seq1 = pF1KB6577.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KB6577/gi568815595f_136828002.tfa (gi568815595f:136828002_137048450), 220449 bp

>pF1KB6577 1131
>gi568815595f:136828002_137048450 (Chr3)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-939  (117582-118294)   100% ->
940-1131  (120258-120449)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGAAGTGGTGGTAGTAGCCAAATTTGATTATGTGGCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAAGAAGTGGTGGTAGTAGCCAAATTTGATTATGTGGCCCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAACAAGAGTTGGACATCAAGAAGAATGAGAGATTATGGCTTCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAACAAGAGTTGGACATCAAGAAGAATGAGAGATTATGGCTTCTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCTAAGTCCTGGTGGCGAGTTCGAAATTCCATGAATAAAACAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTCTAAGTCCTGGTGGCGAGTTCGAAATTCCATGAATAAAACAGGTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCCTTCTAACTATGTGGAAAGGAAAAACAGTGCTCGGAAAGCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCCTTCTAACTATGTGGAAAGGAAAAACAGTGCTCGGAAAGCATCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGAAAAACCTAAAGGATACCTTAG         GCATTGGAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 TGTGAAAAACCTAAAGGATACCTTAGGTA...CAGGCATTGGAAAAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAGAAAACCTAGTGTGCCAGATTCTGCATCTCCTGCTGATGATAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 AAAGAAAACCTAGTGTGCCAGATTCTGCATCTCCTGCTGATGATAGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTGACCCAGGGGAACGTCTCTATGACCTCAACATGCCCGCTTATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117647 GTTGACCCAGGGGAACGTCTCTATGACCTCAACATGCCCGCTTATGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTAACTACATGGCTGAGAGAGAGGATGAATTATCATTGATAAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117697 ATTTAACTACATGGCTGAGAGAGAGGATGAATTATCATTGATAAAGGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAAAGGTGATCGTCATGGAGAAATGCAGTGATGGGTGGTGGCGTGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117747 CAAAGGTGATCGTCATGGAGAAATGCAGTGATGGGTGGTGGCGTGGTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACAATGGACAAGTTGGATGGTTCCCTTCAAACTATGTAACTGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117797 TACAATGGACAAGTTGGATGGTTCCCTTCAAACTATGTAACTGAAGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACAGTCCTTTGGGTGACCATGTGGGTTCTCTGTCAGAGAAATTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117847 TGACAGTCCTTTGGGTGACCATGTGGGTTCTCTGTCAGAGAAATTAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGTCGTCAATAACCTAAATACTGGGCAAGTGTTGCATGTGGTACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117897 CAGTCGTCAATAACCTAAATACTGGGCAAGTGTTGCATGTGGTACAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTTTACCCATTCAGCTCATCTAATGATGAAGAACTTAATTTCGAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117947 CTTTACCCATTCAGCTCATCTAATGATGAAGAACTTAATTTCGAGAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGATGTAATGGATGTTATTGAAAAACCTGAAAATGACCCAGAGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117997 AGATGTAATGGATGTTATTGAAAAACCTGAAAATGACCCAGAGTGGTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AATGCAGGAAGATCAATGGTATGGTTGGTCTAGTACCAAAAAACTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118047 AATGCAGGAAGATCAATGGTATGGTTGGTCTAGTACCAAAAAACTATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCGTTATGCAGAATAATCCATTAACTTCAGGTTTGGAACCATCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118097 ACCGTTATGCAGAATAATCCATTAACTTCAGGTTTGGAACCATCACCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACAGTGTGATTACATTAGGCCTTCACTCACTGGAAAGTTTGCTGGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118147 ACAGTGTGATTACATTAGGCCTTCACTCACTGGAAAGTTTGCTGGCAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTTGGTATTATGGCAAAGTCACCAGGCATCAAGCAGAAATGGCATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118197 CTTGGTATTATGGCAAAGTCACCAGGCATCAAGCAGAAATGGCATTAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAAAGAGGACATGAAGGGGATTTCCTCATTCGTGATAGTGAATCTTCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118247 GAAAGAGGACATGAAGGGGATTTCCTCATTCGTGATAGTGAATCTTCGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940        CCAAATGATTTCTCAGTATCACTAAAAGCACAAGGGAAAAACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118297 A...TAGCCAAATGATTTCTCAGTATCACTAAAAGCACAAGGGAAAAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCATTTTAAAGTCCAACTAAAAGAGACTGTCTACTGCATTGGGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120301 AGCATTTTAAAGTCCAACTAAAAGAGACTGTCTACTGCATTGGGCAGCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAATTCAGCACCATGGAAGAACTTGTAGAACATTACAAAAAGGCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120351 AAATTCAGCACCATGGAAGAACTTGTAGAACATTACAAAAAGGCACCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1083 TTTTACAAGTGAACAAGGAGAAAAATTATATCTTGTCAAGCATTTATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120401 TTTTACAAGTGAACAAGGAGAAAAATTATATCTTGTCAAGCATTTATCA