seq1 = pF1KB6582.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KB6582/gi568815595r_48651588.tfa (gi568815595r:48651588_48947596), 296009 bp

>pF1KB6582 1212
>gi568815595r:48651588_48947596 (Chr3)

(complement)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-298  (139913-139948)   100% ->
299-351  (153548-153600)   100% ->
352-435  (156970-157053)   100% ->
436-542  (164505-164611)   100% ->
543-696  (174489-174642)   100% ->
697-798  (182248-182349)   100% ->
799-873  (182519-182593)   100% ->
874-939  (191153-191218)   100% ->
940-1081  (195280-195421)   100% ->
1082-1212  (195879-196009)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCACATCCAGATCCCGCCGGGGCTCACGGAGCTGCTGCAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCACATCCAGATCCCGCCGGGGCTCACGGAGCTGCTGCAGGGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGTGGAGGTGCTGCGACAGCAGCCGCCTGACCTCGTCGAATTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGTGGAGGTGCTGCGACAGCAGCCGCCTGACCTCGTCGAATTCGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGTACTTCACCCGCCTGCGCGAGGCCCGCGCCCCAGCCTCAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGTACTTCACCCGCCTGCGCGAGGCCCGCGCCCCAGCCTCAGTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGCCGCCACCCCACGCCAGAGCCTGGGCCACCCCCCGCCAGAACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCGCCGCCACCCCACGCCAGAGCCTGGGCCACCCCCCGCCAGAACCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGGACCGTGTCGCCGACGCCAAAGGGGACAGCGAGTCGGAGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGGACCGTGTCGCCGACGCCAAAGGGGACAGCGAGTCGGAGGAGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGACTTGGAAG         TTCCAGTTCCTAGCAGATTTAATAGACGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGACTTGGAAGGTA...CAGTTCCAGTTCCTAGCAGATTTAATAGACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTATCAG         TCTGTGCTGAGACCTATAACCCTGATGAGGAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139942 GTATCAGGTA...TAGTCTGTGCTGAGACCTATAACCCTGATGAGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGATACAGATCCAAGG         GTGATTCATCCTAAAACTGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 153582 GGAAGATACAGATCCAAGGGTA...CAGGTGATTCATCCTAAAACTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACAGAGATGCAGACTTCAGGAAGCTTGCAAAGATATTCTCCTTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156992 AACAGAGATGCAGACTTCAGGAAGCTTGCAAAGATATTCTCCTTTTCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCTTGATCAG         GAACAGCTTTCTCAAGTTCTCGATGCCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157042 AATCTTGATCAGGTA...CAGGAACAGCTTTCTCAAGTTCTCGATGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTTGAAAGGATAGTCAAAGCTGATGAGCATGTCATTGACCAAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164534 GTTTGAAAGGATAGTCAAAGCTGATGAGCATGTCATTGACCAAGGAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGAGACAACTTTTATGTCATAGAACG         GGGAACTTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 164584 ATGGAGACAACTTTTATGTCATAGAACGGTA...TAGGGGAACTTATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTTTAGTAACAAAAGATAATCAAACCCGCTCTGTTGGTCAATATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174502 ATTTTAGTAACAAAAGATAATCAAACCCGCTCTGTTGGTCAATATGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCGTGGCAGTTTTGGAGAACTAGCTCTGATGTACAACACCCCGAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174552 CCGTGGCAGTTTTGGAGAACTAGCTCTGATGTACAACACCCCGAGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTACCATTGTTGCTACCTCAGAAGGCTCCCTTTGGGGACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174602 CTACCATTGTTGCTACCTCAGAAGGCTCCCTTTGGGGACTGGTG...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACCGGGTGACTTTTAGAAGAATCATAGTGAAAAATAATGCAAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182248 GACCGGGTGACTTTTAGAAGAATCATAGTGAAAAATAATGCAAAGAAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGATGTTTGAATCATTTATTGAGTCTGTGCCCCTCCTTAAATCACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182298 GAAGATGTTTGAATCATTTATTGAGTCTGTGCCCCTCCTTAAATCACTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AG         GTGTCAGAACGAATGAAGATTGTGGATGTAATAGGAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182348 AGGTA...CAGGTGTCAGAACGAATGAAGATTGTGGATGTAATAGGAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGATCTATAAGGATGGAGAACGCATAATCACTCAG         GGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 182558 AAGATCTATAAGGATGGAGAACGCATAATCACTCAGGTG...CAGGGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAGGCTGATAGCTTTTACATCATAGAGTCTGGCGAAGTGAGCATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191158 AAAGGCTGATAGCTTTTACATCATAGAGTCTGGCGAAGTGAGCATCTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTAGAAGCAGG         ACTAAATCAAACAAGGATGGTGGGAACCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 191208 TTAGAAGCAGGGTG...TAGACTAAATCAAACAAGGATGGTGGGAACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGGTCGAGATTGCCCGCTGCCATAAGGGGCAGTACTTTGGAGAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195310 GAGGTCGAGATTGCCCGCTGCCATAAGGGGCAGTACTTTGGAGAGCTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGGTCACCAACAAACCCAGAGCTGCCTCAGCTTATGCAGTTGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195360 CCTGGTCACCAACAAACCCAGAGCTGCCTCAGCTTATGCAGTTGGAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAAATGCTTAG         TTATGGATGTACAAGCATTCGAGAGGCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 195410 TCAAATGCTTAGGTA...CAGTTATGGATGTACAAGCATTCGAGAGGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGGGGCCCTGCATGGACATCATGAAGAGGAACATCTCACACTATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195908 CTGGGGCCCTGCATGGACATCATGAAGAGGAACATCTCACACTATGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACAGCTGGTGAAGATGTTTGGCTCCAGCGTGGATCTGGGCAACCTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195958 ACAGCTGGTGAAGATGTTTGGCTCCAGCGTGGATCTGGGCAACCTCGGGC

   1300 
   1211 AG
        ||
 196008 AG