seq1 = pF1KB6617.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB6617/gi568815587r_47337978.tfa (gi568815587r:47337978_47548964), 210987 bp

>pF1KB6617 1236
>gi568815587r:47337978_47548964 (Chr11)

(complement)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-531  (100815-101153)   99% ->
532-690  (106151-106309)   100% ->
691-789  (107044-107142)   100% ->
790-912  (107232-107354)   100% ->
913-966  (107753-107806)   100% ->
967-1166  (110034-110233)   99% ->
1167-1236  (110918-110987)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCAGGACCAGACCAAGCAGCAGATCGAGAAGGGGCTCCAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCAGGACCAGACCAAGCAGCAGATCGAGAAGGGGCTCCAGCTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGTCCAACCAGACAGAGAAGGCATTGCAGGTGTGGACAAAGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGTCCAACCAGACAGAGAAGGCATTGCAGGTGTGGACAAAGGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGAGCTCGGACCTCATGGGGCGCTTCCGCGTGCTGGGCTGCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGAGCTCGGACCTCATGGGGCGCTTCCGCGTGCTGGGCTGCCTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGCCCACTCGGAGATGGGCCGCTACAAGGAGATGCTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 ACAGCCCACTCGGAGATGGGCCGCTACAAGGAGATGCTGAAGGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  TTCGCTGTGGTCCAGATCGACACGGCCCGGGAGCTGGAGGATGCCGACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100814 GTTCGCTGTGGTCCAGATCGACACGGCCCGGGAGCTGGAGGATGCCGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTCCTGGAGAGCTACCTGAACCTGGCACGCAGCAACGAGAAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100864 TCCTCCTGGAGAGCTACCTGAACCTGGCACGCAGCAACGAGAAGCTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTTTCACAAGACCATCTCCTACTGCAAGACCTGCCTTGGGCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100914 GAGTTTCACAAGACCATCTCCTACTGCAAGACCTGCCTTGGGCTGCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACCAGGGCAGGTGCCCAGCTCGGAGGCCAGGTCAGCCTGAGCATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100964 TACCAGGGCAGGTGCCCAGCTCGGAGGCCAGGTCAGCCTGAGCATGGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGCCTTCCTGGGCCTCAGCGTCTTCCAGAAGGCCCTGGAGAGCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101014 ATGCCTTCCTGGGCCTCAGCGTCTTCCAGAAGGCCCTGGAGAGCTTCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGCCCTGCGCTACGCCCACAACAATGATGACGCCATGCTCGAGTGCCG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101064 AAGGCCCTGCGCTATGCCCACAACAATGATGACGCCATGCTCGAGTGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTGTGCTGCAGCCTGGGCAGCTTCTATGCCCAGGTCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101114 CGTGTGCTGCAGCCTGGGCAGCTTCTATGCCCAGGTCAAGGTG...CAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTACGAGAAAGCCCTGTTCTTCCCCTGCAAGGCGGCAGAGCTTGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106152 ACTACGAGAAAGCCCTGTTCTTCCCCTGCAAGGCGGCAGAGCTTGTCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACTATGGCAAAGGCTGGAGCCTGAAGTACCGGGCCATGAGCCAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106202 AACTATGGCAAAGGCTGGAGCCTGAAGTACCGGGCCATGAGCCAGTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATGGCCGTGGCCTATCGCCTGCTGGGCCGCCTGGGCAGTGCCATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106252 CATGGCCGTGGCCTATCGCCTGCTGGGCCGCCTGGGCAGTGCCATGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTTGTGAG         GAGTCTATGAAGATCGCGCTGCAGCACGGGGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106302 GTTGTGAGGTG...CAGGAGTCTATGAAGATCGCGCTGCAGCACGGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGCCACTGCAGGCGCTCTGCCTGCTCTGCTTCGCTGACATCCACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107077 CGGCCACTGCAGGCGCTCTGCCTGCTCTGCTTCGCTGACATCCACCGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGTGGGGACCTGGAG         ACAGCCTTCCCCAGGTACGACTCCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107127 CCGTGGGGACCTGGAGGTG...CAGACAGCCTTCCCCAGGTACGACTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCATGAGCATCATGACCGAGATCGGAAACCGCCTGGGGCAGGTGCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107257 CCATGAGCATCATGACCGAGATCGGAAACCGCCTGGGGCAGGTGCAGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGCTGGGTGTGGCCAAGTGCTGGGTGGCCAGGAAGGCGCTGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107307 CTGCTGGGTGTGGCCAAGTGCTGGGTGGCCAGGAAGGCGCTGGACAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        GCTCTGGATGCCATCGAGAGAGCCCAGGATCTGGCCGAGGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107357 G...CAGGCTCTGGATGCCATCGAGAGAGCCCAGGATCTGGCCGAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGGGAACAAG         CTGAGCCAGCTCAAGCTGCACTGTCTGAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107796 TGGGGAACAAGGTC...CAGCTGAGCCAGCTCAAGCTGCACTGTCTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGAGCATTTACCGCAGCAAAGGGCTGCAGCGGGAACTGCGGGCGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110064 GAGAGCATTTACCGCAGCAAAGGGCTGCAGCGGGAACTGCGGGCGCACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTGAGGTTCCACGAGTGCGTGGAGGAGACGGAGCTCTACTGCGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110114 TGTGAGGTTCCACGAGTGCGTGGAGGAGACGGAGCTCTACTGCGGCCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCGGCGAGTCCATAGGCGAGAAGAACAGCCGGCTGCAGGCCCTACCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 110164 GCGGCGAGTCCATAGGCGAGAAGAACAGCCGGCTGCAGGCCCTACCTTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCCCACATCTTCCACCTCAG         GTGCCTGCAGAACAACGGGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110214 TCCCACATCTTCCACCTCAGGTG...CAGGTGCCTGCAGAACAACGGGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1188 CCGGAGCTGTCCCAACTGCCGCCGCTCATCCATGAAGCCTGGCTTTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 CCGGAGCTGTCCCAACTGCCGCCGCTCATCCATGAAGCCTGGCTTTGTA