seq1 = pF1KB6608.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KB6608/gi568815588f_73811556.tfa (gi568815588f:73811556_74016562), 205007 bp

>pF1KB6608 1293
>gi568815588f:73811556_74016562 (Chr10)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-85  (100486-100513)   100% ->
86-193  (100660-100767)   100% ->
194-368  (101369-101543)   100% ->
369-460  (101735-101826)   98% ->
461-680  (101984-102203)   100% ->
681-829  (102425-102573)   100% ->
830-970  (103221-103361)   100% ->
971-1119  (103696-103844)   100% ->
1120-1293  (104834-105007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGCCCTGCTGGCGCGCCTGCTTCTCTGCGTCCTGGTCGTGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGCCCTGCTGGCGCGCCTGCTTCTCTGCGTCCTGGTCGTGAGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAAA         GGCAGCAATGAACTTCATCAAGTTCCAT      
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CTCCAAAGTG...CAGGGCAGCAATGAACTTCATCAAGTTCCATGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     86    CGAACTGTGACTGTCTAAATGGAGGAACATGTGTGTCCAACAAGTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100657 CAGCGAACTGTGACTGTCTAAATGGAGGAACATGTGTGTCCAACAAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCTCCAACATTCACTGGTGCAACTGCCCAAAGAAATTCGGAGGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 TTCTCCAACATTCACTGGTGCAACTGCCCAAAGAAATTCGGAGGGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGTGAAATAG         ATAAGTCAAAAACCTGCTATGAGGGGAATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 CTGTGAAATAGGTA...TAGATAAGTCAAAAACCTGCTATGAGGGGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTCACTTTTACCGAGGAAAGGCCAGCACTGACACCATGGGCCGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 GTCACTTTTACCGAGGAAAGGCCAGCACTGACACCATGGGCCGGCCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCCCTGGAACTCTGCCACTGTCCTTCAGCAAACGTACCATGCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 CTGCCCTGGAACTCTGCCACTGTCCTTCAGCAAACGTACCATGCCCACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCTGATGCTCTTCAGCTGGGCCTGGGGAAACATAATTACTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101499 ATCTGATGCTCTTCAGCTGGGCCTGGGGAAACATAATTACTGCAGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     GAACCCAGACAACCGGAGGCGACCCTGGTGCTATGTGCAGGTGGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 .CAGGAACCCAGACAACCGGAGGCGACCCTGGTGCTATGTGCAGGTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTAAAGCCGCTTGTCCAAGAGTGCATGGTGCATGACTGCGCAGATG    
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101781 CTAAAGCTGCTTGTCCAAGAGTGCATGGTGCATGACTGCGCAGATGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461      GAAAAAAGCCCTCCTCTCCTCCAGAAGAATTAAAATTTCAGTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 ..CAGGAAAAAAGCCCTCCTCTCCTCCAGAAGAATTAAAATTTCAGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCAAAAGACTCTGAGGCCCCGCTTTAAGATTATTGGGGGAGAATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 GCCAAAAGACTCTGAGGCCCCGCTTTAAGATTATTGGGGGAGAATTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCATCGAGAACCAGCCCTGGTTTGCGGCCATCTACAGGAGGCACCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 ACCATCGAGAACCAGCCCTGGTTTGCGGCCATCTACAGGAGGCACCGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCTCTGTCACCTACGTGTGTGGAGGCAGCCTCATCAGCCCTTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 GGGCTCTGTCACCTACGTGTGTGGAGGCAGCCTCATCAGCCCTTGCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGATCAGCGCCACACACTGCTTCAT         TGATTACCCAAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102179 TGATCAGCGCCACACACTGCTTCATGTA...CAGTGATTACCCAAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGGACTACATCGTCTACCTGGGTCGCTCAAGGCTTAACTCCAACACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 GAGGACTACATCGTCTACCTGGGTCGCTCAAGGCTTAACTCCAACACGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGGGAGATGAAGTTTGAGGTGGAAAACCTCATCCTACACAAGGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 AGGGGAGATGAAGTTTGAGGTGGAAAACCTCATCCTACACAAGGACTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCGCTGACACGCTTGCTCACCACAACGACATTG         CCTTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102541 GCGCTGACACGCTTGCTCACCACAACGACATTGGTG...CAGCCTTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGATCCGTTCCAAGGAGGGCAGGTGTGCGCAGCCATCCCGGACTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103229 AAGATCCGTTCCAAGGAGGGCAGGTGTGCGCAGCCATCCCGGACTATACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GACCATCTGCCTGCCCTCGATGTATAACGATCCCCAGTTTGGCACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103279 GACCATCTGCCTGCCCTCGATGTATAACGATCCCCAGTTTGGCACAAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAGATCACTGGCTTTGGAAAAGAGAATTCTA         CCGACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103329 GTGAGATCACTGGCTTTGGAAAAGAGAATTCTAGTA...TAGCCGACTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCTATCCGGAGCAGCTGAAAATGACTGTTGTGAAGCTGATTTCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 CTCTATCCGGAGCAGCTGAAAATGACTGTTGTGAAGCTGATTTCCCACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGTGTCAGCAGCCCCACTACTACGGCTCTGAAGTCACCACCAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103754 GGAGTGTCAGCAGCCCCACTACTACGGCTCTGAAGTCACCACCAAAATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTGTGCTGCTGACCCACAGTGGAAAACAGATTCCTGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103804 TGTGTGCTGCTGACCCACAGTGGAAAACAGATTCCTGCCAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGAGACTCAGGGGGACCCCTCGTCTGTTCCCTCCAAGGCCGCATGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 GGAGACTCAGGGGGACCCCTCGTCTGTTCCCTCCAAGGCCGCATGACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GACTGGAATTGTGAGCTGGGGCCGTGGATGTGCCCTGAAGGACAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 GACTGGAATTGTGAGCTGGGGCCGTGGATGTGCCCTGAAGGACAAGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCGTCTACACGAGAGTCTCACACTTCTTACCCTGGATCCGCAGTCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 GCGTCTACACGAGAGTCTCACACTTCTTACCCTGGATCCGCAGTCACACC

   1350     .    :    .    :
   1270 AAGGAAGAGAATGGCCTGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||
 104984 AAGGAAGAGAATGGCCTGGCCCTC