seq1 = pF1KB6592.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KB6592/gi568815594f_82935225.tfa (gi568815594f:82935225_83175427), 240203 bp

>pF1KB6592 1218
>gi568815594f:82935225_83175427 (Chr4)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-154  (110402-110481)   100% ->
155-306  (113942-114093)   100% ->
307-410  (114657-114760)   100% ->
411-564  (121702-121855)   100% ->
565-715  (122034-122184)   100% ->
716-886  (127852-128022)   100% ->
887-1002  (131214-131329)   100% ->
1003-1087  (133214-133298)   100% ->
1088-1218  (140073-140203)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCCGTGCGACAGGATTTGGCCCAGCTCATGAATTCGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGCCGTGCGACAGGATTTGGCCCAGCTCATGAATTCGAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCATAAAGATCTGGCTGGCAA         GTATCGTCAGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 CTCTCATAAAGATCTGGCTGGCAAGTG...TAGGTATCGTCAGATCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAAGCCATTCAGTTATCTGGAGCAGAACAACTAGAAGCTTTGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110419 AAAAAGCCATTCAGTTATCTGGAGCAGAACAACTAGAAGCTTTGAAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTGGAAGCAA         TGGTAAATGAGAATGTCAGTCTCGTGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110469 TTTGTGGAAGCAAGTA...AAGTGGTAAATGAGAATGTCAGTCTCGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCGCGGCAGTTGCTGACTGATTTTTGCACACATCTTCCTAACTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113970 CTCGCGGCAGTTGCTGACTGATTTTTGCACACATCTTCCTAACTTGCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAGCACAGCCAAAGAAATCTATCACTTCACCTTGGAAAAGATCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114020 ATAGCACAGCCAAAGAAATCTATCACTTCACCTTGGAAAAGATCCAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAGTCATTTCATTTGAGGAGCAG         GTTGCTTCCATAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114070 AGAGTCATTTCATTTGAGGAGCAGGTA...CAGGTTGCTTCCATAAGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCATCTTGCATCTATATATGAGAAAGAAGAAGATTGGAGAAATGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114674 GCATCTTGCATCTATATATGAGAAAGAAGAAGATTGGAGAAATGCAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTGTTGGTGGGAATTCCTTTGGAAACAGGACAAAA         ACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114724 AAGTGTTGGTGGGAATTCCTTTGGAAACAGGACAAAAGTA...TAGACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACAATGTAGATTATAAACTGGAGACTTACTTGAAGATTGCTAGGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121706 TACAATGTAGATTATAAACTGGAGACTTACTTGAAGATTGCTAGGCTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTGGAGGATGATGATCCAGTCCAGGCAGAGGCTTACATAAATCGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121756 TCTGGAGGATGATGATCCAGTCCAGGCAGAGGCTTACATAAATCGAGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGTTGCTTCAGAATGAATCAACCAATGAACAATTACAGATACATTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121806 CGTTGCTTCAGAATGAATCAACCAATGAACAATTACAGATACATTATAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565          GTATGCTATGCACGTGTTCTTGATTATAGAAGAAAATTCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121856 GTA...TAGGTATGCTATGCACGTGTTCTTGATTATAGAAGAAAATTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAGCTGCACAAAGGTACAATGAGCTCTCTTACAAGACAATAGTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122075 TGAAGCTGCACAAAGGTACAATGAGCTCTCTTACAAGACAATAGTCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAGTGAAAGACTAGAGGCCTTAAAACATGCTTTGCACTGTACGATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122125 AAAGTGAAAGACTAGAGGCCTTAAAACATGCTTTGCACTGTACGATCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCATCAGCAG         GGCAGCAGCGTTCTCGGATGCTAGCTACTCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122175 GCATCAGCAGGTA...TAGGGCAGCAGCGTTCTCGGATGCTAGCTACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTAAGGATGAAAGGTGCCAGCAACTTGCTGCCTATGGGATCCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127883 TTTTAAGGATGAAAGGTGCCAGCAACTTGCTGCCTATGGGATCCTAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAATGTATCTAGATAGGATCATCAGAGGAAATCAACTTCAAGAATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127933 AAATGTATCTAGATAGGATCATCAGAGGAAATCAACTTCAAGAATTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCATGCTGATGCCTCACCAAAAAGCAACTACAGCTGATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127983 GCCATGCTGATGCCTCACCAAAAAGCAACTACAGCTGATGGTA...AAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCCAGCATCTTGGACAGAGCTGTTATTGAACACAATTTGTTGTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131215 TTCCAGCATCTTGGACAGAGCTGTTATTGAACACAATTTGTTGTCTGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAAATTATATAATAATATTACCTTCGAAGAACTTGGAGCTCTTTTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131265 GCAAATTATATAATAATATTACCTTCGAAGAACTTGGAGCTCTTTTAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCCCTGCAGCTAAG         GCGGAAAAGATAGCATCTCAAATGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131315 ATCCCTGCAGCTAAGGTA...TAGGCGGAAAAGATAGCATCTCAAATGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACCGAAGGACGTATGAATGGATTTATTGACCAGATTGATGGAATAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133240 AACCGAAGGACGTATGAATGGATTTATTGACCAGATTGATGGAATAGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATTTTGAAA         CACGAGAAGCCCTGCCAACGTGGGATAAGCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133290 ATTTTGAAAGTA...TAGCACGAGAAGCCCTGCCAACGTGGGATAAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCCAATCACTTTGTTTCCAAGTGAATAACCTTTTGGAGAAAATTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140105 ATCCAATCACTTTGTTTCCAAGTGAATAACCTTTTGGAGAAAATTAGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1170 AACAGCACCAGAATGGACAGCACAAGCCATGGAAGCCCAGATGGCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140155 AACAGCACCAGAATGGACAGCACAAGCCATGGAAGCCCAGATGGCTCAG