seq1 = pF1KB6613.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB6613/gi568815588f_132438097.tfa (gi568815588f:132438097_132881938), 443842 bp

>pF1KB6613 1236
>gi568815588f:132438097_132881938 (Chr10)

1-75  (100001-100075)   100% ==
114-218  (207768-207872)   100% ->
219-306  (212322-212409)   100% ->
307-370  (252296-252359)   100% ->
371-474  (259720-259823)   100% ->
475-527  (270217-270269)   100% ->
528-647  (272241-272360)   100% ->
648-732  (288725-288809)   100% ->
733-828  (311421-311516)   100% ->
829-903  (311675-311749)   100% ->
904-977  (327677-327750)   100% ->
978-1089  (339575-339686)   100% ->
1090-1158  (342753-342821)   100% ->
1159-1236  (343765-343842)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGAAGGCGGCCGCCCCGGGCACCGCGGTGCTGCTGGTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGAAGGCGGCCGCCCCGGGCACCGCGGTGCTGCTGGTCACGGC

     50     .    :    .    :    .
     51 CAACGTGGGCTCGCTCTTCGACGAC
        |||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGTGGGCTCGCTCTTCGACGAC

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 CCAGGTCGTGCACACACACAAGCCGCACTTCATGGCCTTGCACTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207768 CCAGGTCGTGCACACACACAAGCCGCACTTCATGGCCTTGCACTGTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 AGTTTGGAGGGAAGAACTACGAGGCCTCCATGTCCCACGTGGACAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207818 AGTTTGGAGGGAAGAACTACGAGGCCTCCATGTCCCACGTGGACAAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    214 GTCAA         AGAACTATTGTCGAGTGATGCGATGAAAGAATATAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207868 GTCAAGTA...CAGAGAACTATTGTCGAGTGATGCGATGAAAGAATATAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 CAGGGCTCGAGTCTACCTGGATGAAAACTACAAATCCCAGGAGCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212358 CAGGGCTCGAGTCTACCTGGATGAAAACTACAAATCCCAGGAGCACTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CG         GCACTAGGAAGCTTTTATTTTCTTCATGAGTCCTTAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212408 CGGTG...CAGGCACTAGGAAGCTTTTATTTTCTTCATGAGTCCTTAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 AACATCTACCAGTTTGACTTTAAAG         CTAAGAAGTATAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 252335 AACATCTACCAGTTTGACTTTAAAGGTA...CAGCTAAGAAGTATAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 GGTCGCTGGCAAAGAGATCTACTCGGATACCTTAGAGAGCACGCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259736 GGTCGCTGGCAAAGAGATCTACTCGGATACCTTAGAGAGCACGCCCATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 TGGAGAAGGAGAAGTTTCCGCAGGACTACTTCCCCGAG         TGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 259786 TGGAGAAGGAGAAGTTTCCGCAGGACTACTTCCCCGAGGTA...CAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 AAATGGTCAAGAAAAGGCTTCATCCGGACGAGGTGGTGCATTGCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270220 AAATGGTCAAGAAAAGGCTTCATCCGGACGAGGTGGTGCATTGCAGACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528          TGCCTTTGACTTGGTGAATATCCATCTTTTCCATGATGCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270270 GTA...CAGTGCCTTTGACTTGGTGAATATCCATCTTTTCCATGATGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 CCAATCTGGTCGCCTGGGAAACAAGCCCTTCCGTGTACTCGGGAATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272282 CCAATCTGGTCGCCTGGGAAACAAGCCCTTCCGTGTACTCGGGAATCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 CACAAGGCACTGGGCTACGTGCTGGACAG         AATCATTGATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 272332 CACAAGGCACTGGGCTACGTGCTGGACAGGTA...CAGAATCATTGATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 GCGATTCGAGAAGGTTTCCTACTTTGTATTTGGTGATTTCAACTTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288737 GCGATTCGAGAAGGTTTCCTACTTTGTATTTGGTGATTTCAACTTCCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 TGGATTCCAAGTCCGTCGTGGAG         ACGCTCTGCACAAAAGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 288787 TGGATTCCAAGTCCGTCGTGGAGGTA...CAGACGCTCTGCACAAAAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCATGCAGACGGTCCGGGCCGCCGACACCAATGAAGTGGTGAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311439 ACCATGCAGACGGTCCGGGCCGCCGACACCAATGAAGTGGTGAAGCTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTTCGTGAGTCGGACAACGACCGGAAG         GTTATGCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 311489 ATTTCGTGAGTCGGACAACGACCGGAAGGTG...CAGGTTATGCTCCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TAGAAAAGAAACTCTTCGACTACTTCAACCAGGAGGTTTTCCGAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311688 TAGAAAAGAAACTCTTCGACTACTTCAACCAGGAGGTTTTCCGAGACAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AACGGCACCGCG         CTCTTGGAGTTTGACAAGGAGTTGTCTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 311738 AACGGCACCGCGGTG...TAGCTCTTGGAGTTTGACAAGGAGTTGTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTTTAAGGACAGACTGTATGAACTGGACATCTCGTTCCCTCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 327706 CTTTAAGGACAGACTGTATGAACTGGACATCTCGTTCCCTCCCAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978     CTACCCGTACAGTGAGGACGCCCGCCAGGGTGAGCAGTACATGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327756 .CAGCTACCCGTACAGTGAGGACGCCCGCCAGGGTGAGCAGTACATGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACCCGGTGCCCAGCCTGGTGTGACCGCATCCTCATGTCCCCGTCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339621 ACCCGGTGCCCAGCCTGGTGTGACCGCATCCTCATGTCCCCGTCTGCCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGAGCTGGTGCTGCGG         TCGGAGAGCGAGGAGAAGGTTGTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 339671 GGAGCTGGTGCTGCGGGTG...CAGTCGGAGAGCGAGGAGAAGGTTGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCTATGACCACATTGGGCCCAACGTCTGCATGGGAGACCACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 342778 CCTATGACCACATTGGGCCCAACGTCTGCATGGGAGACCACAAGGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159    CCCGTGTTCCTGGCCTTCCGAATCATGCCCGGGGCAGGTAAACCTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343762 CAGCCCGTGTTCCTGGCCTTCCGAATCATGCCCGGGGCAGGTAAACCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1206 TGCCCATGTGCACAAGTGTTGTGTCGTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 343812 TGCCCATGTGCACAAGTGTTGTGTCGTGCAG