seq1 = pF1KB6575.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB6575/gi568815581f_58592644.tfa (gi568815581f:58592644_58834219), 241576 bp

>pF1KB6575 1128
>gi568815581f:58592644_58834219 (Chr17)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-404  (102288-102546)   100% ->
405-571  (104050-104216)   100% ->
572-705  (110553-110686)   100% ->
706-837  (117216-117347)   100% ->
838-904  (128103-128169)   100% ->
905-965  (131397-131457)   100% ->
966-1026  (139841-139901)   100% ->
1027-1128  (141475-141576)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCGGGAAGACGTTCCGCTTTGAAATGCAGCGGGATTTGGTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCGGGAAGACGTTCCGCTTTGAAATGCAGCGGGATTTGGTGAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCTGTCTCCAGCGGTGCGGGTGAAGCTGGTGTCTGCGGGGTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCTGTCTCCAGCGGTGCGGGTGAAGCTGGTGTCTGCGGGGTTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTGAGGAACTCCTAGAGGTGAAACCCTCCGAGCTTAGCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 CTGCTGAGGAACTCCTAGAGGTGAAACCCTCCGAGCTTAGCAAAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     AAGTTGGGATATCTAAAGCAGAAGCCTTAGAAACTCTGCAAATTAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGAAGTTGGGATATCTAAAGCAGAAGCCTTAGAAACTCTGCAAATTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGAAGAGAATGTCTCACAAATAAACCAAGATATGCTGGTACATCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102334 CAGAAGAGAATGTCTCACAAATAAACCAAGATATGCTGGTACATCTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACACAAGAAGTGTACAGCACTGGAACTTCTTGAGCAGGAGCATACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102384 CACACAAGAAGTGTACAGCACTGGAACTTCTTGAGCAGGAGCATACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCTTCATAATCACCTTCTGTTCAGCACTAGATGATATTCTTGGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 GGCTTCATAATCACCTTCTGTTCAGCACTAGATGATATTCTTGGGGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGCCCTTAATGAAAACAACAGAAATTTGTGGTGCACCAGGTGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 AGTGCCCTTAATGAAAACAACAGAAATTTGTGGTGCACCAGGTGTTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAACACAATTATG         TATGCAGTTGGCAGTAGATGTGCAGATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102534 AAACACAATTATGGTA...CAGTATGCAGTTGGCAGTAGATGTGCAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGAATGTTTTGGAGGAGTGGCAGGTGAAGCAGTTTTTATTGATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104078 CCAGAATGTTTTGGAGGAGTGGCAGGTGAAGCAGTTTTTATTGATACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAAGTTTTATGGTTGATAGAGTGGTAGACCTTGCTACTGCCTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104128 GGGAAGTTTTATGGTTGATAGAGTGGTAGACCTTGCTACTGCCTGCATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCACCTTCAGCTTATAGCAGAAAAACACAAGGGAGAGG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104178 AGCACCTTCAGCTTATAGCAGAAAAACACAAGGGAGAGGGTA...CAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCGAAAAGCTTTGGAGGATTTCACTCTTGATAATATTCTTTCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 CACCGAAAAGCTTTGGAGGATTTCACTCTTGATAATATTCTTTCTCATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTATTATTTTCGCTGTCGTGACTACACAGAGTTACTGGCACAAGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110605 TTATTATTTTCGCTGTCGTGACTACACAGAGTTACTGGCACAAGTTTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCTTCCAGATTTCCTTTCAGAACACTCAAAG         GTTCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110655 TTCTTCCAGATTTCCTTTCAGAACACTCAAAGGTA...TAGGTTCGACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGATAGTGGATGGTATTGCTTTTCCATTTCGTCATGACCTAGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117225 GTGATAGTGGATGGTATTGCTTTTCCATTTCGTCATGACCTAGATGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTCTCTTCGTACTCGGTTATTAAATGGCCTAGCCCAGCAAATGATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117275 GTCTCTTCGTACTCGGTTATTAAATGGCCTAGCCCAGCAAATGATCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGCAAATAATCACAGATTAGCT         GTAATTTTAACCAATCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117325 TTGCAAATAATCACAGATTAGCTGTA...TAGGTAATTTTAACCAATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGACAACAAAGATTGATAGAAATCAGGCCTTGCTTGTTCCTGCATTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128121 ATGACAACAAAGATTGATAGAAATCAGGCCTTGCTTGTTCCTGCATTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905         GGGAAAGTTGGGGACATGCTGCTACAATACGGCTAATCTTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128171 TG...CAGGGGAAAGTTGGGGACATGCTGCTACAATACGGCTAATCTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATTGGGACCGAAAGCAAAG         GTTGGCAACATTGTACAAGTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 131439 ATTGGGACCGAAAGCAAAGGTC...CAGGTTGGCAACATTGTACAAGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCAGCCAGAAGGAATGCACAGTACTGTTTCAAATCAAA         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139863 CCCAGCCAGAAGGAATGCACAGTACTGTTTCAAATCAAAGTC...CAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCAGGGATTTAGAGATACTGTTGTTACTTCTGCATGTTCATTGCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141477 TCAGGGATTTAGAGATACTGTTGTTACTTCTGCATGTTCATTGCAAACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGGTTCCTTGAGCACCCGGAAACGGTCACGAGACCCAGAGGAAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141527 AAGGTTCCTTGAGCACCCGGAAACGGTCACGAGACCCAGAGGAAGAATTA