seq1 = pF1KB6578.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KB6578/gi568815589f_113249639.tfa (gi568815589f:113249639_113470139), 220501 bp

>pF1KB6578 1206
>gi568815589f:113249639_113470139 (Chr9)

1-201  (99942-100142)   100% ->
202-300  (104602-104700)   100% ->
301-531  (110869-111099)   100% ->
532-557  (112731-112756)   100% ->
558-682  (118621-118745)   100% ->
683-1206  (119978-120501)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGCCGAGGGCGCGGAGCCGGGGCCGGGGTCCGGGTCCGGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99942 ATGTCCGCCGAGGGCGCGGAGCCGGGGCCGGGGTCCGGGTCCGGGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGGGCCACTCTGCCCCGAACACGGCCAGGCTCTGAGCTGGTTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99992 GCCGGGGCCACTCTGCCCCGAACACGGCCAGGCTCTGAGCTGGTTCTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCGAGCGACGGCCCGTGTGCGCCGCCTGCGCGGGGTTGGGCGGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 GCTCCGAGCGACGGCCCGTGTGCGCCGCCTGCGCGGGGTTGGGCGGTCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCGGGGGCACCGCATCCGCCGGGCGGAGGAGCGCGCCGAGGAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100092 TGCCGGGGGCACCGCATCCGCCGGGCGGAGGAGCGCGCCGAGGAGCTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         AACAAGATTGTGGACCAGTGTGAGAGGCTGCAGTTACAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100142 GGTG...CAGAACAAGATTGTGGACCAGTGTGAGAGGCTGCAGTTACAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCTGCCATCACCAAGTATGTGGCGGACGTCCTGCCGGGGAAGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104642 GTGCTGCCATCACCAAGTATGTGGCGGACGTCCTGCCGGGGAAGAATCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAGCAGTG         AGCATGGCCAGTGCAGCGAGGGAACTGGTTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104692 AGAGCAGTGGTA...TAGAGCATGGCCAGTGCAGCGAGGGAACTGGTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGCGGTTGAGTCTGGTGAGGAGTCTTTGCGAGAGCGAGGAGCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110901 CCAGCGGTTGAGTCTGGTGAGGAGTCTTTGCGAGAGCGAGGAGCAGCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACTGGAACAGGTGCATGGCGAAGAGGAGCGGGCCCACCAGAGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110951 TACTGGAACAGGTGCATGGCGAAGAGGAGCGGGCCCACCAGAGCATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACACAGCGGGTGCACTGGGCCGAGGCGCTGCAGAAACTTGACACCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111001 ACACAGCGGGTGCACTGGGCCGAGGCGCTGCAGAAACTTGACACCATCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACTGGCCTGGTGGGCATGCTTACTCACCTGGATGACCTCCAGCTGATT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111051 CACTGGCCTGGTGGGCATGCTTACTCACCTGGATGACCTCCAGCTGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         CAGAAGGAGCAAGAGATTTTCGAGAG         GACCGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111101 TA...CAGCAGAAGGAGCAAGAGATTTTCGAGAGGTG...AAGGACCGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGCAGAGGGCATTTTGGATCCCCAGGAGTCGGAAATGTTAAACTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118628 GAAGCAGAGGGCATTTTGGATCCCCAGGAGTCGGAAATGTTAAACTTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGAAGTGCACTCGGAGCCCACTACTGACCCAACTCTGGGCAACGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118678 TGAGAAGTGCACTCGGAGCCCACTACTGACCCAACTCTGGGCAACGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCTTGGGTCTCTCTCAG         GCACAGAGGACATACGGATCGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118728 TTCTTGGGTCTCTCTCAGGTT...CAGGCACAGAGGACATACGGATCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGAGGACAGTCAGCCCCTTCCTGCAATTGTCAGATGATCGAAAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120001 GAGAGGACAGTCAGCCCCTTCCTGCAATTGTCAGATGATCGAAAGACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACCTTCAGCACCAAGAAGTCAAAGGCCTGTGCAGATGGCCCGGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120051 GACCTTCAGCACCAAGAAGTCAAAGGCCTGTGCAGATGGCCCGGAGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCGACCACTGGCCCAATGCCCTGGCTGCCACCTCCTTCCAGAATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120101 TCGACCACTGGCCCAATGCCCTGGCTGCCACCTCCTTCCAGAATGGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATGCCTGGATGGTGAATGTCCAGAACAGTTGTGCCTATAAGGTGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120151 CATGCCTGGATGGTGAATGTCCAGAACAGTTGTGCCTATAAGGTGGGCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCTTCAGGCCACCTGCCCCGCAAGGGTTCTGGCAGTGACTGCCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120201 GGCTTCAGGCCACCTGCCCCGCAAGGGTTCTGGCAGTGACTGCCGTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCACAATGCCTTCTCCTGGGTCTTCTCTCGCTATGATCAGGAGTTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120251 GCCACAATGCCTTCTCCTGGGTCTTCTCTCGCTATGATCAGGAGTTTCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCTCACACAATGGGCAGCACGAGCCCCTGGGGCTGCTGCGGGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120301 TTCTCACACAATGGGCAGCACGAGCCCCTGGGGCTGCTGCGGGGCCCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAGCTGGGTGTAGTGCTGGACTTGCAGGTTCAGGAGCTGCTCTTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120351 CCAGCTGGGTGTAGTGCTGGACTTGCAGGTTCAGGAGCTGCTCTTCTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCCAGCCTCCGGCATAGTGCTCTGTGCCCATCATGTGTCCTTCCCGGGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120401 AGCCAGCCTCCGGCACAGTGCTCTGTGCCCATCATGTGTCCTTCCCGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCCCTCTTCCCAGTCTTTGCTGTGGCCGATCAGACCATTTCTATCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120451 CCCCTCTTCCCAGTCTTTGCTGTGGCCGATCAGACCATTTCTATCGTCCG

   1250 
   1206 C
        |
 120501 C