seq1 = pF1KB6596.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KB6596/gi568815596r_74949435.tfa (gi568815596r:74949435_75298934), 349500 bp

>pF1KB6596 1221
>gi568815596r:74949435_75298934 (Chr2)

(complement)

1-389  (100001-100389)   100% ->
390-584  (178167-178361)   100% ->
585-735  (245180-245330)   100% ->
736-932  (247488-247684)   100% ->
933-1221  (249212-249500)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAACGTCCTCCCGGTGGACTCAGACCTCTCCCCAAACATCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAACGTCCTCCCGGTGGACTCAGACCTCTCCCCAAACATCTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACACCTCGGAACCCAATCAGTTCGTGCAACCAGCCTGGCAAATTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAACACCTCGGAACCCAATCAGTTCGTGCAACCAGCCTGGCAAATTGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTGGGCAGCTGCCTACACGGTCATTGTGGTGACCTCTGTGGTGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTGGGCAGCTGCCTACACGGTCATTGTGGTGACCTCTGTGGTGGGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGTAGTGATGTGGATCATCTTAGCCCACAAAAGAATGAGGACAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTAGTGATGTGGATCATCTTAGCCCACAAAAGAATGAGGACAGTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACTATTTTCTGGTGAACCTGGCCTTCGCGGAGGCCTCCATGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACTATTTTCTGGTGAACCTGGCCTTCGCGGAGGCCTCCATGGCTGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATACAGTGGTGAACTTCACCTATGCTGTCCACAACGAATGGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATACAGTGGTGAACTTCACCTATGCTGTCCACAACGAATGGTACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCTGTTCTACTGCAAGTTCCACAACTTCTTTCCCATCGCCGCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCTGTTCTACTGCAAGTTCCACAACTTCTTTCCCATCGCCGCTGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCAGTATCTACTCCATGACGGCTGTGGCCTTTGATAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100351 CGCCAGTATCTACTCCATGACGGCTGTGGCCTTTGATAGGTG...CAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACATGGCCATCATACATCCCCTCCAGCCCCGGCTGTCAGCCACAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178169 ACATGGCCATCATACATCCCCTCCAGCCCCGGCTGTCAGCCACAGCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAGTGGTCATCTGTGTCATCTGGGTCCTGGCTCTCCTGCTGGCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178219 AAAGTGGTCATCTGTGTCATCTGGGTCCTGGCTCTCCTGCTGGCCTTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGGGCTACTACTCAACCACAGAGACCATGCCCAGCAGAGTCGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178269 CCAGGGCTACTACTCAACCACAGAGACCATGCCCAGCAGAGTCGTGTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGATCGAATGGCCAGAGCATCCGAACAAGATTTATGAGAAAGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 178319 TGATCGAATGGCCAGAGCATCCGAACAAGATTTATGAGAAAGTGTG...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585   GTACCACATCTGTGTGACTGTGCTGATCTACTTCCTCCCCCTGCTGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245178 AGGTACCACATCTGTGTGACTGTGCTGATCTACTTCCTCCCCCTGCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATTGGCTATGCATACACCGTAGTGGGAATCACACTATGGGCCAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245228 GATTGGCTATGCATACACCGTAGTGGGAATCACACTATGGGCCAGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCCCGGGGACTCCTCTGACCGCTACCACGAGCAAGTCTCTGCCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245278 TCCCCGGGGACTCCTCTGACCGCTACCACGAGCAAGTCTCTGCCAAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAG         GTGGTCAAAATGATGATTGTCGTGGTGTGCACCTTCGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245328 AAGGTG...CAGGTGGTCAAAATGATGATTGTCGTGGTGTGCACCTTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATCTGCTGGCTGCCCTTCCACATCTTCTTCCTCCTGCCCTACATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247526 CATCTGCTGGCTGCCCTTCCACATCTTCTTCCTCCTGCCCTACATCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGATCTCTACCTGAAGAAGTTTATCCAGCAGGTCTACCTGGCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247576 CAGATCTCTACCTGAAGAAGTTTATCCAGCAGGTCTACCTGGCCATCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGGCTGGCCATGAGCTCCACCATGTACAACCCCATCATCTACTGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247626 TGGCTGGCCATGAGCTCCACCATGTACAACCCCATCATCTACTGCTGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAATGACAG         GTTCCGTCTGGGCTTCAAGCATGCCTTCCGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 247676 CAATGACAGGTG...CAGGTTCCGTCTGGGCTTCAAGCATGCCTTCCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTGCCCCTTCATCAGCGCCGGCGACTATGAGGGGCTGGAAATGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249244 GCTGCCCCTTCATCAGCGCCGGCGACTATGAGGGGCTGGAAATGAAATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACCCGGTATCTCCAGACCCAGGGCAGTGTGTACAAAGTCAGCCGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249294 ACCCGGTATCTCCAGACCCAGGGCAGTGTGTACAAAGTCAGCCGCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GACCACCATCTCCACAGTGGTGGGGGCCCACGAGGAGGAGCCAGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249344 GACCACCATCTCCACAGTGGTGGGGGCCCACGAGGAGGAGCCAGAGGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCCCCAAGGCCACACCCTCGTCCCTAGACCTGACCTCCAACTGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 249394 GCCCCAAGGCCACACCCTCGTCCCTGGACCTGACCTCCAACTGCTCTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CGAAGTGACTCCAAGACCATGACAGAGAGCTTCAGCTTCTCCTCCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249444 CGAAGTGACTCCAAGACCATGACAGAGAGCTTCAGCTTCTCCTCCAATGT

   1250     .
   1215 GCTCTCC
        |||||||
 249494 GCTCTCC