seq1 = pF1KB6610.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KB6610/gi568815591f_43944738.tfa (gi568815591f:43944738_44160913), 216176 bp

>pF1KB6610 1290
>gi568815591f:43944738_44160913 (Chr7)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-139  (105488-105543)   100% ->
140-252  (107093-107205)   100% ->
253-327  (108130-108204)   100% ->
328-474  (112020-112166)   100% ->
475-552  (113045-113122)   100% ->
553-704  (113392-113543)   100% ->
705-753  (113695-113743)   100% ->
754-835  (114165-114246)   100% ->
836-931  (114617-114712)   100% ->
932-1047  (114806-114921)   100% ->
1048-1153  (115311-115416)   99% ->
1154-1290  (116040-116176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGAACCTGAGCCGGAACGGGCCAGCGCTGCAAGAGGCCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGAACCTGAGCCGGAACGGGCCAGCGCTGCAAGAGGCCTACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGTGGTCACCGAGAAGTCCCCGACCGACTG         GGCTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 GCGGGTGGTCACCGAGAAGTCCCCGACCGACTGGTG...CAGGGCTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACCTATGAAGGCAACAGCAATGACATCCGCGTGGCTGGCACAGGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105496 TTACCTATGAAGGCAACAGCAATGACATCCGCGTGGCTGGCACAGGGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        AGGGTGGCCTGGAGGAGATGGTGGAGGAGCTCAACAGCGGGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105546 G...CAGAGGGTGGCCTGGAGGAGATGGTGGAGGAGCTCAACAGCGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGATGTACGCCTTCTGCAGAGTGAAGGACCCCAACTCTGGACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107136 GGTGATGTACGCCTTCTGCAGAGTGAAGGACCCCAACTCTGGACTGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTGTCCTCATCAACTGG         ACAGGCGAGGGCGTGAACGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107186 AATTTGTCCTCATCAACTGGGTA...CAGACAGGCGAGGGCGTGAACGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGCGGAAGGGAGCCTGTGCCAGCCACGTCAGCACCATGGCCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 GTGCGGAAGGGAGCCTGTGCCAGCCACGTCAGCACCATGGCCAGCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAG         GGGGCCCATGTGACCATCAACGCACGGGCCGAGGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108201 GAAGGTA...CAGGGGGCCCATGTGACCATCAACGCACGGGCCGAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTGGAGCCTGAGTGCATCATGGAGAAGGTGGCCAAGGCTTCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112057 ATGTGGAGCCTGAGTGCATCATGGAGAAGGTGGCCAAGGCTTCAGGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACTACAGCTTTCACAAGGAGAGTGGCCGCTTCCAGGACGTGGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112107 AACTACAGCTTTCACAAGGAGAGTGGCCGCTTCCAGGACGTGGGACCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCCCAGTG         GGCTCTGTGTACCAGAAGACCAATGCCGTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112157 GGCCCCAGTGGTG...CAGGGCTCTGTGTACCAGAAGACCAATGCCGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGAGATTAAAAGGGTTGGTAAAGACAGCTTCTGGGCCAAAGCAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113076 CTGAGATTAAAAGGGTTGGTAAAGACAGCTTCTGGGCCAAAGCAGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       AAGGAGGAGGAGAACCGTCGGCTGGAGGAAAAGCGGCGGGCCGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113126 ...CAGAAGGAGGAGGAGAACCGTCGGCTGGAGGAAAAGCGGCGGGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAGGCACAGCGGCAGCTGGAGCAGGAGCGCCGGGAGCGTGAGCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113436 GGAGGCACAGCGGCAGCTGGAGCAGGAGCGCCGGGAGCGTGAGCTGCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGCTGCACGCCGGGAGCAGCGCTATCAGGAGCAGGGTGGCGAGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113486 AGGCTGCACGCCGGGAGCAGCGCTATCAGGAGCAGGGTGGCGAGGCCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCCAGAG         GACGTGGGAGCAGCAGCAAGAAGTGGTTTCAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113536 CCCCAGAGGTG...CAGGACGTGGGAGCAGCAGCAAGAAGTGGTTTCAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAACCGAAATGAGCAG         GAGTCTGCCGTGCACCCGAGGGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113728 GAACCGAAATGAGCAGGTA...CAGGAGTCTGCCGTGCACCCGAGGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTTTCAAGCAGAAGGAGAGGGCCATGTCCACCACCTCCATCTCCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114190 TTTTCAAGCAGAAGGAGAGGGCCATGTCCACCACCTCCATCTCCAGTCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGCCTG         GCAAGCTGAGGAGCCCCTTCCTGCAGAAGCAGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114240 CAGCCTGGTG...CAGGCAAGCTGAGGAGCCCCTTCCTGCAGAAGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CACCCAACCAGAGACCCACTTTGGCAGAGAGCCAGCTGCTGCCATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114651 CACCCAACCAGAGACCCACTTTGGCAGAGAGCCAGCTGCTGCCATCTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGCCCAGGGCAG         ATCTCCCTGCTGAGGAGCCGGCGCCCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114701 GGCCCAGGGCAGGCA...CAGATCTCCCTGCTGAGGAGCCGGCGCCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ACTCCTCCATGTCTGGTGCAGGCAGAAGAGGAGGCTGTGTATGAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114835 ACTCCTCCATGTCTGGTGCAGGCAGAAGAGGAGGCTGTGTATGAGGAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCCAGAGCAGGAGACCTTCTACGAGCAGCCCCCACTG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114885 TCCAGAGCAGGAGACCTTCTACGAGCAGCCCCCACTGGTG...CAGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGCAGCAAGGTGCCGGCTCTGAGCACATTGACCACCACATTCAGGGCCAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115315 AGCAGCAAGGTGCTGGCTCTGAGCACATTGACCACCACATTCAGGGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGGCTCAGTGGGCAAGGGCTCTGTGCCCGTGCCCTGTACGACTACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 GGGCTCAGTGGGCAAGGGCTCTGTGCCCGTGCCCTGTACGACTACCAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AG         CCGACGACACAGAGATCTCCTTTGACCCCGAGAACCTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 AGGTA...CAGCCGACGACACAGAGATCTCCTTTGACCCCGAGAACCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCACGGGCATCGAGGTGATCGACGAAGGCTGGTGGCGTGGCTATGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116079 TCACGGGCATCGAGGTGATCGACGAAGGCTGGTGGCGTGGCTATGGGCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1243 GATGGCCATTTTGGCATGTTCCCTGCCAACTACGTGGAGCTCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116129 GATGGCCATTTTGGCATGTTCCCTGCCAACTACGTGGAGCTCATTGAG