGGTA...CAGCAACACGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCCCATCCCGGTCACTCCCAAGAACCCGTGGAGCATGGATGAGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118616 TTCCCATCCCGGTCACTCCCAAGAACCCGTGGAGCATGGATGAGAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGCACATCAG         CTACGAGGCTGGAATCCTGGAGAACCCCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118666 ATGCACATCAGGTA...CAGCTACGAGGCTGGAATCCTGGAGAACCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 G         AACCAAGCGCCTCCAGGTCTCTACACGAAGACCCAGGACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119287 GGTA...CAGAACCAAGCGCCTCCAGGTCTCTACACGAAGACCCAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAGCCAAAGCCCCCAACACCCCTGACATTCTCGAGATCGAGTTCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124683 CAGCCAAAGCCCCCAACACCCCTGACATTCTCGAGATCGAGTTCAAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 G         GGGTCCCTGTGAAGGTGACCAACGTCAAGGATGGCACCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124733 GGTA...TAGGGGTCCCTGTGAAGGTGACCAACGTCAAGGATGGCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCACCAGACCTCCTTGGAGCTCTTCATGTACCTGAACGAAGTCGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127528 CCACCAGACCTCCTTGGAGCTCTTCATGTACCTGAACGAAGTCGCGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774     GGGCAAGCATGGCGTGGGCCGTATTGACATCGTGGAGAACCGCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127578 .CAGGGGCAAGCATGGCGTGGGCCGTATTGACATCGTGGAGAACCGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGGAATGAAGTCCCGAG         GTATCTACGAGACCCCAGCAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128203 ATTGGAATGAAGTCCCGAGGTG...TAGGTATCTACGAGACCCCAGCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CACCATCCTTTACCATGCTCATTTAGACATCGAGGCCTTCACCATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137127 CACCATCCTTTACCATGCTCATTTAGACATCGAGGCCTTCACCATGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGGAAGTGCGCAAAATCAAACAAGGCCTGGGCTTGAAATTTGCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137177 GGGAAGTGCGCAAAATCAAACAAGGCCTGGGCTTGAAATTTGCTGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTGTATACCG         GTTTCTGGCACAGCCCTGAGTGTGAATTTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 137227 GTGTATACCGGTG...TAGGTTTCTGGCACAGCCCTGAGTGTGAATTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CCGCCACTGCATCGCCAAGTCCCAGGAGCGAGTGGAAGGGAAAGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142670 CCGCCACTGCATCGCCAAGTCCCAGGAGCGAGTGGAAGGGAAAGTGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGTCCGTCCTCAAGGGCCAGGTGTACATCCTCGGCCGGGAGTCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142720 TGTCCGTCCTCAAGGGCCAGGTGTACATCCTCGGCCGGGAGTCCCCACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCTCTCTACAATGAGGAGCTGGTGAG         CATGAACGTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 142770 TCTCTCTACAATGAGGAGCTGGTGAGGTA...CAGCATGAACGTGCAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGATTATGAGCCAACTGATGCCACCGGGTTCATCAACATCAATTCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147292 TGATTATGAGCCAACTGATGCCACCGGGTTCATCAACATCAATTCCCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 G         GCTGAAGGAATATCATCGTCTCCAGAGCAAGGTCACTGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147342 GGTG...CAGGCTGAAGGAATATCATCGTCTCCAGAGCAAGGTCACTGCC

   1350 
   1234 AAA
        |||
 148788 AAA