seq1 = pF1KB6588.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KB6588/gi568815581f_63728135.tfa (gi568815581f:63728135_63931966), 203832 bp

>pF1KB6588 1218
>gi568815581f:63728135_63931966 (Chr17)

1-24  (99357-99380)   100% ->
25-96  (100004-100075)   100% ->
97-166  (101360-101429)   100% ->
167-264  (101718-101815)   100% ->
265-321  (101999-102055)   100% ->
322-552  (102137-102367)   100% ->
553-679  (102675-102801)   100% ->
680-870  (102902-103092)   100% ->
871-969  (103193-103291)   100% ->
970-1080  (103372-103482)   100% ->
1081-1167  (103590-103676)   100% ->
1168-1218  (103782-103832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTTGACGGACCAGAGCAG         ATGGAGCTGGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  99357 ATGGCGCTTGACGGACCAGAGCAGGTA...CAGATGGAGCTGGAGGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGGCAGGCAGCGGACTCCGCCAATATTATCTGTCCAAGATTGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 GAAGGCAGGCAGCGGACTCCGCCAATATTATCTGTCCAAGATTGAAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAG         CTGATTGTGAATGATAAGAGCCAAAACCTCCGGAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 TCCAGGTG...CAGCTGATTGTGAATGATAAGAGCCAAAACCTCCGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGCAGGCACAGAGGAACGAACTAAATGCTAAAG         TTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101396 CTGCAGGCACAGAGGAACGAACTAAATGCTAAAGGTG...TAGTTCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ATTGCGGGAGGAGCTACAGCTGCTGCAGGAGCAGGGCTCCTATGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 ATTGCGGGAGGAGCTACAGCTGCTGCAGGAGCAGGGCTCCTATGTGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGTAGTCCGGGCCATGGATAAGAAGAAAGTGTTGGTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101775 AAGTAGTCCGGGCCATGGATAAGAAGAAAGTGTTGGTCAAGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTACATCCTGAAGGTAAATTTGTTGTAGACGTGGACAAAAACATTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 GTACATCCTGAAGGTAAATTTGTTGTAGACGTGGACAAAAACATTGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAATGAT         GTGACACCCAATTGCCGGGTGGCTCTAAGGAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102049 CAATGATGTG...CAGGTGACACCCAATTGCCGGGTGGCTCTAAGGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ACAGCTACACTCTGCACAAGATCCTGCCCAACAAGGTAGACCCATTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 ACAGCTACACTCTGCACAAGATCCTGCCCAACAAGGTAGACCCATTAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCACTGATGATGGTGGAGAAAGTACCAGATTCAACTTATGAGATGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 TCACTGATGATGGTGGAGAAAGTACCAGATTCAACTTATGAGATGATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGACTGGACAAACAGATCAAGGAGATCAAAGAAGTGATCGAGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 TGGACTGGACAAACAGATCAAGGAGATCAAAGAAGTGATCGAGCTGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTAAGCATCCTGAGCTCTTCGAAGCACTGGGCATTGCTCAGCCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102321 TTAAGCATCCTGAGCTCTTCGAAGCACTGGGCATTGCTCAGCCCAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       GGAGTGCTGCTGTATGGACCTCCAGGCACTGGGAAGACACTGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102371 ...TAGGGAGTGCTGCTGTATGGACCTCCAGGCACTGGGAAGACACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCCCGGGCTGTGGCTCATCATACGGACTGTACCTTTATTCGTGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102719 GGCCCGGGCTGTGGCTCATCATACGGACTGTACCTTTATTCGTGTCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTCTGAACTGGTACAGAAATTCATAGGGGAAG         GGGCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102769 GCTCTGAACTGGTACAGAAATTCATAGGGGAAGGTA...CAGGGGCAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGGTGAGGGAGCTGTTTGTCATGGCACGGGAACATGCTCCATCTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102910 ATGGTGAGGGAGCTGTTTGTCATGGCACGGGAACATGCTCCATCTATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTTCATGGACGAAATCGACTCCATCGGCTCCTCGCGGCTGGAGGGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102960 CTTCATGGACGAAATCGACTCCATCGGCTCCTCGCGGCTGGAGGGGGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGGAGGGGACAGTGAAGTGCAGCGCACGATGCTGGAGTTGCTCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103010 CTGGAGGGGACAGTGAAGTGCAGCGCACGATGCTGGAGTTGCTCAACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCGACGGCTTTGAGGCCACCAAGAACATCAAG         GTTATCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103060 CTCGACGGCTTTGAGGCCACCAAGAACATCAAGGTA...CAGGTTATCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCTACTAATAGGATTGATATCCTGGACTCGGCACTGCTTCGCCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103201 GGCTACTAATAGGATTGATATCCTGGACTCGGCACTGCTTCGCCCAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCATTGACAGAAAAATTGAATTCCCACCCCCCAATGAGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103251 GCATTGACAGAAAAATTGAATTCCCACCCCCCAATGAGGAGGTT...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCCGGCTGGACATTTTGAAGATTCATTCTCGGAAGATGAACCTGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 GCCCGGCTGGACATTTTGAAGATTCATTCTCGGAAGATGAACCTGACCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGGGATCAACCTGAGAAAAATTGCTGAGCTCATGCCAGGAGCATCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 GGGGATCAACCTGAGAAAAATTGCTGAGCTCATGCCAGGAGCATCAGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGAAGTGAAG         GGCGTGTGCACAGAAGCTGGCATGTATGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 CTGAAGTGAAGGTA...CAGGGCGTGTGCACAGAAGCTGGCATGTATGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGCGAGAACGGCGAGTCCATGTCACTCAGGAGGACTTTGAGATGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103620 CTGCGAGAACGGCGAGTCCATGTCACTCAGGAGGACTTTGAGATGGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGCCAAG         GTCATGCAGAAGGACAGTGAGAAAAACATGTCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103670 AGCCAAGGTA...TAGGTCATGCAGAAGGACAGTGAGAAAAACATGTCCA

   1300     .    :    .
   1202 TCAAGAAATTATGGAAG
        |||||||||||||||||
 103816 TCAAGAAATTATGGAAG