seq1 = pF1KB6616.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB6616/gi568815579f_1106914.tfa (gi568815579f:1106914_1326644), 219731 bp

>pF1KB6616 1299
>gi568815579f:1106914_1326644 (Chr19)

1-290  (100001-100290)   100% ->
291-374  (111504-111587)   100% ->
375-464  (112411-112500)   100% ->
465-597  (113460-113592)   100% ->
598-734  (113668-113804)   100% ->
735-862  (114300-114427)   100% ->
863-920  (115036-115093)   100% ->
921-1108  (116072-116259)   100% ->
1109-1299  (119541-119731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGGTGGACCCGCAGCAGCTGGGCATGTTCACGGAGGGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGGTGGACCCGCAGCAGCTGGGCATGTTCACGGAGGGCGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGTCGGTGGGTATGGACACGTTCATCCACCGCATCGACTCCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGTCGGTGGGTATGGACACGTTCATCCACCGCATCGACTCCACCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCTACCAGCCGCGCCGCAAGCGGGCCAAGCTCATCGGCAAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCTACCAGCCGCGCCGCAAGCGGGCCAAGCTCATCGGCAAGTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGGGGACCTGCTGGGGGAAGGCTCTTACGGCAAGGTGAAGGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGGGGACCTGCTGGGGGAAGGCTCTTACGGCAAGGTGAAGGAGGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTCGGAGACGCTGTGCAGGAGGGCCGTCAAGATCCTCAAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACTCGGAGACGCTGTGCAGGAGGGCCGTCAAGATCCTCAAGAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTGCGAAGGATCCCCAACGGGGAGGCCAACGTGAAGAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100251 AGTTGCGAAGGATCCCCAACGGGGAGGCCAACGTGAAGAAGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAATTCAACTACTGAGGAGGTTACGGCACAAAAATGTCATCCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111505 GAAATTCAACTACTGAGGAGGTTACGGCACAAAAATGTCATCCAGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATGTGTTATACAACGAAGAGAAGCAGAAAAT         GTATATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111555 GGATGTGTTATACAACGAAGAGAAGCAGAAAATATA...CACGTATATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATGGAGTACTGCGTGTGTGGCATGCAGGAAATGCTGGACAGCGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112419 TGATGGAGTACTGCGTGTGTGGCATGCAGGAAATGCTGGACAGCGTGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAAGCGTTTCCCAGTGTGCCAGGCCCACGG         GTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112469 GAGAAGCGTTTCCCAGTGTGCCAGGCCCACGGGTG...CAGGTACTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGCTGATTGACGGCCTGGAGTACCTGCATAGCCAGGGCATTGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113469 TCAGCTGATTGACGGCCTGGAGTACCTGCATAGCCAGGGCATTGTGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGACATCAAGCCGGGGAACCTGCTGCTCACCACCGGTGGCACCCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113519 AGGACATCAAGCCGGGGAACCTGCTGCTCACCACCGGTGGCACCCTCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCTCCGACCTGGGCGTGGCCGAG         GCACTGCACCCGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 113569 ATCTCCGACCTGGGCGTGGCCGAGGTA...CAGGCACTGCACCCGTTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCGGACGACACCTGCCGGACCAGCCAGGGCTCCCCGGCTTTCCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113685 GGCGGACGACACCTGCCGGACCAGCCAGGGCTCCCCGGCTTTCCAGCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGAGATTGCCAACGGCCTGGACACCTTCTCCGGCTTCAAGGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113735 CCGAGATTGCCAACGGCCTGGACACCTTCTCCGGCTTCAAGGTGGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGTCGGCTGGGGTCACCCT         CTACAACATCACCACGGGTCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113785 TGGTCGGCTGGGGTCACCCTGTA...AAGCTACAACATCACCACGGGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTACCCCTTCGAAGGGGACAACATCTACAAGTTGTTTGAGAACATCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114321 GTACCCCTTCGAAGGGGACAACATCTACAAGTTGTTTGAGAACATCGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGGGAGCTACGCCATCCCGGGCGACTGTGGCCCCCCGCTCTCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114371 AGGGGAGCTACGCCATCCCGGGCGACTGTGGCCCCCCGCTCTCTGACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGAAAG         GGATGCTTGAGTACGAACCGGCCAAGAGGTTCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114421 CTGAAAGGTG...CAGGGATGCTTGAGTACGAACCGGCCAAGAGGTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCCGGCAGATCCGGCAGCACAG         CTGGTTCCGGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115070 CATCCGGCAGATCCGGCAGCACAGGTG...CAGCTGGTTCCGGAAGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATCCTCCGGCTGAAGCACCAGTGCCCATCCCACCGAGCCCAGACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116089 ATCCTCCGGCTGAAGCACCAGTGCCCATCCCACCGAGCCCAGACACCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCGGTGGCGCAGCATGACTGTGGTGCCGTACTTGGAGGACCTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116139 GACCGGTGGCGCAGCATGACTGTGGTGCCGTACTTGGAGGACCTGCACGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCGGACGAGGACGAGGACCTCTTCGACATCGAGGATGACATCATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116189 CGCGGACGAGGACGAGGACCTCTTCGACATCGAGGATGACATCATCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCAGGACTTCACGGTGCCCG         GACAGGTCCCAGAAGAGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116239 CTCAGGACTTCACGGTGCCCGGTG...CAGGACAGGTCCCAGAAGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCAGTCACAATGGACAGCGCCGGGGCCTCCCCAAGGCCGTGTGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119561 GCCAGTCACAATGGACAGCGCCGGGGCCTCCCCAAGGCCGTGTGTATGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGGCACAGAGGCGGCGCAGCTGAGCACCAAATCCAGGGCGGAGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119611 CGGCACAGAGGCGGCGCAGCTGAGCACCAAATCCAGGGCGGAGGGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCCCAACCCTGCCCGCAAGGCCTGCTCCGCCAGCAGCAAGATCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119661 CCCCCAACCCTGCCCGCAAGGCCTGCTCCGCCAGCAGCAAGATCCGCCGG

   1350     .    :    .    :
   1279 CTGTCGGCCTGCAAGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||
 119711 CTGTCGGCCTGCAAGCAGCAG