seq1 = pF1KB6583.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KB6583/gi568815597f_10395271.tfa (gi568815597f:10395271_10729984), 334714 bp

>pF1KB6583 1131
>gi568815597f:10395271_10729984 (Chr1)

84-169  (140942-141027)   100% ->
170-298  (203968-204096)   100% ->
299-384  (223062-223147)   100% ->
385-487  (227749-227851)   100% ->
488-585  (229070-229167)   100% ->
586-677  (232002-232093)   100% ->
678-1131  (234261-234714)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     84 GATTGCCACGGCAGTGAAGTTTCTACAGAATTCCCGGGTCCGCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140942 GATTGCCACGGCAGTGAAGTTTCTACAGAATTCCCGGGTCCGCCAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134 CACTTGCAACCAGGAGAGCATTCCTAAAGAAGAAAG         GGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 140992 CACTTGCAACCAGGAGAGCATTCCTAAAGAAGAAAGGTA...CAGGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175 ACAGATGAAGAGATTGATATGGCCTTCCAGCAGTCGGGCACTGCTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203973 ACAGATGAAGAGATTGATATGGCCTTCCAGCAGTCGGGCACTGCTGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225 TGAGCCTTCGTCCTTGGGCCCAGCCACACAGGTGGTTCCTGTCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204023 TGAGCCTTCGTCCTTGGGCCCAGCCACACAGGTGGTTCCTGTCCAGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275 CTCACCTCATATCTCAGCCATACA         GTCCCGCAGGCTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 204073 CTCACCTCATATCTCAGCCATACAGTA...TAGGTCCCGCAGGCTCCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316 TGGCGAGATTACGGCGCCCTGGCCATCATCATGGCAGGCATTGCATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223079 TGGCGAGATTACGGCGCCCTGGCCATCATCATGGCAGGCATTGCATTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    366 CTTTCACCAGCTCTACAAG         AAATACCTGCTCCCCCTCATCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 223129 CTTTCACCAGCTCTACAAGGTG...CAGAAATACCTGCTCCCCCTCATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407 TGGGCGGCCGAGAGGACAGAAAGCAGCTGGAGAGGATGGAGGCCGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227771 TGGGCGGCCGAGAGGACAGAAAGCAGCTGGAGAGGATGGAGGCCGGTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457 TCTGAGCTGAGTGGCAGCGTGGCCCAGACAG         TGACTCAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 227821 TCTGAGCTGAGTGGCAGCGTGGCCCAGACAGGTA...CAGTGACTCAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 ACAGACGACCCTCGCCTCCGTCCAGGAGCTGCTGATTCAGCAGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229080 ACAGACGACCCTCGCCTCCGTCCAGGAGCTGCTGATTCAGCAGCAGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548 AGATCCAGGAGCTTGCCCACGAGCTGGCCGCTGCCAAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 229130 AGATCCAGGAGCTTGCCCACGAGCTGGCCGCTGCCAAGGTA...CAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 ACCACATCCACCAACTGGATCCTGGAGTCCCAGAATATCAACGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232005 ACCACATCCACCAACTGGATCCTGGAGTCCCAGAATATCAACGAACTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 GTCCGAAATTAACTCCTTGAAAGGGCTTCTTTTAAATCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 232055 GTCCGAAATTAACTCCTTGAAAGGGCTTCTTTTAAATCGGTA...TAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 GGCAGTTCCCTCCATCCCCATCAGCCCCGAAGATCCCCTCCTGGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234263 GGCAGTTCCCTCCATCCCCATCAGCCCCGAAGATCCCCTCCTGGCAGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 CCAGTCAAGTCACCGTCACCCTCCAGCCCTGCGGCCGTGAACCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234313 CCAGTCAAGTCACCGTCACCCTCCAGCCCTGCGGCCGTGAACCACCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 CAGCAGCGACATCTCACCTGTCAGCAACGAGTCCACGTCGTCCTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234363 CAGCAGCGACATCTCACCTGTCAGCAACGAGTCCACGTCGTCCTCGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 GGAAGGAGGGCCACAGCCCCGAGGGCTCCACGGTCACCTACCACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234413 GGAAGGAGGGCCACAGCCCCGAGGGCTCCACGGTCACCTACCACTTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 GGCCCCCAGGAGGAAGGCGAGGGGGTGGTGGACGTCAAGGGCCAGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234463 GGCCCCCAGGAGGAAGGCGAGGGGGTGGTGGACGTCAAGGGCCAGGTGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 GATGGAGGTGCAAGGCGAGGAGGAGAAGAGGGAGGACAAGGAGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234513 GATGGAGGTGCAAGGCGAGGAGGAGAAGAGGGAGGACAAGGAGGACGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980 AGGATGAGGAGGATGATGATGTGAGCCATGTGGACGAGGAGGACTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 234563 AGGATGAGGAGGATGATGATGTGAGCCATGTGGACGAGGAGGACTGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030 GGTGTGCAGAGGGAGGACCGCCGGGGCGGGGATGGGCAGATCAACGAGCA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234613 GGGGTGCAGAGGGAGGACCGCCGGGGCGGGGATGGGCAGATCAACGAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080 GGTGGAGAAGCTGCGGCGGCCCGAGGGCGCCAGCAACGAGAGTGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234663 GGTGGAGAAGCTGCGGCGGCCCGAGGGCGCCAGCAACGAGAGTGAGCGGG

   1100 
   1130 AC
        ||
 234713 AC