seq1 = pF1KB6602.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KB6602/gi568815586f_52849174.tfa (gi568815586f:52849174_53052839), 203666 bp

>pF1KB6602 1290
>gi568815586f:52849174_53052839 (Chr12)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-500  (101155-101237)   100% ->
501-657  (101577-101733)   100% ->
658-822  (102308-102472)   100% ->
823-948  (102558-102683)   100% ->
949-1172  (102946-103169)   100% ->
1173-1290  (103549-103666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTCACCACTCGCTCCACCTTCTCCACCAACTACCGGTCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTCACCACTCGCTCCACCTTCTCCACCAACTACCGGTCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGTCCAGGCGCCCAGCTACGGCGCCCGGCCGGTCAGCAGCGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGTCCAGGCGCCCAGCTACGGCGCCCGGCCGGTCAGCAGCGCGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTCTATGCAGGCGCTGGGGGCTCTGGTTCCCGGATCTCCGTGTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTCTATGCAGGCGCTGGGGGCTCTGGTTCCCGGATCTCCGTGTCCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCACCAGCTTCAGGGGCGGCATGGGGTCCGGGGGCCTGGCCACCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCACCAGCTTCAGGGGCGGCATGGGGTCCGGGGGCCTGGCCACCGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCGGGGGTCTGGCAGGAATGGGAGGCATCCAGAACGAGAAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCGGGGGTCTGGCAGGAATGGGAGGCATCCAGAACGAGAAGGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAAAGCCTGAACGACCGCCTGGCCTCTTACCTGGACAGAGTGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAAAGCCTGAACGACCGCCTGGCCTCTTACCTGGACAGAGTGAGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGACCGAGAACCGGAGGCTGGAGAGCAAAATCCGGGAGCACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGACCGAGAACCGGAGGCTGGAGAGCAAAATCCGGGAGCACTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGAAGGGACCCCAGGTCAGAGACTGGAGCCATTACTTCAAGATCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGAAGGGACCCCAGGTCAGAGACTGGAGCCATTACTTCAAGATCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGACCTGAGGGCTCAG         ATCTTCGCAAATACTGTGGACAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGACCTGAGGGCTCAGGTA...CAGATCTTCGCAAATACTGTGGACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCGCATCGTTCTGCAGATTGACAATGCCCGTCTTGCTGCTGATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 GCCCGCATCGTTCTGCAGATTGACAATGCCCGTCTTGCTGCTGATGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGAGTCAA         GTATGAGACAGAGCTGGCCATGCGCCAGTCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 TAGAGTCAAGTA...TAGGTATGAGACAGAGCTGGCCATGCGCCAGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGAGAACGACATCCATGGGCTCCGCAAGGTCATTGATGACACCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 TGGAGAACGACATCCATGGGCTCCGCAAGGTCATTGATGACACCAATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACACGACTGCAGCTGGAGACAGAGATCGAGGCTCTCAAGGAGGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 ACACGACTGCAGCTGGAGACAGAGATCGAGGCTCTCAAGGAGGAGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTCATGAAGAAGAACCACGAAGAG         GAAGTAAAAGGCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101709 CTTCATGAAGAAGAACCACGAAGAGGCA...TAGGAAGTAAAAGGCCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGCCCAGATTGCCAGCTCTGGGTTGACCGTGGAGGTAGATGCCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102324 AAGCCCAGATTGCCAGCTCTGGGTTGACCGTGGAGGTAGATGCCCCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTCAGGACCTCGCCAAGATCATGGCAGACATCCGGGCCCAATATGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102374 TCTCAGGACCTCGCCAAGATCATGGCAGACATCCGGGCCCAATATGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGGCTCGGAAGAACCGAGAGGAGCTAGACAAGTACTGGTCTCAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102424 GCTGGCTCGGAAGAACCGAGAGGAGCTAGACAAGTACTGGTCTCAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ATTGAGGAGAGCACCACAGTGGTCACCACACAGTCTGCTGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102474 TG...CAGATTGAGGAGAGCACCACAGTGGTCACCACACAGTCTGCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTTGGAGCTGCTGAGACGACGCTCACAGAGCTGAGACGTACAGTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102600 GTTGGAGCTGCTGAGACGACGCTCACAGAGCTGAGACGTACAGTCCAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTGGAGATCGACCTGGACTCCATGAGAAATCTG         AAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102650 CTTGGAGATCGACCTGGACTCCATGAGAAATCTGGTG...CAGAAGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTTGGAGAACAGCCTGAGGGAGGTGGAGGCCCGCTACGCCCTACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102953 GCTTGGAGAACAGCCTGAGGGAGGTGGAGGCCCGCTACGCCCTACAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGCAGCTCAACGGGATCCTGCTGCACCTTGAGTCAGAGCTGGCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103003 GAGCAGCTCAACGGGATCCTGCTGCACCTTGAGTCAGAGCTGGCACAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCGGGCAGAGGGACAGCGCCAGGCCCAGGAGTATGAGGCCCTGCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 CCGGGCAGAGGGACAGCGCCAGGCCCAGGAGTATGAGGCCCTGCTGAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCAAGGTCAAGCTGGAGGCTGAGATCGCCACCTACCGCCGCCTGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103103 TCAAGGTCAAGCTGGAGGCTGAGATCGCCACCTACCGCCGCCTGCTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GATGGCGAGGACTTTAA         TCTTGGTGATGCCTTGGACAGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103153 GATGGCGAGGACTTTAAGTG...CAGTCTTGGTGATGCCTTGGACAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAACTCCATGCAAACCATCCAAAAGACCACCACCCGCCGGATAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103573 CAACTCCATGCAAACCATCCAAAAGACCACCACCCGCCGGATAGTGGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCAAAGTGGTGTCTGAGACCAATGACACCAAAGTTCTGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 GCAAAGTGGTGTCTGAGACCAATGACACCAAAGTTCTGAGGCAT