seq1 = pF1KB6614.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KB6614/gi568815581r_41519597.tfa (gi568815581r:41519597_41724509), 204913 bp

>pF1KB6614 1296
>gi568815581r:41519597_41724509 (Chr17)

(complement)

1-432  (100001-100432)   100% ->
433-515  (101478-101560)   100% ->
516-672  (101999-102155)   100% ->
673-834  (102756-102917)   100% ->
835-960  (103419-103544)   100% ->
961-1181  (103631-103851)   100% ->
1182-1204  (103952-103974)   100% ->
1205-1296  (104822-104913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACCTCCATCCGCCAGTTCACCTCCTCCAGCTCCATCAAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACCTCCATCCGCCAGTTCACCTCCTCCAGCTCCATCAAGGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGGCCTGGGGGGCGGCTCGTCCCGCACCTCCTGCCGGCTGTCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGGCCTGGGGGGCGGCTCGTCCCGCACCTCCTGCCGGCTGTCTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGGTGCCGGCTCCTGCAGGCTGGGATCTGCTGGCGGCCTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGGGTGCCGGCTCCTGCAGGCTGGGATCTGCTGGCGGCCTGGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCTCGGGGGTAGCAGCTACTCCAGCTGCTACAGCTTTGGCTCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCTCGGGGGTAGCAGCTACTCCAGCTGCTACAGCTTTGGCTCTGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCTATGGCAGCAGCTTTGGGGGTGTTGATGGGCTGCTGGCTGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCTATGGCAGCAGCTTTGGGGGTGTTGATGGGCTGCTGGCTGGAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGGCCACCATGCAGAACCTCAATGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGGCCACCATGCAGAACCTCAATGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGTGCGTGCCCTGGAGGAGGCCAACACTGAGCTGGAGGTGAAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGTGCGTGCCCTGGAGGAGGCCAACACTGAGCTGGAGGTGAAGATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACTGGTACCAGAGGCAGGCCCCGGGGCCCGCCCGTGACTACAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGACTGGTACCAGAGGCAGGCCCCGGGGCCCGCCCGTGACTACAGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTACAGGACAATTGAGGAGCTGCAGAACAAG         ATCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100401 ACTACAGGACAATTGAGGAGCTGCAGAACAAGGTA...CAGATCCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCACCGTGGACAATGCCAACATCCTGCTACAGATTGACAATGCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 GCCACCGTGGACAATGCCAACATCCTGCTACAGATTGACAATGCCCGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCTGCTGATGACTTCCGCACCAA         GTTTGAGACAGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101537 GGCTGCTGATGACTTCCGCACCAAGTG...CAGGTTTGAGACAGAGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCTGCGCCTGAGTGTGGAGGCCGACATCAATGGCCTGCGCAGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102016 CCCTGCGCCTGAGTGTGGAGGCCGACATCAATGGCCTGCGCAGGGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATGAGCTGACCCTGGCCAGAGCCGACCTGGAGATGCAGATTGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102066 GATGAGCTGACCCTGGCCAGAGCCGACCTGGAGATGCAGATTGAGAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAGGAGGAGCTGGCCTACCTGAAGAAGAACCACGAGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102116 CAAGGAGGAGCTGGCCTACCTGAAGAAGAACCACGAGGAGGTG...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATGAACGCCCTGCGAGGCCAGGTGGGTGGTGAGATCAATGTGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102757 AGATGAACGCCCTGCGAGGCCAGGTGGGTGGTGAGATCAATGTGGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACGCTGCCCCAGGCGTGGACCTGAGCCGCATCCTCAACGAGATGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102807 GACGCTGCCCCAGGCGTGGACCTGAGCCGCATCCTCAACGAGATGCGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGTATGAGAAGATGGCAGAGAAGAACCGCAAGGATGCCGAGGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 CCAGTATGAGAAGATGGCAGAGAAGAACCGCAAGGATGCCGAGGATTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTTCAGCAAG         ACAGAGGAACTGAACCGCGAGGTGGCCACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102907 TCTTCAGCAAGGTG...CAGACAGAGGAACTGAACCGCGAGGTGGCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACAGTGAGCTGGTGCAGAGTGGCAAGAGTGAGATCTCGGAGCTCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103449 AACAGTGAGCTGGTGCAGAGTGGCAAGAGTGAGATCTCGGAGCTCCGGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CACCATGCAGGCCTTGGAGATAGAGCTGCAGTCCCAGCTCAGCATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103499 CACCATGCAGGCCTTGGAGATAGAGCTGCAGTCCCAGCTCAGCATGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961      AAAGCATCCCTGGAGGGCAACCTGGCGGAGACAGAGAACCGCTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103549 ..CAGAAAGCATCCCTGGAGGGCAACCTGGCGGAGACAGAGAACCGCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCGTGCAGCTGTCCCAGATCCAGGGGCTGATTGGCAGCGTGGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103676 TGCGTGCAGCTGTCCCAGATCCAGGGGCTGATTGGCAGCGTGGAGGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGGCCCAGCTTCGCTGCGAGATGGAGCAGCAGAACCAGGAATACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103726 GCTGGCCCAGCTTCGCTGCGAGATGGAGCAGCAGAACCAGGAATACAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCCTGCTGGATGTGAAGACGCGGCTGGAGCAGGAGATTGCCACCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103776 TCCTGCTGGATGTGAAGACGCGGCTGGAGCAGGAGATTGCCACCTACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGCCTGCTGGAGGGAGAGGATGCCCA         CCTGACTCAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103826 CGCCTGCTGGAGGGAGAGGATGCCCAGTG...CAGCCTGACTCAGTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAAAGAAC         CGGTGACCACCCGTCAGGTGCGTACCATTGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103967 GAAAGAACGTA...CAGCGGTGACCACCCGTCAGGTGCGTACCATTGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGAGGTCCAGGATGGCAAGGTCATCTCCTCCCGCGAGCAGGTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104855 AAGAGGTCCAGGATGGCAAGGTCATCTCCTCCCGCGAGCAGGTCCACCAG

   1350     .
   1288 ACCACCCGC
        |||||||||
 104905 ACCACCCGC