seq1 = pF1KB6586.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KB6586/gi568815584f_94487363.tfa (gi568815584f:94487363_94692236), 204874 bp

>pF1KB6586 1218
>gi568815584f:94487363_94692236 (Chr14)

1-619  (100001-100619)   100% ->
620-890  (102679-102949)   100% ->
891-1038  (103387-103534)   100% ->
1039-1218  (104695-104874)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCTCTTCCTCCTCTTGTGCCTGGTGCTTCTCAGCCCTCAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCTCTTCCTCCTCTTGTGCCTGGTGCTTCTCAGCCCTCAGGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCTTCACCGCCACCACCCCCGGGAGATGAAGAAGAGAGTCGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCTTCACCGCCACCACCCCCGGGAGATGAAGAAGAGAGTCGAGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCATGTAGGTGCCACGGTGGCCCCCAGCAGCAGAAGGGACTTTACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCATGTAGGTGCCACGGTGGCCCCCAGCAGCAGAAGGGACTTTACCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTCTACAGGGCCTTGGCTTCCGCTGCCCCCAGCCAGAGCATCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTCTACAGGGCCTTGGCTTCCGCTGCCCCCAGCCAGAGCATCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCCCTGTGAGCATCTCCATGAGCCTGGCCATGCTCTCCCTGGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCCCTGTGAGCATCTCCATGAGCCTGGCCATGCTCTCCCTGGGGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGTCCAGCACAAAGATGCAGATCCTGGAGGGCCTGGGCCTCAACCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTCCAGCACAAAGATGCAGATCCTGGAGGGCCTGGGCCTCAACCTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAAGCTCAGAGAAGGAGCTGCACAGAGGCTTTCAGCAGCTCCTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAAGCTCAGAGAAGGAGCTGCACAGAGGCTTTCAGCAGCTCCTTCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTCAACCAGCCCAGAGATGGCTTCCAGCTGAGCCTCGGCAATGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTCAACCAGCCCAGAGATGGCTTCCAGCTGAGCCTCGGCAATGCCCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACCGACCTGGTGGTAGACCTGCAGGACACCTTCGTAAGTGCCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCACCGACCTGGTGGTAGACCTGCAGGACACCTTCGTAAGTGCCATGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGCTGTACCTGGCAGACACTTTCCCTACCAACTTTAGGGACTCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGCTGTACCTGGCAGACACTTTCCCTACCAACTTTAGGGACTCTGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCATGAAGCAGATCAATGATTATGTGGCAAAGCAAACGAAGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCCATGAAGCAGATCAATGATTATGTGGCAAAGCAAACGAAGGGCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGTGGACTTGCTTAAGAACCTCGATAGCAATGCGGTCGTGATCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGTGGACTTGCTTAAGAACCTCGATAGCAATGCGGTCGTGATCATGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATTACATCTTCTTTAAAG         CTAAGTGGGAGACAAGCTTCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100601 AATTACATCTTCTTTAAAGGTA...TAGCTAAGTGGGAGACAAGCTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACAAAGGCACCCAAGAGCAAGACTTCTACGTGACCTCGGAGACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CCACAAAGGCACCCAAGAGCAAGACTTCTACGTGACCTCGGAGACTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCGGGTACCCATGATGAGCCGCGAGGATCAGTATCACTACCTCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 TGCGGGTACCCATGATGAGCCGCGAGGATCAGTATCACTACCTCCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGAACCTCTCCTGCAGGGTGGTGGGGGTCCCCTACCAAGGCAATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 CGGAACCTCTCCTGCAGGGTGGTGGGGGTCCCCTACCAAGGCAATGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCTTTGTTCATTCTCCCCAGTGAGGGAAAGATGCAGCAGGTGGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102851 GGCTTTGTTCATTCTCCCCAGTGAGGGAAAGATGCAGCAGGTGGAGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GACTGAGTGAGAAAACGCTGAGGAAGTGGCTTAAGATGTTCAAAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102901 GACTGAGTGAGAAAACGCTGAGGAAGTGGCTTAAGATGTTCAAAAAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891         GCAGCTCGAGCTTTACCTTCCCAAATTCTCCATTGAGGGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102951 TA...CAGGCAGCTCGAGCTTTACCTTCCCAAATTCTCCATTGAGGGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTATCAGCTGGAGAAAGTCCTCCCCAGTCTGGGGATCAGTAACGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103429 CTATCAGCTGGAGAAAGTCCTCCCCAGTCTGGGGATCAGTAACGTCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTCCCATGCTGATCTGTCCGGCATCAGCAACCACTCAAATATCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103479 CCTCCCATGCTGATCTGTCCGGCATCAGCAACCACTCAAATATCCAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCTGAG         ATGGTGCACAAAGCTGTGGTGGAGGTGGACGAGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103529 TCTGAGGTG...CAGATGGTGCACAAAGCTGTGGTGGAGGTGGACGAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGGAACCAGAGCAGCGGCAGCCACGGGGACAATATTCACTTTCAGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104730 GGGAACCAGAGCAGCGGCAGCCACGGGGACAATATTCACTTTCAGGTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCCGCCTGAACTCTCAGAGGCTAGTGTTCAACAGGCCCTTTCTGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104780 CCCGCCTGAACTCTCAGAGGCTAGTGTTCAACAGGCCCTTTCTGATGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1174 ATTGTGGATAACAACATCCTCTTCCTTGGCAAAGTGAACCGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104830 ATTGTGGATAACAACATCCTCTTCCTTGGCAAAGTGAACCGCCCC